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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9eyd
タイトルStructural basis of specific lysine transport by Pseudomonas aeruginosa permease LysP
要素
  • Lysine-specific permease
  • Nanobody CA5755
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid transmembrane transport / amino acid transmembrane transporter activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Amino acid permease, conserved site / : / Amino acid permeases signature. / Amino acid permease/ SLC12A domain / Amino acid permease
類似検索 - ドメイン・相同性
LYSINE / Lysine-specific permease
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
Lama glama (ラマ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.68 Å
データ登録者Nji, E. / Matsuoka, R.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust222999/Z/21/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural basis of specific lysine transport by Pseudomonas aeruginosa permease LysP.
著者: Deniz Bicer / Rei Matsuoka / Aurélien F A Moumbock / Preethi Sukumar / Albert Suades / Harish Cheruvara / Andrew Quigley / David Drew / Els Pardon / Jan Steyaert / Peter J F Henderson / ...著者: Deniz Bicer / Rei Matsuoka / Aurélien F A Moumbock / Preethi Sukumar / Albert Suades / Harish Cheruvara / Andrew Quigley / David Drew / Els Pardon / Jan Steyaert / Peter J F Henderson / Martin Caffrey / Julia J Griese / Emmanuel Nji /
要旨: Under conditions of extreme acidity, the lysine-specific permease, LysP, not only mediates the import of L-lysine it also interacts with the transcriptional regulator, CadC, to activate expression of ...Under conditions of extreme acidity, the lysine-specific permease, LysP, not only mediates the import of L-lysine it also interacts with the transcriptional regulator, CadC, to activate expression of the cadAB operon. This operon encodes the lysine decarboxylase, CadA, which converts lysine to cadaverine while consuming a cytoplasmic proton, and the antiporter, CadB, which exports protonated cadaverine in exchange for extracellular lysine. Together, these processes contribute to cytoplasmic pH homeostasis and support bacterial acid resistance - a mechanism essential for the survival of pathogenic bacteria in acidic host environments. Here, we present the cryo-EM structure of LysP from Pseudomonas aeruginosa in an inward-occluded conformation (3.2-5.3 Å resolution), bound to L-lysine and a nanobody. L-Lysine is coordinated by hydrophobic contacts, cation-π interactions, and by hydrogen bonding mostly with polar uncharged residues. Reconstitution of LysP into proteoliposomes confirms specific L-lysine transport, which is competitively inhibited by L-4-thialysine. These findings provide a structural framework for understanding selective lysine recognition and inhibition, with implications for antibacterial drug design.
履歴
登録2024年4月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月29日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月29日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02025年10月29日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月29日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02025年10月29日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年11月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _em_admin.last_update
改定 1.22025年12月3日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / struct
Item: _em_admin.last_update / _em_admin.title / _struct.title
改定 1.12025年12月3日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Group: Experimental summary / Data content type: EM metadata / カテゴリ: em_admin / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_admin.title
改定 1.32025年12月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
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改定 1.22025年12月17日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
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改定 1.42026年1月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
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改定 1.32026年1月14日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / em_admin
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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine-specific permease
B: Nanobody CA5755
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,4083
ポリマ－66,2602
非ポリマー1471
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Lysine-specific permease


分子量: 51816.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: K1001 is a substrate
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: lysP, PA4628 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q9HVG3
#2: 抗体 Nanobody CA5755


分子量: 14443.981 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Nanobody CA5755 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-LYS / LYSINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: PaLysP-NbCA5755 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 80 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.68 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 78459 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.68 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0014696
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.3586369
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.7561628
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.035698
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.003804

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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