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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9ge8 | ||||||
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タイトル | Structure of E. coli YbbAP-TesA with bound ATP analogue | ||||||
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![]() | MEMBRANE PROTEIN / TYPE VII ABC TRANSPORTER | ||||||
機能・相同性 | ![]() arylesterase / lysophospholipase / palmitoyl-CoA hydrolase / long-chain fatty acyl-CoA hydrolase activity / oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase / fatty acyl-[ACP] hydrolase activity / phosphatidylcholine lysophospholipase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / arylesterase activity / lipid metabolic process ...arylesterase / lysophospholipase / palmitoyl-CoA hydrolase / long-chain fatty acyl-CoA hydrolase activity / oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase / fatty acyl-[ACP] hydrolase activity / phosphatidylcholine lysophospholipase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / arylesterase activity / lipid metabolic process / peptidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / ATP hydrolysis activity / proteolysis / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.55 Å | ||||||
![]() | McAndrew, M.B.L. / Crow, A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of YbbAP-TesA: a Type VII ABC transporter lipid-hydrolase complex 著者: McAndrew, M.B. / Cook, J. / Gill, A. / Sahoo, K. / Thomas, C. / Stansfeld, P.J. / Crow, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 259.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 190.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 514.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 51293MC ![]() 9ge6C ![]() 9ge7C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 89413.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Type VII ABC Transporter Transmembrane Protein YbbP / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 26182.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Type VII ABC Transporter ATP-Binding Protein YbbA / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: タンパク質 | | 分子量: 20474.260 Da / 分子数: 1 / Mutation: S36A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: TesA-Ser36Ala / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P0ADA1, palmitoyl-CoA hydrolase, arylesterase, lysophospholipase, oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ...参照: UniProt: P0ADA1, palmitoyl-CoA hydrolase, arylesterase, lysophospholipase, oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ #4: 化合物 | #5: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | Has protein modification | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: YbbAPTesA complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.162039 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.2 | ||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2300 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 2.2 sec. / 電子線照射量: 50.80139123 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2218 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 292608 | ||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.55 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 29958 詳細: Map resolution of 4.55A reported by Phenix using masked FSC (half map 1,2) = 0.143. Mask smoothing radius is 8.18 A. 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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