PDB-9dbr: Danio rerio TREK-1:CBD complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dbr

タイトル

Danio rerio TREK-1:CBD complex

要素

Potassium channel subfamily K member 2

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / ION CHANNEL / K2P / K2P2.1 / TREK1 / TREK-1 / CANNABINOID

機能・相同性

機能・相同性情報

potassium ion leak channel activity / mechanosensitive monoatomic ion channel activity / outward rectifier potassium channel activity / potassium ion transmembrane transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Danio rerio (ゼブラフィッシュ)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.94 Å

データ登録者

Docter, T. / Brohawn, S.G.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cannabinoid inhibition of mechanosensitive K+ channels
著者: Docter, T. / Sorum, B. / Deshmane, R. / Doubvravsky, C. / Brohawn, S.G.

履歴

登録	2024年8月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年9月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月17日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月17日	Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月17日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月17日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月17日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月17日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9dbr.cif.gz	101.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9dbr.ent.gz	76.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9dbr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/9dbr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/9dbr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	46725MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#223 - 2018年7月ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel) 類似性 (3) #38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Potassium channel subfamily K member 2

B: Potassium channel subfamily K member 2

ヘテロ分子

73.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Potassium channel subfamily K member 2 / Potassium channel / subfamily K / member 2a 分子量: 36664.578 Da / 分子数: 2 / 変異: N108Q, N135Q / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: kcnk2a / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: F1QAI2
#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物	ChemComp-P0T / cannabidiol / (1'R,2'R)-5'-methyl-4-pentyl-2'-(prop-1-en-2-yl)-1',2',3',4'-tetrahydro[1,1'-biphenyl]-2,6-diol / カンナビジオ-ル分子量: 314.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

名称: TREK-1 homodimer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT

分子量

値: 0.073 MDa / 実験値: NO

由来(天然)

生物種:

Danio rerio (ゼブラフィッシュ)

由来(組換発現)

生物種:

Komagataella pastoris (菌類)

緩衝液

pH: 8

緩衝液成分

ID	濃度	名称	式	Buffer-ID
1	20 mM	TRIS	C₄H₁₁NO₃	1
2	150 mM	Potassium chloride	KCl	1
3	1 mM	Ethylene diamine tetraacetic acid	C₁₀H₁₆N₂O₈	1
4	0.5 mM	Dodecyl maltoside	C₂₄H₄₆O₁₁	1

試料

濃度: 4.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

急速凍結

装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
8	PHENIX		モデル精密化
11	cryoSPARC	4.4.1	最終オイラー角割当

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

対称性

点対称性: C₁ (非対称)

3次元再構成

解像度: 3.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 117609 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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