[日本語] English
万見
- PDB-9fte: Cryo-EM structure of the adhesion GPCR ADGRV1 in complex with a n... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fte
タイトルCryo-EM structure of the adhesion GPCR ADGRV1 in complex with a nanobody
要素
  • Adhesion G protein-coupled receptor V1
  • Nanobody RE02
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Adhesion GPCR / Signaling / 7TM / Nanobody
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of animal organ identity / stereocilium membrane / sensory perception of light stimulus / photoreceptor cell maintenance / neurogenesis / photoreceptor inner segment / sensory perception of sound / G protein-coupled receptor activity / cell surface receptor signaling pathway / receptor complex ...maintenance of animal organ identity / stereocilium membrane / sensory perception of light stimulus / photoreceptor cell maintenance / neurogenesis / photoreceptor inner segment / sensory perception of sound / G protein-coupled receptor activity / cell surface receptor signaling pathway / receptor complex / hydrolase activity / calcium ion binding / cell surface / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Adhesion G-protein coupled receptor V1 / Leucine-rich glioma-inactivated , EPTP repeat / EAR / EPTP domain / EAR repeat profile. / LamG-like jellyroll fold / LamG-like jellyroll fold domain / Domains in Na-Ca exchangers and integrin-beta4 / Na-Ca exchanger/integrin-beta4 / Calx-beta domain ...Adhesion G-protein coupled receptor V1 / Leucine-rich glioma-inactivated , EPTP repeat / EAR / EPTP domain / EAR repeat profile. / LamG-like jellyroll fold / LamG-like jellyroll fold domain / Domains in Na-Ca exchangers and integrin-beta4 / Na-Ca exchanger/integrin-beta4 / Calx-beta domain / CalX-like domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanases superfamily / GAIN domain superfamily / : / GAIN-B domain profile. / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Adhesion G-protein coupled receptor V1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.82 Å
データ登録者Achat, Y. / Prevost, M. / Mechaly, A. / Genera, M. / Colcombet, J.B. / Bezault, A. / Winter, J.M. / Ayme, G. / Venien-Bryan, C. / Wolff, N.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
Other government2019-0018C1 Fondation pour l'Audition フランス
Other government4133/2021 Ministere de l'enseignement superieur et de la recherche フランス
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of the adhesion GPCR ADGRV1 in complex with a nanobody
著者: Achat, Y. / Prevost, M. / Mechaly, A. / Genera, M. / Colcombet, J.B. / Bezault, A. / Winter, J.M. / Ayme, G. / Venien-Bryan, C. / Wolff, N.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2018
タイトル: Real-space refinement in PHENIX for cryo-EM and crystallography.
著者: Pavel V Afonine / Billy K Poon / Randy J Read / Oleg V Sobolev / Thomas C Terwilliger / Alexandre Urzhumtsev / Paul D Adams /
要旨: This article describes the implementation of real-space refinement in the phenix.real_space_refine program from the PHENIX suite. The use of a simplified refinement target function enables very fast ...This article describes the implementation of real-space refinement in the phenix.real_space_refine program from the PHENIX suite. The use of a simplified refinement target function enables very fast calculation, which in turn makes it possible to identify optimal data-restraint weights as part of routine refinements with little runtime cost. Refinement of atomic models against low-resolution data benefits from the inclusion of as much additional information as is available. In addition to standard restraints on covalent geometry, phenix.real_space_refine makes use of extra information such as secondary-structure and rotamer-specific restraints, as well as restraints or constraints on internal molecular symmetry. The re-refinement of 385 cryo-EM-derived models available in the Protein Data Bank at resolutions of 6 Å or better shows significant improvement of the models and of the fit of these models to the target maps.
履歴
登録2024年6月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02026年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月14日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月14日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月14日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月14日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月14日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Adhesion G protein-coupled receptor V1
B: Nanobody RE02


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,1002
ポリマ－63,1002
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

#1: タンパク質 Adhesion G protein-coupled receptor V1


分子量: 47335.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 1- / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Adgrv1, Gpr98
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: B8JJE0
#2: 抗体 Nanobody RE02


分子量: 15764.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 128-137 : c-Myc tag 142-147 : 6x His tag / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Adhesion G-protein coupled receptor V1 beta subunit complexed with RE02 nanobodyCOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2RE02 nanobodyCOMPLEX#21RECOMBINANT
3Adhesion G-protein coupled receptor V1 beta subunitCOMPLEX#11RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Mus musculus (ハツカネズミ)10090
32Vicugna pacos (アルパカ)30538
43Mus musculus (ハツカネズミ)10090
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
32Escherichia coli (大腸菌)562
43Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)

-
解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.82 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 97447 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0042869
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.7083913
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.707393
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.041434
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.007486

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る