PDB-9efk: Cryo-EM structure of the portal-tail complex of LME-1 phage

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9efk

タイトル

Cryo-EM structure of the portal-tail complex of LME-1 phage

要素

orf12
orf17
orf18
orf22

キーワード

VIRAL PROTEIN / LME-1 / legionella pneumophila / phage / portal / tail / podovirus / podophage

機能・相同性

Head-to-tail connector protein, podovirus-type / Bacteriophage head to tail connecting protein / symbiont entry into host cell / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Legionella pneumophila (バクテリア)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Deme, J.C. / Lea, S.M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Phage resistance as an unexpected environmental determinant of the accidental virulence of Legionella pneumophila against the human host.
著者: Nicholson, B. / Sante, J.F. / Chaney, E.H. / Deme, J.C. / Deecker, S.R. / Sztanko, K. / Davidson, A.R. / Lea, S.M. / Ensminger, A.W.

履歴

登録	2024年11月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年4月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年4月16日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年4月16日	Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年4月16日	Data content type: Additional map / Part number: 2 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年4月16日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年4月16日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年4月16日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年4月16日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年4月16日	Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年4月16日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9efk.cif.gz	3.8 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9efk.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9efk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9efk_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9efk_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	9efk_validation.xml.gz	368.1 KB	表示
CIF形式データ	9efk_validation.cif.gz	590.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/9efk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/9efk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	47975MC 47984C 9eg4C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: orf12

M: orf18

N: orf18

O: orf18

P: orf18

Q: orf18

R: orf18

AE: orf22

AF: orf22

AG: orf22

AN: orf22

AO: orf22

AP: orf22

AW: orf22

AX: orf22

AY: orf22

BF: orf22

BG: orf22

BH: orf22

BO: orf22

BP: orf22

BQ: orf22

BX: orf22

BY: orf22

BZ: orf22

B: orf12

C: orf12

D: orf12

E: orf12

F: orf12

G: orf12

H: orf12

I: orf12

J: orf12

K: orf12

L: orf12

T: orf17

AC: orf17

AD: orf17

S: orf17

X: orf17

U: orf17

V: orf17

W: orf17

Y: orf17

Z: orf17

AA: orf17

AB: orf17

2.8 MDa, 48 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	orf12 分子量: 62743.062 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Legionella pneumophila (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A140AYN0
#2: タンパク質	orf18 分子量: 89921.969 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Legionella pneumophila (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A140AYN6
#3: タンパク質	orf22 分子量: 68819.797 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Legionella pneumophila (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A140AYP0
#4: タンパク質	orf17 分子量: 22792.135 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Legionella pneumophila (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A140AYN5
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: LME-1 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)	生物種: LME-1 (バクテリア)
ウイルスについての詳細	中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
緩衝液	pH: 7.5
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 100 nm
撮影	電子線照射量: 52.9 e/Å² フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: dev_5430 / カテゴリ: モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 1.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 88530 / 対称性のタイプ: POINT

精密化

交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.88 Å²

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.0047	132450
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.5187	180510
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.0473	20358
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.0042	23562
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	12.6965	48114

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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