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万見
- PDB-9f2k: Myo-inositol-1-phosphate synthase from Thermochaetoides thermophi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9f2k
タイトルMyo-inositol-1-phosphate synthase from Thermochaetoides thermophila in complex with NAD
要素inositol-3-phosphate synthase
キーワードISOMERASE / inositol metabolism / endogenous / conformational selection
機能・相同性
機能・相同性情報


inositol-3-phosphate synthase / inositol-3-phosphate synthase activity / inositol biosynthetic process / phospholipid biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Myo-inositol-1-phosphate synthase / Myo-inositol-1-phosphate synthase / Myo-inositol-1-phosphate synthase, GAPDH-like / Myo-inositol-1-phosphate synthase / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / inositol-3-phosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.48 Å
データ登録者Traeger, T.K. / Kyrilis, F.L. / Hamdi, F. / Kastritis, P.L.
資金援助European Union, ドイツ, 4件
組織認可番号国
European Union (EU)101086665European Union
German Federal Ministry for Education and Research03Z22HN23, 03Z22HI2 and 03COV04 ドイツ
European Regional Development FundZS/2016/04/78115European Union
German Research Foundation (DFG)391498659 ドイツ
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: Disorder-to-order active site capping regulates the rate-limiting step of the inositol pathway
著者: Traeger, T.K. / Kyrilis, F.L. / Hamdi, F. / Kastritis, P.L.
履歴
登録2024年4月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: inositol-3-phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,3992
ポリマ－56,7351
非ポリマー6631
水00
1
A: inositol-3-phosphate synthase
ヘテロ分子

A: inositol-3-phosphate synthase
ヘテロ分子

A: inositol-3-phosphate synthase
ヘテロ分子

A: inositol-3-phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)229,5968
ポリマ－226,9424
非ポリマー2,6544
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation3

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要素

#1: タンパク質 inositol-3-phosphate synthase


分子量: 56735.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SDP4, inositol-3-phosphate synthase
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Native homotetramer of the Myo-inositol-1-phosphate synthase
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.24 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
1100 mMHEPES1
295 mMNaCl1
35 mMKCl1
41 mMMgCl21
50.5 mMEDTA1
65 %Glycerol1
試料濃度: 0.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 15 mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K / 詳細: 6 s blot time with a blot force of -1

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 240000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: OTHER / 最高温度: 103.15 K / 最低温度: 77.15 K
撮影電子線照射量: 28 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 6261
画像スキャン横: 4000 / 縦: 4000

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細Fitting-ID
1cryoSPARC3.3.2粒子像選択Template Picking
3EPU2.6画像取得Data Collection
5cryoSPARC3.3.2CTF補正Patch CTF Estimation
8UCSF ChimeraX1.6.1モデルフィッティング1
12PHENIX1.20.1-4487モデル精密化1
13UCSF ChimeraX1.6.1モデルフィッティング2
14Coot0.9.8.1モデル精密化2
15cryoSPARC3.3.2初期オイラー角割当Ab-Initio Reconstruction
17cryoSPARC3.3.2最終オイラー角割当Non uniform Refinement
19cryoSPARC3.3.2分類3D classification
21cryoSPARC4.4.1３次元再構成Local refinement
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 309043
対称性点対称性: D2 (2回x2回 2面回転対称)
3次元再構成解像度: 2.48 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 255354 / アルゴリズム: SIMULTANEOUS ITERATIVE (SIRT) / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築
IDプロトコル空間
1FLEXIBLE FITREAL
2FLEXIBLE FITREAL
原子モデル構築
ID 3D fitting-ID詳細Source nameタイプ
11Local InstallationAlphaFoldin silico model
22Local InstallationAlphaFoldin silico model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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