PDB-9fp6: Structure of the NbNRC2 hexameric resistosome

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fp6

タイトル

Structure of the NbNRC2 hexameric resistosome

要素

NRC2a

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Plant immunity / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

defense response to other organism / ADP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Nicotiana benthamiana (ナス科)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Webster, M.W. / Madhuprakash, J. / Kamoun, S.

資金援助

英国, European Union, 7件

組織	認可番号	国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/X01102X/1	英国
UK Research and Innovation (UKRI)	MR/X033481/1	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BBSRC BBS/E/J/000PR9795	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BBSRC BBS/E/J/000PR9796	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BBSRC BBS/E/J/000PR9798	英国
European Research Council (ERC)	743165	European Union
Gatsby Charitable Foundation	Gatsby Charitable Foundation	英国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of the NbNRC2 hexameric resistosome
著者: Webster, M.W. / Madhuprakash, J. / Kamoun, S.

履歴

登録	2024年6月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fp6.cif.gz	869.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fp6.ent.gz	708 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fp6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9fp6_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9fp6_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	9fp6_validation.xml.gz	126 KB	表示
CIF形式データ	9fp6_validation.cif.gz	187.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/9fp6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/9fp6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	50637MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (3)

登録構造単位

A: NRC2a

B: NRC2a

C: NRC2a

D: NRC2a

E: NRC2a

F: NRC2a

ヘテロ分子

611 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	NRC2a 分子量: 101270.000 Da / 分子数: 6 / 変異: L9E, L13E, L17E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nicotiana benthamiana (ナス科) / 発現宿主: Nicotiana benthamiana (ナス科) / 参照: UniProt: A0A0S3ANR1
#2: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: NbNRC2a / タイプ: COMPLEX 詳細: The NbNRC2 was activated in planta to a hexameric resistosome using the sensor Rx and PVX coat protein. Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量	値: 0.606 MDa / 実験値: YES
由来(天然)	生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科)
由来(組換発現)	生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科)
緩衝液	pH: 7.5 詳細: 100mM Tris HCl (pH 7.5), 150 mM NaCl, 1 mM MgCl2, 3% glycerol
試料	濃度: 2.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持	グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結	装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ	試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	平均露光時間: 1.95 sec. / 電子線照射量: 49.5 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 12908

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解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
1	cryoSPARC	4.5.1	粒子像選択
4	cryoSPARC	4.5.1	CTF補正
10	cryoSPARC	4.5.1	初期オイラー角割当
11	cryoSPARC	4.5.1	最終オイラー角割当
13	cryoSPARC	4.5.1	３次元再構成

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

粒子像の選択

選択した粒子像数: 391586

3次元再構成

解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 205897 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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