PDB-9gf0: Cryo-EM Structure of Pentameric Outer Membrane Protein A from Bde...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gf0

タイトル

Cryo-EM Structure of Pentameric Outer Membrane Protein A from Bdellovibrio bacteriovorus

要素

Major outer membrane protein

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / Outer membrane protein / porin / beta-barrel

機能・相同性

Major outer membrane protein

機能・相同性情報

生物種

Bdellovibrio bacteriovorus HD100 (バクテリア)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.85 Å

データ登録者

Parr, R.J. / Ratkeviciute, G. / Lovering, A.L.

資金援助

英国, 3件

組織	認可番号	国
Wellcome Trust	209437/Z/17/Z	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/M01116X/1	英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)	MC_PC_17136	英国

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: A porin-like protein used by bacterial predator defines a wider lipid-trapping superfamily
著者: Parr, R.J. / Lovering, A.L.

履歴

登録	2024年8月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年7月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gf0.cif.gz	309.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gf0.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gf0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9gf0_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9gf0_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	9gf0_validation.xml.gz	55 KB	表示
CIF形式データ	9gf0_validation.cif.gz	82.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gf/9gf0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gf/9gf0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	51308MC 9ga1C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Major outer membrane protein

B: Major outer membrane protein

C: Major outer membrane protein

D: Major outer membrane protein

E: Major outer membrane protein

185 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Major outer membrane protein 分子量: 37092.637 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bdellovibrio bacteriovorus HD100 (バクテリア) 遺伝子: Bd0427 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): D42 / 参照: UniProt: Q6MQN4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

名称: Pentameric Outer Membrane protein A, PopA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT

分子量

実験値: NO

由来(天然)

生物種:

Bdellovibrio bacteriovorus HD100 (バクテリア)

由来(組換発現)

生物種:

Escherichia coli (大腸菌) / 株: D43

緩衝液

pH: 8

緩衝液成分

ID	濃度	名称	式	Buffer-ID
1	50 mM	Tris		1
2	150 mM	Sodium Chloride	NaCl	1
3	0.03 (w/v) %	n-dodecyl-beta-D-maltoside (DDM)	C₂₄H₄₆O₁₁	1

試料

濃度: 0.02 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

試料支持

グリッドの材料: GRAPHENE OXIDE / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3

急速凍結

装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影	電子線照射量: 55.4 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ	詳細
1	cryoSPARC	4.4.1	粒子像選択	Punjani et al., 2017
4	cryoSPARC	4.4.1	CTF補正	Punjani et al., 2017
7	UCSF ChimeraX	1.4	モデルフィッティング	Pettersen EF, et al. 2021
13	PHENIX	1.2.1	モデル精密化	Afonine PV, et al. 2018

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

粒子像の選択

選択した粒子像数: 992500

対称性

点対称性: C₁ (非対称)

3次元再構成

解像度: 2.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 365835 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

プロトコル: OTHER

原子モデル構築

詳細: Crystallographic stucture / Source name: Other / タイプ: other

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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