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万見
- PDB-9eii: Import stalled PINK1 TOM complex, symmetry expanded -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9eii
タイトルImport stalled PINK1 TOM complex, symmetry expanded
要素
  • (Mitochondrial import receptor subunit ...) x 6
  • Serine/threonine-protein kinase PINK1, mitochondrial
  • Voltage-dependent anion-selective channel protein 2
キーワードTRANSLOCASE / PINK1 / TOM complex / VDAC
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of free ubiquitin chain polymerization / positive regulation of synaptic transmission, dopaminergic / positive regulation of cristae formation / tRNA import into mitochondrion / TOM complex / mitochondrial outer membrane permeabilization / mitochondrial transmembrane transport / voltage-gated monoatomic anion channel activity / : / Mitochondrial calcium ion transport ...positive regulation of free ubiquitin chain polymerization / positive regulation of synaptic transmission, dopaminergic / positive regulation of cristae formation / tRNA import into mitochondrion / TOM complex / mitochondrial outer membrane permeabilization / mitochondrial transmembrane transport / voltage-gated monoatomic anion channel activity / : / Mitochondrial calcium ion transport / mitochondrion to lysosome vesicle-mediated transport / maintenance of protein location in mitochondrion / mitochondrion targeting sequence binding / : / mitochondrial outer membrane translocase complex / cellular response to hydrogen sulfide / protein kinase B binding / regulation of autophagy of mitochondrion / phospholipid scramblase activity / protein insertion into mitochondrial outer membrane / regulation of synaptic vesicle transport / ceramide binding / dopamine secretion / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / positive regulation of mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / regulation of oxidative phosphorylation / negative regulation of hypoxia-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of hydrogen peroxide-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / C3HC4-type RING finger domain binding / protein-transporting ATPase activity / migrasome / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / regulation of cellular response to oxidative stress / negative regulation of autophagosome assembly / voltage-gated monoatomic ion channel activity / positive regulation of dopamine secretion / autophagy of mitochondrion / phosphatidylcholine binding / positive regulation of type 2 mitophagy / oxysterol binding / binding of sperm to zona pellucida / Mitochondrial protein import / TORC2 signaling / cellular response to toxic substance / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of mitochondrion organization / monoatomic anion transport / negative regulation of JNK cascade / : / : / phospholipid translocation / regulation of reactive oxygen species metabolic process / peptidase activator activity / positive regulation of mitochondrial fission / cholesterol binding / astrocyte projection / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / negative regulation of macroautophagy / porin activity / FOXO-mediated transcription of cell death genes / pore complex / negative regulation of mitophagy / Lewy body / protein import into mitochondrial matrix / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / hemopoiesis / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of ATP biosynthetic process / mitochondrial nucleoid / positive regulation of macroautophagy / regulation of protein ubiquitination / transmembrane protein transporter activity / regulation of protein-containing complex assembly / negative regulation of mitochondrial fission / mitophagy / regulation of proteasomal protein catabolic process / monoatomic ion transport / acrosomal vesicle / response to ischemia / positive regulation of protein ubiquitination / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / regulation of mitochondrial membrane potential / cell periphery / respiratory electron transport chain / positive regulation of translation / macroautophagy / mitochondrion organization / regulation of protein stability / intracellular protein transport / mitochondrial intermembrane space / mitochondrial membrane / kinase binding / kinase activity / : / protein transport / growth cone / cell body / cellular response to oxidative stress / protease binding
類似検索 - 分子機能
PINK1, protein kinase domain / Mitochondrial import receptor subunit TOM5, metazoa / Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homologue / Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog / Eukaryotic mitochondrial porin signature. / Porin, eukaryotic type / Protein import receptor MAS20, metazoan / Protein import receptor MAS20 / Mitochondrial outer membrane translocase complex, Tom20 domain superfamily / MAS20 protein import receptor ...PINK1, protein kinase domain / Mitochondrial import receptor subunit TOM5, metazoa / Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homologue / Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog / Eukaryotic mitochondrial porin signature. / Porin, eukaryotic type / Protein import receptor MAS20, metazoan / Protein import receptor MAS20 / Mitochondrial outer membrane translocase complex, Tom20 domain superfamily / MAS20 protein import receptor / : / Mitochondrial outer membrane translocase complex, subunit Tom5 / Mitochondrial import receptor subunit or translocase / Mitochondrial import receptor subunit Tom22 / Mitochondrial import receptor subunit TOM7 / Mitochondrial import receptor subunit Tom22 / TOM7 family / Tom40 / Eukaryotic porin/Tom40 / Eukaryotic porin / Porin domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Mitochondrial import receptor subunit TOM40 homolog / Non-selective voltage-gated ion channel VDAC2 / Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog / Mitochondrial import receptor subunit TOM5 homolog / Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog / Serine/threonine-protein kinase PINK1, mitochondrial / Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog / Mitochondrial import receptor subunit TOM7 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Kirk, N.S. / Glukhova, A. / Callegari, S. / Komander, D.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)GNT1178122 オーストラリア
Other private オーストラリア
引用ジャーナル: Science / 年: 2025
タイトル: Structure of human PINK1 at a mitochondrial TOM-VDAC array.
著者: Sylvie Callegari / Nicholas S Kirk / Zhong Yan Gan / Toby Dite / Simon A Cobbold / Andrew Leis / Laura F Dagley / Alisa Glukhova / David Komander /
要旨: Mutations in the ubiquitin kinase PINK1 cause early-onset Parkinson's disease, but how PINK1 is stabilized at depolarized mitochondrial translocase complexes has remained poorly understood. We ...Mutations in the ubiquitin kinase PINK1 cause early-onset Parkinson's disease, but how PINK1 is stabilized at depolarized mitochondrial translocase complexes has remained poorly understood. We determined a 3.1-angstrom resolution cryo-electron microscopy structure of dimeric human PINK1 stabilized at an endogenous array of mitochondrial translocase of the outer membrane (TOM) and voltage-dependent anion channel (VDAC) complexes. Symmetric arrangement of two TOM core complexes around a central VDAC2 dimer is facilitated by TOM5 and TOM20, both of which also bind PINK1 kinase C-lobes. PINK1 enters mitochondria through the proximal TOM40 barrel of the TOM core complex, guided by TOM7 and TOM22. Our structure explains how human PINK1 is stabilized at the TOM complex and regulated by oxidation, uncovers a previously unknown TOM-VDAC assembly, and reveals how a physiological substrate traverses TOM40 during translocation.
履歴
登録2024年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月26日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / em_admin / em_author_list
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_admin.last_update
改定 1.12025年3月26日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / em_author_list
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_admin.last_update
改定 1.22025年4月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / em_admin / em_author_list
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Serine/threonine-protein kinase PINK1, mitochondrial
D: Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog
F: Voltage-dependent anion-selective channel protein 2
I: Mitochondrial import receptor subunit TOM40 homolog
J: Mitochondrial import receptor subunit TOM40 homolog
L: Mitochondrial import receptor subunit TOM5 homolog
N: Mitochondrial import receptor subunit TOM7 homolog
P: Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog
R: Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog
T: Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog
V: Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog
X: Mitochondrial import receptor subunit TOM7 homolog
Z: Mitochondrial import receptor subunit TOM5 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)268,13222
ポリマ－261,02013
非ポリマー7,1119
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 BF

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase PINK1, mitochondrial / BRPK / PTEN-induced putative kinase protein 1


分子量: 65561.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PINK1 / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q9BXM7, non-specific serine/threonine protein kinase
#3: タンパク質 Voltage-dependent anion-selective channel protein 2 / VDAC-2 / hVDAC2 / Outer mitochondrial membrane protein porin 2


分子量: 31600.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Expi293 / 参照: UniProt: P45880

-
Mitochondrial import receptor subunit ... , 6種, 11分子 DIJLZNXPVRT

#2: タンパク質 Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog / Mitochondrial 20 kDa outer membrane protein / Outer mitochondrial membrane receptor Tom20


分子量: 16319.862 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Expi293 / 参照: UniProt: Q15388
#4: タンパク質 Mitochondrial import receptor subunit TOM40 homolog / Protein Haymaker / Translocase of outer membrane 40 kDa subunit homolog / p38.5


分子量: 37926.926 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Expi293 / 参照: UniProt: O96008
#5: タンパク質 Mitochondrial import receptor subunit TOM5 homolog


分子量: 6045.318 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Expi293 / 参照: UniProt: Q8N4H5
#6: タンパク質 Mitochondrial import receptor subunit TOM7 homolog / Translocase of outer membrane 7 kDa subunit homolog


分子量: 6256.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Expi293 / 参照: UniProt: Q9P0U1
#7: タンパク質 Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog / Overexpressed breast tumor protein / Translocase of outer membrane 6 kDa subunit homolog


分子量: 8007.988 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Expi293 / 参照: UniProt: Q96B49
#8: タンパク質 Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog / hTom22 / 1C9-2 / Translocase of outer membrane 22 kDa subunit homolog


分子量: 15532.528 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Expi293 / 参照: UniProt: Q9NS69

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非ポリマー , 1種, 9分子

#9: 化合物
ChemComp-PC1 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 790.145 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H88NO8P / コメント: リン脂質*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex of VDAC, TOM core and PINK1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#8 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.75 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: EXPI293
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 4.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: Blot force 10 for 2 s.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 3.34 sec. / 電子線照射量: 52.4 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 16992

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細Fitting-ID
1cryoSPARC4.5粒子像選択
3EPU3画像取得AFIS - faster acquisition
5cryoSPARC4.5CTF補正
8ISOLDE7モデルフィッティング1
10PHENIX1.21.1_5286モデル精密化1
13ISOLDE7モデルフィッティング2
14PHENIX1.21.1_5286モデル精密化2
CTF補正詳細: Patch CTF / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 5700000 / 詳細: Picked using low resolution templates
3次元再構成解像度: 2.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 791000 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築
IDプロトコル空間
1FLEXIBLE FITREAL
2FLEXIBLE FITREAL
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
17CP9

7cp9

17CP91PDBexperimental model
22AlphaFoldin silico model
精密化最高解像度: 2.75 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00214737
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.67319839
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.9245684
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0422167
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0062499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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