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- PDB-9fy6: Single particle cryo-EM reconstruction of Bacillus Methanolicus e... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fy6
タイトルSingle particle cryo-EM reconstruction of Bacillus Methanolicus encapsulin nano compartment
要素Bacteriocin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Encapsulin / nanocompartment / HK97
機能・相同性Type 1 encapsulin shell protein / Encapsulating protein for peroxidase / : / encapsulin nanocompartment / Type 1 encapsulin shell protein
機能・相同性情報
生物種Bacillus methanolicus MGA3 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.82 Å
データ登録者Marles-Wright, J. / McIver, Z. / Basle, A. / Ross, J.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)2306768 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/N005570/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)1801041 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of Bacillus methanolicus encapsulin nano compartment
著者: Marles-Wright, J. / McIver, Z. / Basle, A. / Ross, J.
履歴
登録2024年7月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月11日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月11日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月11日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月11日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月11日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月11日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月11日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月11日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteriocin
B: Bacteriocin
C: Bacteriocin
D: Bacteriocin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,2054
ポリマ－128,2054
非ポリマー00
水00
1
A: Bacteriocin
B: Bacteriocin
C: Bacteriocin
D: Bacteriocin
x 60


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, rota_matrix 1 0 0 rota_matrix 0 1 0 rota_matrix 0 0 1 tran_orth 0 0 0 rota_matrix 0.309 0.809 0.5 rota_matrix -0.809 0.5 -0.309 rota_matrix -0.5 -0.309 0.809 tran_orth - ...根拠: 電子顕微鏡法, rota_matrix 1 0 0 rota_matrix 0 1 0 rota_matrix 0 0 1 tran_orth 0 0 0 rota_matrix 0.309 0.809 0.5 rota_matrix -0.809 0.5 -0.309 rota_matrix -0.5 -0.309 0.809 tran_orth -237.6284 622.1406 384.5119 rota_matrix -0.809 0.5 0.309 rota_matrix -0.5 -0.309 -0.809 rota_matrix -0.309 -0.809 0.5 tran_orth 384.5122 1006.6524 622.1407 rota_matrix -0.809 -0.5 -0.309 rota_matrix 0.5 -0.309 -0.809 rota_matrix 0.309 -0.809 0.5 tran_orth 1006.6526 622.14 384.5126 rota_matrix 0.309 -0.809 -0.5 rota_matrix 0.809 0.5 -0.309 rota_matrix 0.5 -0.309 0.809 tran_orth 769.0241 -0.0004 0.0004 rota_matrix -1 0 0 rota_matrix 0 -1 0 rota_matrix 0 0 1 tran_orth 769.024 769.024 0 rota_matrix -0.309 -0.809 0.5 rota_matrix 0.809 -0.5 -0.309 rota_matrix 0.5 0.309 0.809 tran_orth 622.1407 384.5124 -237.6283 rota_matrix 0.809 -0.5 0.309 rota_matrix 0.5 0.309 -0.809 rota_matrix 0.309 0.809 0.5 tran_orth 146.8843 384.5124 -237.6287 rota_matrix 0.809 0.5 -0.309 rota_matrix -0.5 0.309 -0.809 rota_matrix -0.309 0.809 0.5 tran_orth 0.0007 769.0241 -0.0006 rota_matrix -0.309 0.809 -0.5 rota_matrix -0.809 -0.5 -0.309 rota_matrix -0.5 0.309 0.809 tran_orth 384.5123 1006.6523 146.8832 rota_matrix -1 0 0 rota_matrix 0 1 0 rota_matrix 0 0 -1 tran_orth 769.023 -0.001 769.024 rota_matrix -0.309 0.809 -0.5 rota_matrix 0.809 0.5 0.309 rota_matrix 0.5 -0.309 -0.809 tran_orth 384.5106 -237.6283 622.1409 rota_matrix 0.809 0.5 -0.309 rota_matrix 0.5 -0.309 0.809 rota_matrix 0.309 -0.809 -0.5 tran_orth -0.0004 0.0009 769.0246 rota_matrix 0.809 -0.5 0.309 rota_matrix -0.5 -0.309 0.809 rota_matrix -0.309 -0.809 -0.5 tran_orth 146.8843 384.5122 1006.6527 rota_matrix -0.309 -0.809 0.5 rota_matrix -0.809 0.5 0.309 rota_matrix -0.5 -0.309 -0.809 tran_orth 622.1407 384.511 1006.6524 rota_matrix 1 0 0 rota_matrix 0 -1 0 rota_matrix 0 0 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146.8832 rota_matrix 0.5 0.309 0.809 rota_matrix 0.309 0.809 -0.5 rota_matrix -0.809 0.5 0.309 tran_orth -237.6286 146.8842 384.5114 rota_matrix 0 -1 0 rota_matrix 0 0 1 rota_matrix -1 0 0 tran_orth 769.024 -0.0005 769.0235 rota_matrix -0.5 -0.309 0.809 rota_matrix 0.309 0.809 0.5 rota_matrix -0.809 0.5 -0.309 tran_orth 384.5111 -237.6287 622.1398 rota_matrix -0.309 0.809 0.5 rota_matrix 0.809 0.5 -0.309 rota_matrix -0.5 0.309 -0.809 tran_orth -0.0011 0.0007 769.0236 rota_matrix 0.309 0.809 -0.5 rota_matrix 0.809 -0.5 -0.309 rota_matrix -0.5 -0.309 -0.809 tran_orth 146.8833 384.513 1006.6524 rota_matrix 0.5 -0.309 -0.809 rota_matrix 0.309 -0.809 0.5 rota_matrix -0.809 -0.5 -0.309 tran_orth 622.1409 384.5123 1006.6523 rota_matrix 0 -1 0 rota_matrix 0 0 -1 rota_matrix 1 0 0 tran_orth 769.0251 769.0235 0.0005 rota_matrix 0.5 -0.309 -0.809 rota_matrix -0.309 0.809 -0.5 rota_matrix 0.809 0.5 0.309 tran_orth 622.1409 384.5111 -237.6283 rota_matrix 0.309 0.809 -0.5 rota_matrix -0.809 0.5 0.309 rota_matrix 0.5 0.309 0.809 tran_orth 146.8833 384.5117 -237.6283 rota_matrix -0.309 0.809 0.5 rota_matrix -0.809 -0.5 0.309 rota_matrix 0.5 -0.309 0.809 tran_orth -0.0001 769.0244 0.0004 rota_matrix -0.5 -0.309 0.809 rota_matrix -0.309 -0.809 -0.5 rota_matrix 0.809 -0.5 0.309 tran_orth 384.5128 1006.6527 146.8843 rota_matrix 0 1 0 rota_matrix 0 0 1 rota_matrix 1 0 0 tran_orth -0.001 0.0005 0.0005 rota_matrix 0.5 0.309 0.809 rota_matrix -0.309 -0.809 0.5 rota_matrix 0.809 -0.5 -0.309 tran_orth -237.628 622.1415 384.5127 rota_matrix 0.309 -0.809 0.5 rota_matrix -0.809 -0.5 -0.309 rota_matrix 0.5 -0.309 -0.809 tran_orth 384.5134 1006.6523 622.1409 rota_matrix -0.309 -0.809 -0.5 rota_matrix -0.809 0.5 -0.309 rota_matrix 0.5 0.309 -0.809 tran_orth 1006.653 622.139 384.5121 rota_matrix -0.5 0.309 -0.809 rota_matrix -0.309 0.809 0.5 rota_matrix 0.809 0.5 -0.309 tran_orth 769.0231 -0.0011 0.0002 rota_matrix 0 0 -1 rota_matrix 1 0 0 rota_matrix 0 -1 0 tran_orth 769.0235 0 769.0246 rota_matrix 0.809 -0.5 -0.309 rota_matrix 0.5 0.309 0.809 rota_matrix -0.309 -0.809 0.5 tran_orth 384.5119 -237.6283 622.1407 rota_matrix 0.5 -0.309 0.809 rota_matrix -0.309 0.809 0.5 rota_matrix -0.809 -0.5 0.309 tran_orth -0.0001 -0.0001 769.0239 rota_matrix -0.5 0.309 0.809 rota_matrix -0.309 0.809 -0.5 rota_matrix -0.809 -0.5 -0.309 tran_orth 146.8832 384.5118 1006.6523 rota_matrix -0.809 0.5 -0.309 rota_matrix 0.5 0.309 -0.809 rota_matrix -0.309 -0.809 -0.5 tran_orth 622.1398 384.5118 1006.6527 rota_matrix 0 0 1 rota_matrix -1 0 0 rota_matrix 0 -1 0 tran_orth 0.0005 769.024 769.0246 rota_matrix -0.809 -0.5 0.309 rota_matrix -0.5 0.309 -0.809 rota_matrix 0.309 -0.809 -0.5 tran_orth 769.0244 769.0231 769.0246 rota_matrix -0.5 -0.309 -0.809 rota_matrix 0.309 0.809 -0.5 rota_matrix 0.809 -0.5 -0.309 tran_orth 1006.6521 146.8825 384.5127 rota_matrix 0.5 0.309 -0.809 rota_matrix 0.309 0.809 0.5 rota_matrix 0.809 -0.5 0.309 tran_orth 384.5113 -237.6287 146.8843 rota_matrix 0.809 0.5 0.309 rota_matrix -0.5 0.309 0.809 rota_matrix 0.309 -0.809 0.5 tran_orth -237.6286 146.884 384.5126 rota_matrix 0 0 1 rota_matrix 1 0 0 rota_matrix 0 1 0 tran_orth -0.0005 0.001 -0.0005 rota_matrix 0.809 0.5 0.309 rota_matrix 0.5 -0.309 -0.809 rota_matrix -0.309 0.809 -0.5 tran_orth -237.628 622.1417 384.5115 rota_matrix 0.5 0.309 -0.809 rota_matrix -0.309 -0.809 -0.5 rota_matrix -0.809 0.5 -0.309 tran_orth 384.5129 1006.6527 622.1398 rota_matrix -0.5 -0.309 -0.809 rota_matrix -0.309 -0.809 0.5 rota_matrix -0.809 0.5 0.309 tran_orth 1006.6527 622.1399 384.5114 rota_matrix -0.809 -0.5 0.309 rota_matrix 0.5 -0.309 0.809 rota_matrix -0.309 0.809 0.5 tran_orth 769.0234 -0.0001 -0.0006 rota_matrix 0 0 -1 rota_matrix -1 0 0 rota_matrix 0 1 0 tran_orth 769.0246 769.023 -0.0005 rota_matrix -0.809 0.5 -0.309 rota_matrix -0.5 -0.309 0.809 rota_matrix 0.309 0.809 0.5 tran_orth 622.1398 384.5116 -237.6287 rota_matrix -0.5 0.309 0.809 rota_matrix 0.309 -0.809 0.5 rota_matrix 0.809 0.5 0.309 tran_orth 146.8832 384.5129 -237.6283 rota_matrix 0.5 -0.309 0.809 rota_matrix 0.309 -0.809 -0.5 rota_matrix 0.809 0.5 -0.309 tran_orth 0.0009 769.0251 0.0002 rota_matrix 0.809 -0.5 -0.309 rota_matrix -0.5 -0.309 -0.809 rota_matrix 0.309 0.809 -0.5 tran_orth 384.5135 1006.6524 146.8833
  • 7.69 MDa, 240 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,692,285240
ポリマ－7,692,285240
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59

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要素

#1: タンパク質
Bacteriocin


分子量: 32051.186 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus methanolicus MGA3 (バクテリア)
遺伝子: BMMGA3_02020 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: I3E3I1
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Encapsulin nano compartment / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 7.7 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Bacillus methanolicus MGA3 (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHepesC8H18N2O4S1
2150 mMsodium chlorideNaCl1
試料濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 190000 X / 倍率（補正後）: 190000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Calibrated defocus min: 600 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 1600 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 4.17 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9558

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21.1_5286 / カテゴリ: モデル精密化
画像処理詳細: Images subjected to patch motion correction and patch CTF in CryoSPARC
CTF補正詳細: Patch CTF in CryoSparc / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1058170
詳細: Template based picking from initial 2D templates from 6000 particles
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 2.82 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 109840 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 詳細: Homogenous refinement with Ewald sphere correction / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 117.89 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00248678
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.450611763
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04161323
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00271536
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.12981167

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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