[日本語] English
万見
- PDB-9foj: LGTV TP21. Langat virus, strain TP21 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9foj
タイトルLGTV TP21. Langat virus, strain TP21
要素
  • Envelope protein E
  • Small envelope protein M
キーワードVIRUS / Flavivirus / Langat virus / recombinant virus
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of JAK1 activity / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated activation of host apoptosis / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of JAK1 activity / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated activation of host apoptosis / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated activation of host autophagy / serine-type endopeptidase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. ...Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CPL / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Langat virus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.82 Å
データ登録者Bisikalo, K. / Rosendal, E.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Swedish Research Council2018-05851 スウェーデン
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: The influence of the pre-membrane and envelope proteins on structure, pathogenicity and tropism of tick-borne encephalitis virus
著者: Rosendal, E. / Bisikalo, K. / Willekens, S.M. / Lindgren, M. / Holoubek, J. / Svoboda, P. / Lappalainen, A. / Konighofer, E. / Mirgorodskaya, E. / Norden, R. / Morini, F. / Rosenbaum, W. / ...著者: Rosendal, E. / Bisikalo, K. / Willekens, S.M. / Lindgren, M. / Holoubek, J. / Svoboda, P. / Lappalainen, A. / Konighofer, E. / Mirgorodskaya, E. / Norden, R. / Morini, F. / Rosenbaum, W. / Ruzek, D. / Ahlgren, U. / Anastasina, M. / Merits, A. / Butcher, S.J. / Nilsson, E. / Overby, A.K.
履歴
登録2024年6月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年11月27日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / em_admin ...atom_site / em_admin / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _em_admin.last_update / _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id / _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 / _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_3 / _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id / _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _struct_conf.beg_auth_asym_id / _struct_conf.beg_auth_comp_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.beg_label_asym_id / _struct_conf.beg_label_comp_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_asym_id / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_asym_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id / _struct_mon_prot_cis.label_asym_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 / _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 / _struct_sheet.number_strands / _struct_sheet_order.range_id_1 / _struct_sheet_order.range_id_2 / _struct_sheet_order.sense / _struct_sheet_order.sheet_id / _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id / _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.beg_label_asym_id / _struct_sheet_range.beg_label_comp_id / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_asym_id / _struct_sheet_range.end_auth_comp_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_asym_id / _struct_sheet_range.end_label_comp_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id / _struct_sheet_range.id / _struct_sheet_range.sheet_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,29415
ポリマ－185,4726
非ポリマー5,8229
水00
1
A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子

A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子

A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子

A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子

A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子

A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子

A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子

A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子

A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子

A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子

A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子

A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子

A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子

A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子

A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子

A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子

A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子

A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子

A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子

A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子

A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子

A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子

A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子

A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子

A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子

A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子

A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子

A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子

A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子

A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子

A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子

A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子

A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子

A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子

A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子

A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子

A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子

A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子

A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子

A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子

A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子

A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子

A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子

A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子

A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子

A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子

A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子

A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子

A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子

A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子

A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子

A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子

A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子

A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子

A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子

A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子

A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子

A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子

A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子

A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Small envelope protein M
E: Small envelope protein M
F: Small envelope protein M
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,477,637900
ポリマ－11,128,343360
非ポリマー349,294540
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59

-
要素

#1: タンパク質 Envelope protein E


分子量: 53574.301 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Langat virus (strain TP21) (ウイルス)
細胞株 (発現宿主): A549 MAVS -/- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P29837
#2: タンパク質 Small envelope protein M / Matrix protein


分子量: 8249.828 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Langat virus (strain TP21) (ウイルス)
細胞株 (発現宿主): A549 MAVS -/- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P29837
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物
ChemComp-CPL / 1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / PALMITOYL-LINOLEOYL PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 758.060 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H80NO8P / コメント: リン脂質*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Langat virus (strain TP21) / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Langat virus (strain TP21) (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: A549 MAVS -/-
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
ウイルス殻直径: 500 nm / 三角数 (T数): 3
緩衝液pH: 8
詳細: VP-SFM growth medium, supplemented with rapamycin and glutamate.
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 150000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / アライメント法: BASIC
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1430

-
解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2EPU画像取得
4cryoSPARCCTF補正
7UCSF ChimeraXモデルフィッティング
9cryoSPARC初期オイラー角割当
10cryoSPARC最終オイラー角割当
11cryoSPARC分類
12cryoSPARC３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
14ISOLDEモデル精密化
15Cootモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 15306
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3.82 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 12857 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る