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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9ez8 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the icosahedral lumazine synthase from Vicia faba. | ||||||
要素 | 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / icosahedral enzyme | ||||||
機能・相同性 | 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase activity / Lumazine synthase / riboflavin synthase complex / Lumazine/riboflavin synthase / Lumazine/riboflavin synthase superfamily / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / riboflavin biosynthetic process / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Vicia faba (ソラマメ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Chee, M. / Trapani, S. / Hoh, F. / Lai Kee Him, J. / Yvon, M. / Blanc, S. / Bron, P. | ||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of the icosahedral lumazine synthase from Vicia faba. 著者: Chee, M. / Trapani, S. / Hoh, F. / Lai Kee Him, J. / Yvon, M. / Blanc, S. / Bron, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9ez8.cif.gz | 39.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9ez8.ent.gz | 24.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 9ez8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 9ez8_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 9ez8_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 9ez8_validation.xml.gz | 24.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 9ez8_validation.cif.gz | 33.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/9ez8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/9ez8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 50071MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16505.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vicia faba (ソラマメ) 参照: UniProt: A0A9D4WQC0, 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Icosahedral 60-mer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 1.45 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Vicia faba (ソラマメ) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 600 nm |
撮影 | 電子線照射量: 7.34 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 64092 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 詳細: poly-Ala model manually built using Coot / Source name: Other / タイプ: other | ||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE |