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万見
- PDB-9dxp: Cryo-EM structure of human OATP1C1 in complex with thyroid hormone T4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9dxp
タイトルCryo-EM structure of human OATP1C1 in complex with thyroid hormone T4
要素Solute carrier organic anion transporter family member 1C1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / SLC transporter / thyroid hormone
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of thyroid hormone generation / Transport of organic anions / sodium-independent organic anion transport / sodium-independent organic anion transmembrane transporter activity / thyroid hormone transmembrane transporter activity / thyroid hormone transport / organic anion transmembrane transporter activity / bile acid transmembrane transporter activity / bile acid and bile salt transport / transport across blood-brain barrier ...positive regulation of thyroid hormone generation / Transport of organic anions / sodium-independent organic anion transport / sodium-independent organic anion transmembrane transporter activity / thyroid hormone transmembrane transporter activity / thyroid hormone transport / organic anion transmembrane transporter activity / bile acid transmembrane transporter activity / bile acid and bile salt transport / transport across blood-brain barrier / monoatomic ion transport / transmembrane transport / basolateral plasma membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Organic anion transporter polypeptide / Organic Anion Transporter Polypeptide (OATP) family / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Kazal domain superfamily / Kazal domain / Kazal domain profile. / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
3,5,3',5'-TETRAIODO-L-THYRONINE / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / Solute carrier organic anion transporter family member 1C1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Ge, Y. / Dou, T. / Jiang, J. / Huang, P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM150878 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural insights into brain thyroid hormone transport via MCT8 and OATP1C1
著者: Ge, Y. / Dou, T. / Nguyen, T.U. / Yadav, G.P. / Wensel, T.G. / Jiang, J. / Huang, P.
履歴
登録2024年10月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Solute carrier organic anion transporter family member 1C1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,8033
ポリマ－82,5391
非ポリマー1,2642
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Solute carrier organic anion transporter family member 1C1 / Organic anion transporter 1C1 / OATP1C1 / Organic anion transporter F / OATP-F / Organic anion ...Organic anion transporter 1C1 / OATP1C1 / Organic anion transporter F / OATP-F / Organic anion transporter polypeptide-related protein 5 / OAT-RP-5 / OATP-RP5 / Organic anion-transporting polypeptide 14 / OATP-14 / Solute carrier family 21 member 14 / Thyroxine transporter


分子量: 82539.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLCO1C1, OATP14, OATP1C1, OATPF, SLC21A14 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NYB5
#2: 化合物 ChemComp-T44 / 3,5,3',5'-TETRAIODO-L-THYRONINE / チロキシン


分子量: 776.870 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H11I4NO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ホルモン*YM
#3: 化合物 ChemComp-Y01 / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト


分子量: 486.726 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H50O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: human OATP1C1 in complex with thyroid hormone T4 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20_4459: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 454807 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 31.71 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00364386
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.65225950
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0445680
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0061726
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d8.2263624

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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