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万見
- PDB-9d2b: Symmetry-expanded reconstruction of augmin T-II bonsai on the mic... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9d2b
タイトルSymmetry-expanded reconstruction of augmin T-II bonsai on the microtubule
要素
  • (HAUS augmin like complex subunit ...) x 2
  • HAUS augmin-like complex subunit 8
  • Tubulin alpha-1B chain
  • Tubulin beta-2B chain
キーワードCELL CYCLE / Microtubule / augmin / CH / spindle
機能・相同性
機能・相同性情報


HAUS complex / microtubule minus-end binding / microtubule organizing center organization / mitotic spindle microtubule / positive regulation of axon guidance / centrosome cycle / microtubule-based process / spindle assembly / cytoplasmic microtubule / cellular response to interleukin-4 ...HAUS complex / microtubule minus-end binding / microtubule organizing center organization / mitotic spindle microtubule / positive regulation of axon guidance / centrosome cycle / microtubule-based process / spindle assembly / cytoplasmic microtubule / cellular response to interleukin-4 / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / neuron migration / spindle pole / mitotic cell cycle / double-stranded RNA binding / microtubule cytoskeleton / microtubule binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule / cilium / protein heterodimerization activity / cell division / GTPase activity / ubiquitin protein ligase binding / centrosome / GTP binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HAUS augmin-like complex subunit 6 / HAUS augmin-like complex subunit 6, N-terminal / HAUS augmin-like complex subunit 7-like / HAUS augmin-like complex subunit 6 N-terminus / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal ...HAUS augmin-like complex subunit 6 / HAUS augmin-like complex subunit 6, N-terminal / HAUS augmin-like complex subunit 7-like / HAUS augmin-like complex subunit 6 N-terminus / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / HAUS augmin like complex subunit 6 L homeolog isoform X1 / HAUS augmin like complex subunit 7 S homeolog / Tubulin alpha-1B chain / HAUS augmin-like complex subunit 8 / Tubulin beta-2B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
Bos taurus (ウシ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.08 Å
データ登録者Travis, S.M. / Zhang, R.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F32 GM142149 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)K99 GM152794 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01 GM138854 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01 GM141100 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: How augmin establishes the angle of the microtubule branch site
著者: Travis, S.M. / Kraus, J. / McManus, C.T. / Golden, J. / Zhang, R. / Petry, S.
履歴
登録2024年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月13日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月13日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月13日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月13日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月13日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月13日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月13日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月13日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Tubulin alpha-1B chain
B: Tubulin beta-2B chain
A: Tubulin alpha-1B chain
F: HAUS augmin like complex subunit 6 L homeolog isoform X1
G: HAUS augmin like complex subunit 7 S homeolog
H: HAUS augmin-like complex subunit 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)246,20312
ポリマ－244,5636
非ポリマー1,6406
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 3種, 4分子 CABH

#1: タンパク質 Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain


分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: BRAIN / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質 Tubulin beta-2B chain


分子量: 49999.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: BRAIN / 参照: UniProt: Q6B856
#5: タンパク質 HAUS augmin-like complex subunit 8 / HEC1/NDC80-interacting centrosome-associated protein 1 / Sarcoma antigen NY-SAR-48 homolog


分子量: 28742.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: haus8, hice1 / プラスミド: pETDuet-1 / 詳細 (発現宿主): MCS2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 (DE3) / 参照: UniProt: Q0IHJ3

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HAUS augmin like complex subunit ... , 2種, 2分子 FG

#3: タンパク質 HAUS augmin like complex subunit 6 L homeolog isoform X1


分子量: 33562.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: haus6.L, haus6 / プラスミド: pETDuet-1 / 詳細 (発現宿主): MCS1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 (DE3) / 参照: UniProt: A0A8J1MAE8
#4: タンパク質 HAUS augmin like complex subunit 7 S homeolog / LOC100158301 protein


分子量: 31848.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: haus7.S, haus7, LOC100158301, uchl5ip, uip1 / プラスミド: pRSFDuet-1 / 詳細 (発現宿主): MCS2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 (DE3) / 参照: UniProt: B1H1T5

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非ポリマー , 3種, 6分子

#6: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物 ChemComp-G2P / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / GMPCPP


分子量: 521.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O13P3
コメント: GMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Augmin T-II bonsai on the microtubuleCOMPLEXComplex of augmin bound to the microtubule#1-#50MULTIPLE SOURCES
2GMPCPP microtubuleCOMPLEXbovine tubulin polymerized in the presence of GMPCPP#1-#21NATURAL
3augmin T-II bonsaiCOMPLEXtrimeric fragment of Xenopus laevis augmin#3-#51RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
11345 kDa/nmNO
21188 kDa/nmNO
310.092 MDaNO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID器官
32Bos taurus (ウシ)9913BRAIN
43Xenopus laevis (アフリカツメガエル)8355
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21 Rosetta 2 (DE3) / プラスミド: pETDuet1/pRSFDuet-1
緩衝液pH: 6.8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
10.08 MPIPES1
21 mMEGTA1
31 mMmagnesium chlorideMgCl21
40.05 % v/vTween-201
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: 20 uM tubulin, 10 uM augmin T-II bonsai
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 85 % / 凍結前の試料温度: 298 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / Cs: 0.1 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 4.1 sec. / 電子線照射量: 15 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2088
画像スキャン横: 4096 / 縦: 4096

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC粒子像選択cryoSPARC filament tracer was used to automatically select particle images from templates
2EPU画像取得
4CTFFINDCTF補正
7UCSF Chimera6.8モデルフィッティングChimera fit_in_map was used for initial rigid body fitting
9cryoSPARC初期オイラー角割当cryoSPARC heterogeneous refinement was used to assign initial angles
10FREALIGN13最終オイラー角割当FREALIGN was used for seam search
12cryoSPARC３次元再構成
13Coot0.9.8.93モデル精密化COOT was used for manual refitting and initial real space refinement
14PHENIX1.17.1-3660モデル精密化Phenix real space refinement was used for subsequent real space refinement
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 177242
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.08 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1772567 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 36.83 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDPDB chain-IDAccession codeChain-IDInitial refinement model-ID
16DPU

6dpu

A6DPUA1
26DPU

6dpu

B6DPUB1
38FCK

8fck

F8FCKF2
48FCK

8fck

G8FCKG2
58FCK

8fck

H8FCKH2
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 36.63 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.010512341
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.729716746
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04951834
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00552165
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.86171692

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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