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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9h73 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of an octameric G10-resistosome from wheat in 'back-to-back' arrangement | ||||||
![]() | NB-ARC domain-containing protein | ||||||
![]() | PLANT PROTEIN / Resistance / G10-NLR / Wheat / resistosome | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||
![]() | Guo, G.H. / Zhao, H. / Lukoyanova, N. / Selvaraj, M. / Jones, J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: An activated wheat CCG10-NLR immune receptor forms an octameric resistosome 著者: Guo, G. / Zhao, H. / Bai, K. / Wu, Q. / Dong, L. / Lu, L. / Chen, Y. / Hou, Y. / Lu, J. / Lu, P. / Li, M. / Zhang, H. / Wang, G. / Zhu, K. / Huang, B. / Cui, X. / Fu, H. / Hu, C. / Chu, Z. / ...著者: Guo, G. / Zhao, H. / Bai, K. / Wu, Q. / Dong, L. / Lu, L. / Chen, Y. / Hou, Y. / Lu, J. / Lu, P. / Li, M. / Zhang, H. / Wang, G. / Zhu, K. / Huang, B. / Cui, X. / Fu, H. / Hu, C. / Chu, Z. / Lyu, X. / Kamoun, S. / Wang, C. / Liu, Z. / Selvaraj, M. / Jones, J.D.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 2.3 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 341.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 515.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 51910MC ![]() 9h2lC ![]() 9h4iC C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 107700.422 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ATP / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | Has protein modification | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Wai-3 resistosome as double octamer in back-to-back arrangement タイプ: COMPLEX 詳細: This is an assembly of Wai-3 resistance protein containing 16 chains, in D8 symmetry in a back-to-back arrangement of two octamer Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 1.7 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 150mM NaCl 150mM Tris (pH 7.5) 1mM MgCl2 1mM EDTA 10% glycerol 0.2% NP40 |
緩衝液成分 | 濃度: 150 mM / 名称: sodium chloride / 式: NaCl |
試料 | 濃度: 1.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: This is a wheat resistosome protein purified from Nicotiana benthamiana |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1300 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 1.94 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7000 詳細: 7000 micrographs collected as movies. 5 images per hole. (Fast data 660 images per hour) |
電子光学装置 | 詳細: Detector post GIF / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: D8 (2回x8回 2面回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 27667 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 137 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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