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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9fbw | ||||||||||||
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タイトル | SWR1 lacking Swc5 subunit in complex with hexasome | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN / Chromatin remodelling complex / hexasome | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ATP-dependent H2AZ histone chaperone activity / sexual sporulation resulting in formation of a cellular spore / cupric reductase (NADH) activity / HATs acetylate histones / global genome nucleotide-excision repair / RNA polymerase I upstream activating factor complex / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Assembly of the ORC complex at the origin of replication ...ATP-dependent H2AZ histone chaperone activity / sexual sporulation resulting in formation of a cellular spore / cupric reductase (NADH) activity / HATs acetylate histones / global genome nucleotide-excision repair / RNA polymerase I upstream activating factor complex / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / R2TP complex / HDACs deacetylate histones / protein targeting to vacuole / Swr1 complex / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / Ino80 complex / replication fork protection complex / Oxidative Stress Induced Senescence / RMTs methylate histone arginines / postreplication repair / recombinational repair / SUMOylation of chromatin organization proteins / ATP-dependent chromatin remodeler activity / box C/D snoRNP assembly / 3'-5' DNA helicase activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / NuA4 histone acetyltransferase complex / RNA Polymerase I Promoter Escape / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / rRNA transcription / Estrogen-dependent gene expression / intracellular copper ion homeostasis / nucleosome binding / Ub-specific processing proteases / CENP-A containing nucleosome / nucleosomal DNA binding / aerobic respiration / DNA helicase activity / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / nuclear periphery / helicase activity / heterochromatin formation / structural constituent of chromatin / rRNA processing / nucleosome / nucleosome assembly / chromatin organization / histone binding / 5'-3' DNA helicase activity / DNA helicase / molecular adaptor activity / protein stabilization / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / DNA repair / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / structural molecule activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Jalal, A.S.B. / Wigley, D.B. | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2024 タイトル: Stabilization of the hexasome intermediate during histone exchange by yeast SWR1 complex. 著者: Adam S B Jalal / Paul Girvan / Eugene Y D Chua / Lexin Liu / Shijie Wang / Elizabeth A McCormack / Michael T Skehan / Carol L Knight / David S Rueda / Dale B Wigley / 要旨: The yeast SWR1 complex catalyzes the exchange of histone H2A/H2B dimers in nucleosomes with Htz1/H2B dimers. We use cryoelectron microscopy to determine the structure of an enzyme-bound hexasome ...The yeast SWR1 complex catalyzes the exchange of histone H2A/H2B dimers in nucleosomes with Htz1/H2B dimers. We use cryoelectron microscopy to determine the structure of an enzyme-bound hexasome intermediate in the reaction pathway of histone exchange, in which an H2A/H2B dimer has been extracted from a nucleosome prior to the insertion of a dimer comprising Htz1/H2B. The structure reveals a key role for the Swc5 subunit in stabilizing the unwrapping of DNA from the histone core of the hexasome. By engineering a crosslink between an Htz1/H2B dimer and its chaperone protein Chz1, we show that this blocks histone exchange by SWR1 but allows the incoming chaperone-dimer complex to insert into the hexasome. We use this reagent to trap an SWR1/hexasome complex with an incoming Htz1/H2B dimer that shows how the reaction progresses to the next step. Taken together the structures reveal insights into the mechanism of histone exchange by SWR1 complex. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9fbw.cif.gz | 934.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9fbw.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 9fbw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 9fbw_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 9fbw_full_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 9fbw_validation.xml.gz | 149.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 9fbw_validation.cif.gz | 226.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/9fbw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/9fbw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 50297MC 8qyvC 8qz0C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 6種, 8分子 ABCDEGMR
#1: タンパク質 | 分子量: 15405.032 Da / 分子数: 2 / 変異: Q120M, K121P, K125Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 遺伝子: HHT1, YBR010W, YBR0201, HHT2, SIN2, YNL031C, N2749 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61830 #2: タンパク質 | 分子量: 11395.390 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 遺伝子: HHF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02309 #3: タンパク質 | | 分子量: 14013.177 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 遺伝子: HTA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04911 #4: タンパク質 | | 分子量: 14280.362 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 遺伝子: HTB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02293 #7: タンパク質 | | 分子量: 174792.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 遺伝子: SWR1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q05471 #8: タンパク質 | | 分子量: 50100.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 遺伝子: ARP6 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q12509 |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ
#5: DNA鎖 | 分子量: 34362.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#6: DNA鎖 | 分子量: 34763.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物) |
-Vacuolar protein sorting-associated protein ... , 2種, 2分子 SZ
#9: タンパク質 | 分子量: 32073.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 遺伝子: VPS71 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q03433 |
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#12: タンパク質 | 分子量: 90709.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 遺伝子: VPS72, SWC2, YDR485C / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q03388 |
-RuvB-like protein ... , 2種, 6分子 TVXUWY
#10: タンパク質 | 分子量: 50516.941 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 遺伝子: RVB1, TIH1, TIP49A, YDR190C / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q03940, DNA helicase #11: タンパク質 | 分子量: 51673.488 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 遺伝子: RVB2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q12464 |
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-非ポリマー , 4種, 20分子
#13: 化合物 | ChemComp-ADP / #14: 化合物 | #15: 化合物 | ChemComp-MG / #16: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: SWR1 lacking Swc5 subunit in complex with hexasome / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#12 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) |
由来(組換発現) | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1900 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 700 nm |
撮影 | 電子線照射量: 52 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 57997 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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