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- PDB-9eaq: Murine Norovirus MNV-1 with allosteric escape mutation V339I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9eaq
タイトルMurine Norovirus MNV-1 with allosteric escape mutation V339I
要素Capsid protein VP1
キーワードVIRUS / Norovirus / escape / antibody / neutralization / murine
機能・相同性Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / virion component / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / host cell cytoplasm / Capsid protein VP1
機能・相同性情報
生物種Murine norovirus 1 (マウスノロウイルス 1)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Smith, T.J. / Sherman, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)NIH 1R01-AI141465 米国
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2025
タイトル: Murine norovirus allosteric escape mutants mimic gut activation.
著者: Michael B Sherman / Hong Q Smith / Faith Cox / Christiane E Wobus / Gillian C Lynch / B Montgomery Pettitt / Thomas J Smith /
要旨: Murine norovirus (MNV) undergoes large conformational changes in response to the environment. The T=3 icosahedral capsid is composed of 180 copies of ~58 kDa VP1 that has N-terminal (N), shell (S), ...Murine norovirus (MNV) undergoes large conformational changes in response to the environment. The T=3 icosahedral capsid is composed of 180 copies of ~58 kDa VP1 that has N-terminal (N), shell (S), and C-terminal protruding (P) domains. In phosphate-buffered saline, the P domains are loosely tethered to the shell and float ~15 Å above the surface. At conditions found in the gut (i.e., low pH with high metal ion and bile salt concentrations), the P domain rotates and drops onto the shell with intra P domain changes that enhance receptor interactions while blocking antibody binding. Two of our monoclonal antibodies (2D3 and 4F9) have broad strain recognition, and the only escape mutants, V339I and D348E, are located on the C'D' loop and ~20 Å from the epitope. Here, we determined the cryo-EM structures of V339I and D348E at neutral pH +/-metal ions and bile salts. These allosteric escape mutants have the activated conformation in the absence of gut triggers. Since this conformation is not recognized by antibodies, it explains how these mutants evade antibody recognition. Dynamic simulations of the P domain further suggest that movement of the C'D' loop may be the rate-limiting step in the conformational change and that V339I increases the motion of the A'B'/E'F' loops compared to the wild-type (WT), facilitating the transition to the activated state. These findings have important implications for norovirus vaccine design since they uncover a form of the viral capsid that should lend superior immune protection against subsequent challenge by wild-type virus.IMPORTANCEImmune protection from norovirus infection is notoriously transient in both humans and mice. Our results strongly suggest that this is likely because the "activated" form of the virus found in gut conditions is not recognized by antibodies created in the circulation. By reversibly presenting one structure in the gut and a completely different antigenic structure in circulation, the gut tissue can be infected in subsequent challenges, while extraintestinal organs are protected. We find here that allosteric escape mutants to the most broadly neutralizing antibodies thwart recognition by transitioning to the activated state without the need for gut triggers (i.e., bile, low pH, or metal ions). These findings are significant because it is now feasible to present the activated form of the virus to the immune system (for example, as a vaccine) to better protect the gut tissue for longer periods of time.
履歴
登録2024年11月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月7日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月7日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月7日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月7日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月7日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein VP1
B: Capsid protein VP1
C: Capsid protein VP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,7503
ポリマ－175,7503
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Capsid protein VP1 / CP / Coat protein


分子量: 58583.434 Da / 分子数: 3 / 変異: V339I / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Murine norovirus 1 (マウスノロウイルス 1)
参照: UniProt: Q80J94
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Murine norovirus 1 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Murine norovirus 1 (マウスノロウイルス 1)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21rc1_5134: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 145934 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00212118
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5616615
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.5511657
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0441890
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0062178

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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