PDB-9el1: ML2-SA1/PI(3,5)P2 bound TRPML2 in an open state

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9el1

タイトル

ML2-SA1/PI(3,5)P2 bound TRPML2 in an open state

要素

Mucolipin-2

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / TRPML / calcium channel / ion transport

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / macrophage migration / NAADP-sensitive calcium-release channel activity / positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / iron ion transmembrane transporter activity / neutrophil migration / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / TRP channels / calcium ion transmembrane transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.61 Å

データ登録者

Schmiege, P. / Li, X.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: ML2-SA1/PI(3,5)P2 bound TRPML2 in an open state
著者: Schmiege, P. / Li, X.

履歴

登録	2024年12月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年6月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年6月18日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年6月18日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年6月18日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年6月18日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年6月18日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9el1.cif.gz	382.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9el1.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9el1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9el1_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9el1_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	9el1_validation.xml.gz	63.6 KB	表示
CIF形式データ	9el1_validation.cif.gz	91.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/el/9el1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/el/9el1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	48144MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Mucolipin-2

B: Mucolipin-2

C: Mucolipin-2

D: Mucolipin-2

ヘテロ分子

268 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Mucolipin-2 / Transient receptor potential channel mucolipin 2 / TRPML2 分子量: 66016.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCOLN2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8IZK6
#2: 化合物	ChemComp-A1BI6 / (3aS,4S,7R,7aS)-3-(2,6-dichlorophenyl)-3a,4,5,6,7,7a-hexahydro-4,7-methano-1,2-benzoxazole 分子量: 282.165 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₃Cl₂NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EUJ / (2R)-3-{[(S)-hydroxy{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2,4,6-trihydroxy-3,5-bis(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propane-1,2-diyl dioctanoate 分子量: 746.566 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₄₉O₁₉P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: ML2-SA1/PI(3,5)P2 bound TRPML2 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 7.5
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影	電子線照射量: 60 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

CTF補正	タイプ: NONE
3次元再構成	解像度: 2.61 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 108226 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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