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- PDB-9ftm: Asgard ESCRT-IIIB membrane-bound protofilament structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ftm
タイトルAsgard ESCRT-IIIB membrane-bound protofilament structure
要素Heimdallarchaeota archaeon AB_125 ESCRT-IIIB
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ESCRT-III / filament / membrane binding protein / membrane remodeling / Asgard archaea
機能・相同性Snf7 family / Snf7 / late endosome to vacuole transport via multivesicular body sorting pathway / vesicle budding from membrane / endomembrane system / cytoplasmic side of plasma membrane / intracellular membrane-bounded organelle / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Candidatus Heimdallarchaeota archaeon (古細菌)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.5 Å
データ登録者Chaaban, S. / Souza, D.P. / Baum, B.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust203276/Z/16/Z 英国
Wellcome Trust210711/Z/18/Z 英国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Asgard archaea reveal the conserved principles of ESCRT-III membrane remodeling.
著者: Diorge P Souza / Javier Espadas / Sami Chaaban / Edmund R R Moody / Tomoyuki Hatano / Mohan Balasubramanian / Tom A Williams / Aurélien Roux / Buzz Baum /
要旨: ESCRT-III proteins assemble into composite polymers that undergo stepwise changes in composition and structure to deform membranes across the tree of life. Here, using a phylogenetic analysis, we ...ESCRT-III proteins assemble into composite polymers that undergo stepwise changes in composition and structure to deform membranes across the tree of life. Here, using a phylogenetic analysis, we demonstrate that the two endosomal sorting complex required for transport III (ESCRT-III) proteins present in eukaryote's closest Asgard archaeal relatives are evolutionarily related to the B- and A-type eukaryotic paralogs that initiate and execute membrane remodeling, respectively. We show that Asgard ESCRT-IIIB assembles into parallel arrays on planar membranes to initiate membrane deformation, from where it recruits ESCRT-IIIA to generate composite polymers. Last, we show that Asgard ESCRT-IIIA is able to remodel membranes into tubes as a likely prelude to scission. Together, these data reveal a set of conserved principles governing ESCRT-III-dependent membrane remodeling that first emerged in a two-component ESCRT-III system in archaea.
履歴
登録2024年6月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Heimdallarchaeota archaeon AB_125 ESCRT-IIIB
G: Heimdallarchaeota archaeon AB_125 ESCRT-IIIB
A: Heimdallarchaeota archaeon AB_125 ESCRT-IIIB
H: Heimdallarchaeota archaeon AB_125 ESCRT-IIIB
I: Heimdallarchaeota archaeon AB_125 ESCRT-IIIB
K: Heimdallarchaeota archaeon AB_125 ESCRT-IIIB
F: Heimdallarchaeota archaeon AB_125 ESCRT-IIIB
B: Heimdallarchaeota archaeon AB_125 ESCRT-IIIB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,0428
ポリマ－193,0428
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
Heimdallarchaeota archaeon AB_125 ESCRT-IIIB / Snf7 domain-containing protein


分子量: 24130.268 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Heimdallarchaeota archaeon (古細菌)
遺伝子: HeimAB125_14020 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1Q9PC98
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Membrane-bound Asgard ESCRT-IIIB protofilament array
タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 33 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Candidatus Heimdallarchaeota archaeon (古細菌)
緩衝液pH: 6
詳細: 20 mM Bis-Tris-HCl pH 6.0, 0.12 mM 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine, 0.08 mM 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phospho-L-serine
緩衝液成分濃度: 20 mM / 名称: Bis-Tris-HCl / 式: Bis-Tris-HCl
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 293.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 29600

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7Coot0.9.3モデルフィッティング
9cryoSPARC4.2.1初期オイラー角割当
10RELION5最終オイラー角割当
12RELION5３次元再構成
13PHENIX1.2モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 0.4 ° / 軸方向距離/サブユニット: 29.9 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 6.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 27747 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築詳細: The initial model was obtained from the high resolution four-protofilament structure off membranes
Source name: Other / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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