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- PDB-9h73: Cryo-EM structure of an octameric G10-resistosome from wheat in '... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9h73
タイトルCryo-EM structure of an octameric G10-resistosome from wheat in 'back-to-back' arrangement
要素NB-ARC domain-containing protein
キーワードPLANT PROTEIN / Resistance / G10-NLR / Wheat / resistosome
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response / ADP binding
類似検索 - 分子機能
: / Plant disease resistance protein RPS2-like, leucine-rich repeats / Disease resistance protein Winged helix domain / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. ...: / Plant disease resistance protein RPS2-like, leucine-rich repeats / Disease resistance protein Winged helix domain / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / NB-ARC domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Triticum aestivum (コムギ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Guo, G.H. / Zhao, H. / Lukoyanova, N. / Selvaraj, M. / Jones, J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号
Gatsby Charitable Foundation 英国
引用ジャーナル: Biorxiv / : 2025
タイトル: An activated wheat CCG10-NLR immune receptor forms an octameric resistosome
著者: Guo, G. / Zhao, H. / Bai, K. / Wu, Q. / Dong, L. / Lu, L. / Chen, Y. / Hou, Y. / Lu, J. / Lu, P. / Li, M. / Zhang, H. / Wang, G. / Zhu, K. / Huang, B. / Cui, X. / Fu, H. / Hu, C. / Chu, Z. / ...著者: Guo, G. / Zhao, H. / Bai, K. / Wu, Q. / Dong, L. / Lu, L. / Chen, Y. / Hou, Y. / Lu, J. / Lu, P. / Li, M. / Zhang, H. / Wang, G. / Zhu, K. / Huang, B. / Cui, X. / Fu, H. / Hu, C. / Chu, Z. / Lyu, X. / Kamoun, S. / Wang, C. / Liu, Z. / Selvaraj, M. / Jones, J.D.G.
履歴
登録2024年10月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NB-ARC domain-containing protein
B: NB-ARC domain-containing protein
C: NB-ARC domain-containing protein
D: NB-ARC domain-containing protein
E: NB-ARC domain-containing protein
F: NB-ARC domain-containing protein
G: NB-ARC domain-containing protein
H: NB-ARC domain-containing protein
I: NB-ARC domain-containing protein
J: NB-ARC domain-containing protein
K: NB-ARC domain-containing protein
L: NB-ARC domain-containing protein
M: NB-ARC domain-containing protein
N: NB-ARC domain-containing protein
O: NB-ARC domain-containing protein
P: NB-ARC domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,731,32232
ポリマ-1,723,20716
非ポリマー8,11516
00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, This is a homo oligomer containing 16 chains of Wai-3 resistance protein in wheat
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
NB-ARC domain-containing protein / Wai-3 NLR


分子量: 107700.422 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Triticum aestivum (コムギ) / : M3405 / 遺伝子: CFC21_030936 / 発現宿主: Nicotiana benthamiana (ナス科) / 参照: UniProt: A0A3B6DHR8
#2: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / : C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Wai-3 resistosome as double octamer in back-to-back arrangement
タイプ: COMPLEX
詳細: This is an assembly of Wai-3 resistance protein containing 16 chains, in D8 symmetry in a back-to-back arrangement of two octamer
Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量: 1.7 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
由来(組換発現)生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科)
緩衝液pH: 7.5
詳細: 150mM NaCl 150mM Tris (pH 7.5) 1mM MgCl2 1mM EDTA 10% glycerol 0.2% NP40
緩衝液成分濃度: 150 mM / 名称: sodium chloride / : NaCl
試料濃度: 1.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: This is a wheat resistosome protein purified from Nicotiana benthamiana
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1300 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1.94 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7000
詳細: 7000 micrographs collected as movies. 5 images per hole. (Fast data 660 images per hour)
電子光学装置詳細: Detector post GIF / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION5粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFINDCTF補正
7Cootモデルフィッティング
9RELION初期オイラー角割当
10RELION5最終オイラー角割当
11RELION分類
12RELION3次元再構成
13PHENIX1.21_5207:モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
対称性点対称性: D8 (2回x8回 2面回転対称)
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 27667 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 137 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002111728
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.519151280
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.86115271
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0417488
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00319040

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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