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- PDB-9ez8: Cryo-EM structure of the icosahedral lumazine synthase from Vicia... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ez8
タイトルCryo-EM structure of the icosahedral lumazine synthase from Vicia faba.
要素6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
キーワードTRANSFERASE / icosahedral enzyme
機能・相同性6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase activity / Lumazine synthase / riboflavin synthase complex / Lumazine/riboflavin synthase / Lumazine/riboflavin synthase superfamily / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / riboflavin biosynthetic process / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
機能・相同性情報
生物種Vicia faba (ソラマメ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Chee, M. / Trapani, S. / Hoh, F. / Lai Kee Him, J. / Yvon, M. / Blanc, S. / Bron, P.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Montpellier University of Excellence (MUSE)BLANC-MUSE2020-Multivir フランス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of the icosahedral lumazine synthase from Vicia faba.
著者: Chee, M. / Trapani, S. / Hoh, F. / Lai Kee Him, J. / Yvon, M. / Blanc, S. / Bron, P.
履歴
登録2024年4月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5061
ポリマ－16,5061
非ポリマー00
水00
1
A: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)990,34660
ポリマ－990,34660
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59

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要素

#1: タンパク質 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / DMRL synthase


分子量: 16505.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vicia faba (ソラマメ)
参照: UniProt: A0A9D4WQC0, 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Icosahedral 60-mer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 1.45 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Vicia faba (ソラマメ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影電子線照射量: 7.34 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4CTFFIND4.1.13CTF補正
9RELION4.0.0初期オイラー角割当
10RELION4.0.0最終オイラー角割当
11RELION4.0.0分類
12RELION4.0.0３次元再構成
13Coot0.9.8.92モデル精密化
14PHENIX1.20.1モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 64092 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築詳細: poly-Ala model manually built using Coot / Source name: Other / タイプ: other
精密化交差検証法: NONE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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