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- PDB-9ed3: Yeast Rad51 in complex with ssDNA and ADP-aluminium fluoride -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ed3
タイトルYeast Rad51 in complex with ssDNA and ADP-aluminium fluoride
要素
  • DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
  • DNA repair protein RAD51
キーワードDNA BINDING PROTEIN / genome stability / recombination / Rad51 / DNA repair
機能・相同性
機能・相同性情報


Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / heteroduplex formation / meiotic joint molecule formation / mitochondrial chromosome / mitotic recombination-dependent replication fork processing / chromosome organization involved in meiotic cell cycle / DNA recombinase assembly / DNA strand invasion / mitotic recombination / DNA strand exchange activity ...Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / heteroduplex formation / meiotic joint molecule formation / mitochondrial chromosome / mitotic recombination-dependent replication fork processing / chromosome organization involved in meiotic cell cycle / DNA recombinase assembly / DNA strand invasion / mitotic recombination / DNA strand exchange activity / telomere maintenance via recombination / reciprocal meiotic recombination / ATP-dependent DNA damage sensor activity / mitochondrial DNA repair / nuclear chromosome / ATP-dependent activity, acting on DNA / condensed nuclear chromosome / nucleotide-excision repair / double-strand break repair via homologous recombination / G2/M transition of mitotic cell cycle / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / DNA recombination / mitochondrial matrix / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
DNA recombination/repair protein Rad51 / DNA recombination and repair protein, RecA-like / DNA recombination and repair protein Rad51-like, C-terminal / Rad51 / DNA recombination and repair protein RecA, monomer-monomer interface / RecA family profile 2. / DNA recombination and repair protein RecA-like, ATP-binding domain / RecA family profile 1. / DNA repair Rad51/transcription factor NusA, alpha-helical / Helix-hairpin-helix domain ...DNA recombination/repair protein Rad51 / DNA recombination and repair protein, RecA-like / DNA recombination and repair protein Rad51-like, C-terminal / Rad51 / DNA recombination and repair protein RecA, monomer-monomer interface / RecA family profile 2. / DNA recombination and repair protein RecA-like, ATP-binding domain / RecA family profile 1. / DNA repair Rad51/transcription factor NusA, alpha-helical / Helix-hairpin-helix domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ALUMINUM FLUORIDE / DNA / DNA (> 10) / DNA repair protein RAD51
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.52 Å
データ登録者Liu, J. / Gore, S. / Heyer, W.-D.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM58015 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM137751 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P30CA093373 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24 GM129541 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Yeast Rad51-ssDNA filament
著者: Liu, J. / Gore, S. / Heyer, W.-D.
履歴
登録2024年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA repair protein RAD51
C: DNA repair protein RAD51
D: DNA repair protein RAD51
E: DNA repair protein RAD51
F: DNA repair protein RAD51
K: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
B: DNA repair protein RAD51
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)268,51325
ポリマ－265,3007
非ポリマー3,21318
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
DNA repair protein RAD51


分子量: 43007.328 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RAD51, YER095W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P25454
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')


分子量: 7255.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ssDNA
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#3: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-AF3 / ALUMINUM FLUORIDE / トリフルオロアルミニウム


分子量: 83.977 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Yeast Rad51-ssDNA filament bound to ADP-AlF3 / タイプ: COMPLEX
詳細: Yeast Rad51 in complex with ssDNA and ADP-aluminium fluoride
Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
由来(組換発現)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 7.4
詳細: 35 mM Tris-acetate pH 7.5, 7 mM magnesium acetate, 50 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM ADP-AlF3, and 1 mM DTT
試料濃度: 0.65 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Monodisperse filament particles.
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC3.2粒子像選択
4cryoSPARC3.2CTF補正
7UCSF ChimeraX1.7.1モデルフィッティング
9cryoSPARC3.2初期オイラー角割当
10cryoSPARC3.2最終オイラー角割当
11cryoSPARC3.2分類
12cryoSPARC3.2３次元再構成
13PHENIX1.20.1モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
粒子像の選択選択した粒子像数: 754384
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.52 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 754384 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 82.4 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 9B2D

9b2d


PDB chain-ID: A / Accession code: 9B2D / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00415017
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.66920366
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.1782301
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0432346
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0052532

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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