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- PDB-9dc4: Transferrin Binding Protein A in complex with transferrin binding... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9dc4
タイトルTransferrin Binding Protein A in complex with transferrin binding protein B, transferrin and globular domain of TonB
要素
  • (Transferrin-binding protein ...) x 2
  • Protein TonB
  • Serotransferrin
キーワードMEMBRANE PROTEIN / TonB dependent Transporter / Iron Bound triple complex of Tbp-Tf system / Iron transporter / Tbp proteins / Ton Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ferric iron transmembrane transporter activity / energy transducer activity / siderophore transmembrane transport / iron chaperone activity / siderophore uptake transmembrane transporter activity / transferrin receptor binding / Transferrin endocytosis and recycling / basal part of cell / plasma membrane protein complex / endocytic vesicle ...ferric iron transmembrane transporter activity / energy transducer activity / siderophore transmembrane transport / iron chaperone activity / siderophore uptake transmembrane transporter activity / transferrin receptor binding / Transferrin endocytosis and recycling / basal part of cell / plasma membrane protein complex / endocytic vesicle / clathrin-coated pit / ferric iron binding / osteoclast differentiation / basal plasma membrane / Post-translational protein phosphorylation / cell outer membrane / iron ion transport / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / regulation of protein stability / HFE-transferrin receptor complex / cellular response to iron ion / Iron uptake and transport / ferrous iron binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / recycling endosome / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / transmembrane transport / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / late endosome / Platelet degranulation / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein transport / Clathrin-mediated endocytosis / antibacterial humoral response / cytoplasmic vesicle / secretory granule lumen / blood microparticle / vesicle / intracellular iron ion homeostasis / transmembrane transporter binding / early endosome / cell surface receptor signaling pathway / endosome membrane / apical plasma membrane / endoplasmic reticulum lumen / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / cell surface / : / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
TonB-dependent lactoferrin/transferrin receptor / Transferrin-binding protein B, N-lobe handle / : / TonB C-terminal domain profile. / TonB, C-terminal / Gram-negative bacterial TonB protein C-terminal / TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor / TonB/TolA, C-terminal / N-Lobe handle Tf-binding protein B / Transferrin-binding protein B, C-lobe handle domain ...TonB-dependent lactoferrin/transferrin receptor / Transferrin-binding protein B, N-lobe handle / : / TonB C-terminal domain profile. / TonB, C-terminal / Gram-negative bacterial TonB protein C-terminal / TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor / TonB/TolA, C-terminal / N-Lobe handle Tf-binding protein B / Transferrin-binding protein B, C-lobe handle domain / TbpB, C-lobe handle domain superfamily / C-lobe handle domain of Tf-binding protein B / TbpB, N-lobe handle domain superfamily / Transferrin-binding protein B, C-lobe/N-lobe beta barrel domain / C-lobe and N-lobe beta barrels of Tf-binding protein B / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 1. / Serotransferrin, mammalian / TonB box, conserved site / TonB-dependent receptor, conserved site / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 2. / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins profile. / Vitamin B12 transporter BtuB-like / TonB-dependent receptor, plug domain superfamily / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent Receptor Plug Domain / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel domain superfamily / Transferrin-like domain signature 2. / Transferrin family, iron binding site / Transferrin-like domain signature 1. / Transferrin-like domain signature 3. / Transferrin / Transferrin-like domain / Transferrin / Transferrin-like domain profile. / Transferrin / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
BICARBONATE ION / : / Serotransferrin / Protein TonB / Transferrin-binding protein B / Transferrin-binding protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria meningitidis serogroup B (髄膜炎菌)
Homo sapiens (ヒト)
Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Dubey, S. / Noinaj, N.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM127884 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Transferrin Binding Protein A in complex with transferrin binding protein B, transferrin and globular domain of TonB
著者: Dubey, S. / Noinaj, N.
履歴
登録2024年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02026年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transferrin-binding protein A
B: Transferrin-binding protein B
F: Serotransferrin
T: Protein TonB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)266,9986
ポリマ－266,8814
非ポリマー1172
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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Transferrin-binding protein ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Transferrin-binding protein A / Transferrin-binding protein 1


分子量: 102506.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis serogroup B (髄膜炎菌)
遺伝子: tbpA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9JPJ0
#2: タンパク質 Transferrin-binding protein B


分子量: 75381.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis serogroup B (髄膜炎菌)
遺伝子: tbpB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9JPI9

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タンパク質 , 2種, 2分子 FT

#3: タンパク質 Serotransferrin / Transferrin / Beta-1 metal-binding globulin / Siderophilin


分子量: 77041.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TF, PRO1400 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02787
#4: タンパク質 Protein TonB


分子量: 11950.300 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
遺伝子: tonB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P95374

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非ポリマー , 2種, 2分子

#5: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION


分子量: 61.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Tbp/TbpB/Tf/TonBCOMPLEX#1-#2, #40MULTIPLE SOURCES
2TbpACOMPLEX#11RECOMBINANT
3TfCOMPLEX#21NATURAL
4TbpBCOMPLEX#31RECOMBINANT
5TonBCOMPLEX#41RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
110.272 MDaNO
210.100 MDaNO
310.08 MDaNO
440.08 MDaNO
510.012 MDaNO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)487
33Homo sapiens (ヒト)9606
44Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)487
55Neisseria meningitidis serogroup B (髄膜炎菌)491
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Escherichia coli (大腸菌)562
44Homo sapiens (ヒト)9606
55Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm
撮影電子線照射量: 65.81 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1751004
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 92329 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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