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- PDB-9eg4: Cryo-EM structure of the icosahedral capsid of LME-1 phage -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9eg4
タイトルCryo-EM structure of the icosahedral capsid of LME-1 phage
要素
  • Phage major capsid protein
  • orf16
キーワードVIRUS / LME-1 / phage / capsid / podovirus / podophage
機能・相同性Phage capsid protein / Phage capsid protein / Phage major capsid protein / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Deme, J.C. / Lea, S.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)Intramural Research Program 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Phage resistance as an unexpected environmental determinant of the accidental virulence of Legionella pneumophila against the human host.
著者: Nicholson, B. / Sante, J.F. / Chaney, E.H. / Deme, J.C. / Deecker, S.R. / Sztanko, K. / Davidson, A.R. / Lea, S.M. / Ensminger, A.W.
履歴
登録2024年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月16日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月16日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月16日Data content type: Additional map / Part number: 2 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月16日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月16日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月16日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月16日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月16日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月16日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月28日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年5月28日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phage major capsid protein
H: orf16
I: orf16
J: orf16
C: Phage major capsid protein
E: Phage major capsid protein
K: orf16
L: orf16
M: orf16
D: Phage major capsid protein
F: Phage major capsid protein
B: Phage major capsid protein
G: Phage major capsid protein
N: orf16


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)413,25414
ポリマ-413,25414
非ポリマー00
00
1
A: Phage major capsid protein
H: orf16
I: orf16
J: orf16
C: Phage major capsid protein
E: Phage major capsid protein
K: orf16
L: orf16
M: orf16
D: Phage major capsid protein
F: Phage major capsid protein
B: Phage major capsid protein
G: Phage major capsid protein
N: orf16
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,795,222840
ポリマ-24,795,222840
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Phage major capsid protein
H: orf16
I: orf16
J: orf16
C: Phage major capsid protein
E: Phage major capsid protein
K: orf16
L: orf16
M: orf16
D: Phage major capsid protein
F: Phage major capsid protein
B: Phage major capsid protein
G: Phage major capsid protein
N: orf16
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 2.07 MDa, 70 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,066,26970
ポリマ-2,066,26970
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Phage major capsid protein
H: orf16
I: orf16
J: orf16
C: Phage major capsid protein
E: Phage major capsid protein
K: orf16
L: orf16
M: orf16
D: Phage major capsid protein
F: Phage major capsid protein
B: Phage major capsid protein
G: Phage major capsid protein
N: orf16
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 2.48 MDa, 84 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,479,52284
ポリマ-2,479,52284
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一(異なる座標系)
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質
Phage major capsid protein


分子量: 31859.764 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Legionella pneumophila (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A140AYN3
#2: タンパク質
orf16


分子量: 27176.480 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Legionella pneumophila (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A140AYN4
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: LME-1 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: LME-1 (バクテリア)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 100 nm
撮影電子線照射量: 52.9 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 88530 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00520587
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.40127958
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.9982814
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0433136
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0023682

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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