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万見
- PDB-9h80: Structure of the outer membrane exopolysaccharide transporter PelBC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9h80
タイトルStructure of the outer membrane exopolysaccharide transporter PelBC
要素
  • PelB
  • PelC
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Exopolysaccharide / Complex / Acyl-chain
機能・相同性
機能・相同性情報


polysaccharide transport / polysaccharide biosynthetic process / single-species biofilm formation / membrane
類似検索 - 分子機能
PelB, C-terminal beta barrel domain / Tetratricopeptide repeat / : / Tetratricopeptide repeat / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / PelB / PelC
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Benedens, M. / Rosales, C. / Beckmann, R. / Kedrov, A.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Assembly and the gating mechanism of the Pel exopolysaccharide export complex PelBC of Pseudomonas aeruginosa.
著者: Marius Benedens / Cristian Rosales-Hernandez / Sabine A P Straathof / Jennifer Loschwitz / Otto Berninghausen / Giovanni Maglia / Roland Beckmann / Alexej Kedrov /
要旨: The pathogen Pseudomonas aeruginosa enhances its virulence and antibiotic resistance upon formation of durable biofilms. The exopolysaccharides Pel, Psl and alginate essentially contribute to the ...The pathogen Pseudomonas aeruginosa enhances its virulence and antibiotic resistance upon formation of durable biofilms. The exopolysaccharides Pel, Psl and alginate essentially contribute to the biofilm matrix, but their secretion mechanisms are barely understood. Here, we reveal the architecture of the outer membrane complex PelBC for Pel export, where the essential periplasmic ring of twelve lipoproteins PelC is mounted on top of the nanodisc-embedded β-barrel PelB. The PelC assembly is stabilized by electrostatic contacts with the periplasmic rim of PelB and via the membrane-anchored acyl chains. The negatively charged interior of the PelB β-barrel forms a route for the cationic Pel exopolysaccharide. The β-barrel is sealed at the extracellular side, but molecular dynamic simulations suggest that the short loop Plug-S is sufficiently flexible to open a tunnel for the exopolysaccharide transport. This gating model is corroborated by single-channel conductivity measurements, where a deletion of Plug-S renders a constitutively open β-barrel. Our structural and functional analysis offers a comprehensive view on this pathogenicity-relevant complex and suggests the route taken by the exopolysaccharide at the final secretion step.
履歴
登録2024年10月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
M: PelB
C: PelC
D: PelC
E: PelC
F: PelC
G: PelC
H: PelC
I: PelC
J: PelC
K: PelC
L: PelC
A: PelC
B: PelC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)379,41040
ポリマ－359,59113
非ポリマー19,81927
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 PelB


分子量: 135273.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: pelB, PA3063 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HZE5
#2: タンパク質
PelC


分子量: 18693.111 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: pelC, PA3062 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HZE6
#3: 化合物...
ChemComp-PTY / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 734.039 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H80NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Exopolysaccharide transporter PelBC / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 123975 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00318040
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.65324366
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d8.9012717
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0392586
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0063232

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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