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- PDB-9h2l: Cryo-EM structure of an octameric G10-resistosome from wheat -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9h2l
タイトルCryo-EM structure of an octameric G10-resistosome from wheat
要素NB-ARC domain-containing protein
キーワードPLANT PROTEIN / G10-NLR / Octamer / Resistance / LRR
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response / ADP binding
類似検索 - 分子機能
: / Plant disease resistance protein RPS2-like, leucine-rich repeats / Disease resistance protein Winged helix domain / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. ...: / Plant disease resistance protein RPS2-like, leucine-rich repeats / Disease resistance protein Winged helix domain / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / NB-ARC domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Triticum aestivum (コムギ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.95 Å
データ登録者Guo, G.H. / Zhao, H. / Lukoyanova, N. / Selvaraj, M. / Jones, J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Gatsby Charitable Foundation 英国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2025
タイトル: An activated wheat CCG10-NLR immune receptor forms an octameric resistosome
著者: Guo, G. / Zhao, H. / Bai, K. / Wu, Q. / Dong, L. / Lu, L. / Chen, Y. / Hou, Y. / Lu, J. / Lu, P. / Li, M. / Zhang, H. / Wang, G. / Zhu, K. / Huang, B. / Cui, X. / Fu, H. / Hu, C. / Chu, Z. / ...著者: Guo, G. / Zhao, H. / Bai, K. / Wu, Q. / Dong, L. / Lu, L. / Chen, Y. / Hou, Y. / Lu, J. / Lu, P. / Li, M. / Zhang, H. / Wang, G. / Zhu, K. / Huang, B. / Cui, X. / Fu, H. / Hu, C. / Chu, Z. / Lyu, X. / Kamoun, S. / Wang, C. / Liu, Z. / Selvaraj, M. / Jones, J.D.G.
履歴
登録2024年10月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NB-ARC domain-containing protein
B: NB-ARC domain-containing protein
C: NB-ARC domain-containing protein
D: NB-ARC domain-containing protein
E: NB-ARC domain-containing protein
F: NB-ARC domain-containing protein
G: NB-ARC domain-containing protein
H: NB-ARC domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)865,66116
ポリマ－861,6038
非ポリマー4,0578
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, The pdb file contains 8 chains of monomers and all these together form the homo octamer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
NB-ARC domain-containing protein / WAI-D3


分子量: 107700.422 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: This is a wheat resistance protein in G10-clade. / 由来: (組換発現) Triticum aestivum (コムギ) / 株: M3405 / 遺伝子: CFC21_030936 / プラスミド: pICSL86977OD
詳細 (発現宿主): Binary vector with nos:bar:nos selection cassette and P-CaMV35s:(lacZ):T-osc in backbone. Accepts a single CDS-level 0 module (AATG-GCTT) between P-35s and T-ocs.
器官 (発現宿主): leaves / 発現宿主: Nicotiana benthamiana (ナス科) / 参照: UniProt: A0A3B6DHR8
#2: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Wheat auto immunity -3 Protein / タイプ: COMPLEX / 詳細: This is a resistance protein in the wheat plant / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.856 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ) / 器官: Leaves / 組織: leaf
由来(組換発現)生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科)
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 150mM Tris HCl pH 7.5 150mM NaCl 1mM EDTA 1mM MgCl2
緩衝液成分濃度: 150 mM / 名称: Sodium chloride / 式: NaCl
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: this is a protein sample purified from plant cell extract after over expression in leaf tissues
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K
詳細: 3 microlitre of the sample was applied on a graphene coated Quantafoil grid R1.2/1.3 copper grid and vitrification was performed using vitrobot

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1300 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1.94 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7044
詳細: One grid was imaged at areas with good ice and several images
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION5粒子像選択
2EPU3.4画像取得
4RELION4CTF補正
7Cootモデルフィッティング
9RELION5初期オイラー角割当
12RELION5３次元再構成
13PHENIX1.21_5207:モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
対称性点対称性: C8 (8回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 12203 / アルゴリズム: BACK PROJECTION
詳細: The half-maps and resolution were obtained using RELION software
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
詳細: The atomic model was fitted flexibly using coot and refined using Phenix realspace refinement module
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00355864
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.51875640
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.157600
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.048744
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0039520

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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