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- PDB-9gc2: Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana PSI-LHCI- a603-NH mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gc2
タイトルCryo-EM structure of Arabidopsis thaliana PSI-LHCI- a603-NH mutant
要素
  • (Chlorophyll a-b binding protein ...) x 2
  • (Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ...) x 2
  • (Photosystem I chlorophyll a/b-binding protein ...) x 2
  • (Photosystem I reaction center subunit ...) x 10
  • Photosystem I iron-sulfur center
キーワードPHOTOSYNTHESIS / PSI-LHCI / Arabidopsis thaliana / light harvesting / far-red absorption
機能・相同性
機能・相同性情報


photosynthetic NADP+ reduction / photosystem I stabilization / chloroplast photosystem I / chloroplast stromal thylakoid / response to low light intensity stimulus / plastoglobule / chloroplast membrane / response to high light intensity / chloroplast thylakoid / photosynthesis, light harvesting in photosystem I ...photosynthetic NADP+ reduction / photosystem I stabilization / chloroplast photosystem I / chloroplast stromal thylakoid / response to low light intensity stimulus / plastoglobule / chloroplast membrane / response to high light intensity / chloroplast thylakoid / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / thylakoid / chloroplast thylakoid lumen / chloroplast envelope / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / plastid / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / photosynthesis / response to cold / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / calmodulin binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / protein stabilization / protein domain specific binding / mRNA binding / magnesium ion binding / mitochondrion / extracellular region / metal ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Photosystem I reaction centre subunit N, chloroplastic / Photosystem I reaction centre subunit N superfamily / Photosystem I reaction centre subunit N (PSAN or PSI-N) / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit V / 4Fe-4S dicluster domain / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic ...Photosystem I reaction centre subunit N, chloroplastic / Photosystem I reaction centre subunit N superfamily / Photosystem I reaction centre subunit N (PSAN or PSI-N) / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit V / 4Fe-4S dicluster domain / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I PsaA / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / : / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Chem-XAT ...BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Chem-XAT / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Chlorophyll a-b binding protein 4, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit N, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I iron-sulfur center / Chlorophyll a-b binding protein 6, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit IV B, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit II-2, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit XI, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit VI-1, chloroplastic / Photosystem I chlorophyll a/b-binding protein 3-1, chloroplastic / Photosystem I chlorophyll a/b-binding protein 2, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.29 Å
データ登録者Capaldi, S. / Chaves-Sanjuan, A. / Bonnet, D.M.V. / Bassi, R.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)101053983-GrInSunEuropean Union
引用ジャーナル: New Phytol / 年: 2025
タイトル: Structural determinants for red-shifted absorption in higher-plants Photosystem I.
著者: Stefano Capaldi / Zeno Guardini / Daniele Montepietra / Vittorio Flavio Pagliuca / Antonello Amelii / Elena Betti / Chris John / Laura Pedraza-González / Lorenzo Cupellini / Benedetta ...著者: Stefano Capaldi / Zeno Guardini / Daniele Montepietra / Vittorio Flavio Pagliuca / Antonello Amelii / Elena Betti / Chris John / Laura Pedraza-González / Lorenzo Cupellini / Benedetta Mennucci / Diane Marie Valerie Bonnet / Antonio Chaves-Sanjuan / Luca Dall'Osto / Roberto Bassi /
要旨: Higher plants Photosystem I absorbs far-red light, enriched under vegetation canopies, through long-wavelength Chls to enhance photon capture. Far-red absorption originates from Chl pairs within the ...Higher plants Photosystem I absorbs far-red light, enriched under vegetation canopies, through long-wavelength Chls to enhance photon capture. Far-red absorption originates from Chl pairs within the Lhca3 and Lhca4 subunits of the LHCI antenna, known as the 'red cluster', including Chls a603 and a609. We used reverse genetics to produce an Arabidopsis mutant devoid of red-shifted absorption, and we obtained high-resolution cryogenic electron microscopy structures of PSI-LHCI complexes from both wild-type and mutant plants. Computed excitonic coupling values suggested contributions from additional nearby pigment molecules, namely Chl a615 and violaxanthin in the L2 site, to far-red absorption. We investigated the structural determinants of far-red absorption by producing further Arabidopsis transgenic lines and analyzed the spectroscopic effects of mutations targeting these chromophores. The two structures solved were used for quantum mechanics calculations, revealing that excitonic interactions alone cannot explain far-red absorption, while charge transfer states were needed for accurate spectral simulations. Our findings demonstrate that the molecular mechanisms of light-harvesting under shaded conditions rely on very precise tuning of chromophore interactions, whose understanding is crucial for designing light-harvesting complexes with engineered absorption spectra.
履歴
登録2024年8月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月13日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月13日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月13日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月13日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月13日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月13日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月13日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月13日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年9月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.22025年11月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: Chlorophyll a-b binding protein 6, chloroplastic
2: Photosystem I chlorophyll a/b-binding protein 2, chloroplastic
3: Photosystem I chlorophyll a/b-binding protein 3-1, chloroplastic
4: Chlorophyll a-b binding protein 4, chloroplastic
A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C: Photosystem I iron-sulfur center
D: Photosystem I reaction center subunit II-2, chloroplastic
E: Photosystem I reaction center subunit IV B, chloroplastic
F: Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic
G: Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic
H: Photosystem I reaction center subunit VI-1, chloroplastic
I: Photosystem I reaction center subunit VIII
J: Photosystem I reaction center subunit IX
L: Photosystem I reaction center subunit XI, chloroplastic
K: Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic
N: Photosystem I reaction center subunit N, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)547,881223
ポリマ－380,47017
非ポリマー167,412206
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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Chlorophyll a-b binding protein ... , 2種, 2分子 14

#1: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein 6, chloroplastic / LHCI-730 / LHCII type III CAB-6 / Light-harvesting complex protein Lhca1


分子量: 22522.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: LHCA1, CAB6, At3g54890, F28P10.130 / 発現宿主: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / 参照: UniProt: Q01667
#4: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein 4, chloroplastic / LHCI type III CAB-4


分子量: 22298.283 Da / 分子数: 1 / Mutation: N99H / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: LHCA4, CAB4, At3g47470, F1P2.20 / 発現宿主: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / 参照: UniProt: P27521

-
Photosystem I chlorophyll a/b-binding protein ... , 2種, 2分子 23

#2: タンパク質 Photosystem I chlorophyll a/b-binding protein 2, chloroplastic / Lhca2 / LHCI type III LHCA2


分子量: 23448.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: LHCA2, At3g61470, F2A19.70 / 発現宿主: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / 参照: UniProt: Q9SYW8
#3: タンパク質 Photosystem I chlorophyll a/b-binding protein 3-1, chloroplastic / Lhca3*1 / LHCI type III LHCA3


分子量: 25258.818 Da / 分子数: 1 / Mutation: N103H / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: LHCA3, At1g61520, T25B24.12 / 発現宿主: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / 参照: UniProt: Q9SY97

-
Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 2分子 AB

#5: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / PSI-A / PsaA


分子量: 83180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: psaA / 発現宿主: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / 参照: UniProt: A0A8F5S1X0, photosystem I
#6: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / PSI-B / PsaB


分子量: 82448.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: psaB / 発現宿主: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / 参照: UniProt: A0A8F5P166, photosystem I

-
タンパク質 , 1種, 1分子 C

#7: タンパク質 Photosystem I iron-sulfur center / 9 kDa polypeptide / PSI-C / Photosystem I subunit VII / PsaC


分子量: 9049.509 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: psaC, frxA, AtCg01060 / 発現宿主: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / 参照: UniProt: P62090, photosystem I

-
Photosystem I reaction center subunit ... , 10種, 10分子 DEFGHIJLKN

#8: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit II-2, chloroplastic / Photosystem I 20 kDa subunit 2 / PSI-D2


分子量: 17684.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: PSAD2, At1g03130, F10O3_4 / 発現宿主: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / 参照: UniProt: Q9SA56
#9: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit IV B, chloroplastic / PSI-E B


分子量: 10561.903 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: PSAE2, At2g20260, F11A3.19 / 発現宿主: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / 参照: UniProt: Q9S714
#10: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic / Light-harvesting complex I 17 kDa protein / PSI-F


分子量: 17319.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: PSAF, At1g31330, T19E23.12 / 発現宿主: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / 参照: UniProt: Q9SHE8
#11: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic / PSI-G


分子量: 11000.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: PSAG, At1g55670, F20N2.21, F20N2.33, F20N2_3 / 発現宿主: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / 参照: UniProt: Q9S7N7
#12: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit VI-1, chloroplastic / PSI-H1


分子量: 10366.769 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: PSAH1, At3g16140, MSL1.18 / 発現宿主: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / 参照: UniProt: Q9SUI7
#13: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit VIII / PSI-I


分子量: 4137.024 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: psaI, AtCg00510 / 発現宿主: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / 参照: UniProt: P56768
#14: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit IX / PSI-J


分子量: 5021.978 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: psaJ / 発現宿主: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / 参照: UniProt: A0A8F5NZW2
#15: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit XI, chloroplastic / PSI-L / PSI subunit V


分子量: 17982.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: PSAL, At4g12800, T20K18.150 / 発現宿主: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / 参照: UniProt: Q9SUI4
#16: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic / PSI-K / Photosystem I subunit X


分子量: 8468.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: PSAK, At1g30380, T4K22.2 / 発現宿主: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / 参照: UniProt: Q9SUI5
#17: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit N, chloroplastic / PSI-N


分子量: 9720.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: PSAN, At5g64040, MHJ24.2 / 発現宿主: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / 参照: UniProt: P49107

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糖 , 2種, 3分子

#23: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#28: 糖 ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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非ポリマー , 9種, 203分子

#18: 化合物
ChemComp-CHL / CHLOROPHYLL B


分子量: 907.472 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H70MgN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#19: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#20: 化合物
ChemComp-LUT / (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / (3R,3'R)-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / LUTEIN


分子量: 568.871 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#21: 化合物
ChemComp-XAT / (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / VIOLAXANTHIN


分子量: 600.870 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#22: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE


分子量: 722.970 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#24: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE


分子量: 536.873 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#25: 化合物 ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#26: 化合物 ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE


分子量: 450.696 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#27: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Photosystem I supercomplex (PSI-LHCI), Lhca3/Lhca4 a603-NH mutant
タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1-#17 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
由来(組換発現)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
110 mMHEPES1
20.05 %n-Dodecyl-Beta-Maltoside1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 120000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.4.1粒子像選択
2EPU2.8画像取得
4cryoSPARC4.4.1CTF補正
7UCSF ChimeraXモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10cryoSPARC4.4.1初期オイラー角割当
11cryoSPARC4.4.1最終オイラー角割当
13cryoSPARC4.4.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 115589
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.29 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 36596 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 9GBI

9gbi


Accession code: 9GBI / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 69.73 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002837619
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.542653546
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.07384665
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00925775
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d19.65828627

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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