[日本語] English
万見
- PDB-9g25: snR30 snoRNP - State 1 - Utp23-Krr1-deltaC3 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9g25
タイトルsnR30 snoRNP - State 1 - Utp23-Krr1-deltaC3
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 2
  • (H/ACA ribonucleoprotein complex subunit ...) x 4
  • KRR1 small subunit processome component
  • Protein KRI1
  • RDN18-1
  • rRNA-processing protein UTP23
  • snR30
キーワードRIBOSOME / 90S / pre-ribosome / snoRNA / snR30 / snoRNP / ribosome biogenesis / H/ACA / 18S rRNA
機能・相同性
機能・相同性情報


snRNA pseudouridine synthase activity / Telomere Extension By Telomerase / box H/ACA snoRNP assembly / snoRNA guided rRNA pseudouridine synthesis / rRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA snoRNP complex / box H/ACA sno(s)RNA 3'-end processing / 異性化酵素; 分子内転位酵素; ムターゼ; その他の基を移すもの / snRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA snoRNA binding ...snRNA pseudouridine synthase activity / Telomere Extension By Telomerase / box H/ACA snoRNP assembly / snoRNA guided rRNA pseudouridine synthesis / rRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA snoRNP complex / box H/ACA sno(s)RNA 3'-end processing / 異性化酵素; 分子内転位酵素; ムターゼ; その他の基を移すもの / snRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA snoRNA binding / mRNA pseudouridine synthesis / pseudouridine synthase activity / rRNA modification / endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / telomerase RNA binding / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / snoRNA binding / Ribosomal scanning and start codon recognition / preribosome, small subunit precursor / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Formation of a pool of free 40S subunits / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / chromosome, centromeric region / 90S preribosome / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / microtubule / cytoplasmic translation / structural constituent of ribosome / translation / cell division / mRNA binding / nucleolus / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
KRR1 interacting protein 1 / Kri1-like, C-terminal / KRI1-like family / KRI1-like family C-terminal / UTP23 sensor motif / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1 / H/ACA RNP complex subunit Gar1/Naf1, Cbf5-binding domain / Gar1/Naf1 RNA binding region / tRNA pseudouridine synthase B family / Dyskerin-like ...KRR1 interacting protein 1 / Kri1-like, C-terminal / KRI1-like family / KRI1-like family C-terminal / UTP23 sensor motif / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1 / H/ACA RNP complex subunit Gar1/Naf1, Cbf5-binding domain / Gar1/Naf1 RNA binding region / tRNA pseudouridine synthase B family / Dyskerin-like / DKCLD (NUC011) domain / DKCLD (NUC011) domain / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nop10 / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nop10 superfamily / Nucleolar RNA-binding protein, Nop10p family / tRNA pseudouridylate synthase B, C-terminal / tRNA pseudouridylate synthase B C-terminal domain / Pseudouridine synthase II, N-terminal / TruB family pseudouridylate synthase (N terminal domain) / Uncharacterised domain CHP00451 / Ribosomal RNA assembly KRR1 / : / : / : / KRR1 small subunit processome component, second KH domain / rRNA-processing protein Fcf1/Utp23 / Fcf1 / PUA domain / Krr1, KH1 domain / Krr1 KH1 domain / Pseudouridine synthase, catalytic domain superfamily / Putative RNA-binding Domain in PseudoUridine synthase and Archaeosine transglycosylase / PUA domain / PUA domain superfamily / PUA domain profile. / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nhp2-like / K Homology domain, type 1 superfamily / PIN-like domain superfamily / PUA-like superfamily / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Ribosomal protein S15P / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein L7Ae conserved site / Ribosomal protein L7Ae signature. / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family / : / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Ribosomal protein S15 signature. / Ribosomal S11, conserved site / Ribosomal protein S11 signature. / Ribosomal protein S11 / Ribosomal protein S11 / Ribosomal protein S15 / Ribosomal_S15 / Ribosomal protein S15 / Ribosomal protein S11 superfamily / S15/NS1, RNA-binding / Translation protein, beta-barrel domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS11A / KRR1 small subunit processome component / H/ACA ribonucleoprotein complex subunit GAR1 / H/ACA ribonucleoprotein complex subunit NHP2 ...: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS11A / KRR1 small subunit processome component / H/ACA ribonucleoprotein complex subunit GAR1 / H/ACA ribonucleoprotein complex subunit NHP2 / H/ACA ribonucleoprotein complex subunit CBF5 / Protein KRI1 / rRNA-processing protein UTP23 / H/ACA ribonucleoprotein complex subunit NOP10
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Thoms, M. / Berninghausen, O. / Beckmann, R.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)European Union
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: H/ACA snR30 snoRNP guides independent 18S rRNA subdomain formation.
著者: Paulina Fischer / Matthias Thoms / Benjamin Lau / Timo Denk / Maria Kuvshinova / Otto Berninghausen / Dirk Flemming / Ed Hurt / Roland Beckmann /
要旨: Ribosome biogenesis follows a cascade of pre-rRNA folding and processing steps, coordinated with ribosomal protein incorporation. Nucleolar 90S pre-ribosomes are well-described stable intermediates, ...Ribosome biogenesis follows a cascade of pre-rRNA folding and processing steps, coordinated with ribosomal protein incorporation. Nucleolar 90S pre-ribosomes are well-described stable intermediates, composed of pre-18S rRNA, ribosomal S-proteins, U3 snoRNA, and ~70 assembly factors. However, how numerous snoRNAs control pre-rRNA modification and folding during early maturation events remains unclear. We identify snR30 (human U17), the only essential H/ACA snoRNA in yeast, which binds with Cbf5-Gar1-Nop10-Nhp2 to a pre-18S rRNA subdomain containing platform helices and ES6 of the 40S central domain. Integration into the 90S is blocked by RNA hybridization with snR30. The snoRNP complex coordinates the recruitment of early assembly factors Krr1-Utp23-Kri1 and ribosomal proteins uS11-uS15, enabling isolated subdomain assembly. Krr1-dependent release of snR30 culminates in integration of the platform into the 90S. Our study reveals the essential role of snR30 in chaperoning central domain formation as a discrete assembly unit externalized from the pre-ribosomal core.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.
年: 2018
タイトル: Real-space refinement in PHENIX for cryo-EM and crystallography
著者: Adams, P.D.
履歴
登録2024年7月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
3: RDN18-1
4: snR30
A: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit CBF5
B: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit NOP10
C: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit GAR1
D: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit NHP2
E: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit CBF5
F: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit NOP10
G: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit NHP2
H: KRR1 small subunit processome component
I: Protein KRI1
J: 40S ribosomal protein S13
K: rRNA-processing protein UTP23
L: 40S ribosomal protein S14-A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,120,47715
ポリマ－1,120,41214
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 34

#1: RNA鎖 RDN18-1


分子量: 579761.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 874346701
#2: RNA鎖 snR30


分子量: 195416.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

-
H/ACA ribonucleoprotein complex subunit ... , 4種, 7分子 AEBFCDG

#3: タンパク質 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit CBF5 / Centromere-binding factor 5 / Centromere/microtubule-binding protein CBF5 / H/ACA snoRNP protein ...Centromere-binding factor 5 / Centromere/microtubule-binding protein CBF5 / H/ACA snoRNP protein CBF5 / Small nucleolar RNP protein CBF5 / p64'


分子量: 54804.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: P33322, 異性化酵素; 分子内転位酵素; ムターゼ; その他の基を移すもの
#4: タンパク質 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit NOP10 / Nucleolar protein 10 / Nucleolar protein family A member 3 / snoRNP protein NOP10


分子量: 6649.745 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q6Q547
#5: タンパク質 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit GAR1 / Glycine/arginine-rich protein 1 / snoRNP protein GAR1


分子量: 21520.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P28007
#6: タンパク質 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit NHP2 / H/ACA snoRNP protein NHP2 / High mobility group-like nuclear protein 2


分子量: 17158.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32495

-
タンパク質 , 3種, 3分子 HIK

#7: タンパク質 KRR1 small subunit processome component / KRR-R motif-containing protein 1 / Ribosomal RNA assembly protein KRR1


分子量: 37226.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P25586
#8: タンパク質 Protein KRI1 / KRR1-interacting protein 1


分子量: 68778.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P42846
#10: タンパク質 rRNA-processing protein UTP23 / U three protein 23 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 23 / U3 snoRNA-associated protein 23


分子量: 28859.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12339

-
40S ribosomal protein ... , 2種, 2分子 JL

#9: タンパク質 40S ribosomal protein S13 / S27a / Small ribosomal subunit protein uS15 / YS15


分子量: 17059.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05756
#11: タンパク質 40S ribosomal protein S14-A / RP59A / Small ribosomal subunit protein uS11-A


分子量: 14562.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P06367

-
非ポリマー , 1種, 1分子

#12: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Utp23-FTpA, Krr1-deltaC3 / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#11 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 46.4 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.89 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 171224
詳細: Note: This is a composite map. The resolution given refers to the consensus refinement.
対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 41.65 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.003425214
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.672135847
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.044379
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00593212
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.59216656

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る