PDB-9cz1: Cryo-EM structure of a 'hat' portion of FtsH.HflK.HflC complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9cz1

タイトル

Cryo-EM structure of a 'hat' portion of FtsH.HflK.HflC complex

要素

Modulator of FtsH protease HflC
Modulator of FtsH protease HflK

キーワード

CHAPERONE / ClpXP / full-engaged state / AAA protease

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidase activity / hydrolase activity / cell division / proteolysis / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Ghanbarpour, A. / Sauer, R.T. / Davis, J.H.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)	R01-GM144542	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R35-GM141517	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	2046778	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of a 'hat' portion of FtsH.HflK.HflC complex
著者: Ghanbarpour, A. / Sauer, R.T. / Davis, J.H.

履歴

登録	2024年8月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9cz1.cif.gz	897.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9cz1.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9cz1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9cz1_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9cz1_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	9cz1_validation.xml.gz	71.4 KB	表示
CIF形式データ	9cz1_validation.cif.gz	106.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cz/9cz1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cz/9cz1	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	46056MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1)

登録構造単位

XA: Modulator of FtsH protease HflK

XB: Modulator of FtsH protease HflC

XC: Modulator of FtsH protease HflK

XD: Modulator of FtsH protease HflC

XE: Modulator of FtsH protease HflK

XF: Modulator of FtsH protease HflC

XG: Modulator of FtsH protease HflK

XH: Modulator of FtsH protease HflC

XI: Modulator of FtsH protease HflK

XJ: Modulator of FtsH protease HflC

XK: Modulator of FtsH protease HflK

XL: Modulator of FtsH protease HflC

XM: Modulator of FtsH protease HflK

XN: Modulator of FtsH protease HflC

XO: Modulator of FtsH protease HflK

XP: Modulator of FtsH protease HflC

XQ: Modulator of FtsH protease HflK

XR: Modulator of FtsH protease HflC

XS: Modulator of FtsH protease HflK

XT: Modulator of FtsH protease HflC

XU: Modulator of FtsH protease HflK

XV: Modulator of FtsH protease HflC

XW: Modulator of FtsH protease HflK

XX: Modulator of FtsH protease HflC

1 MDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Modulator of FtsH protease HflK 分子量: 45598.793 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: hflK, hflK_1, A8502_001504, ACN81_01545, ACU57_19135, B6R15_002000, B6R31_000826, BANRA_02863, BGM66_001066, BGZ_01593, BGZ_05131, BJI68_16630, BK292_24855, BK383_13095, BTB68_003943, ...遺伝子: hflK, hflK_1, A8502_001504, ACN81_01545, ACU57_19135, B6R15_002000, B6R31_000826, BANRA_02863, BGM66_001066, BGZ_01593, BGZ_05131, BJI68_16630, BK292_24855, BK383_13095, BTB68_003943, BTQ06_07290, BvCmsKKP061_03355, BXT93_16385, C0P57_000236, C3F40_14180, CF22_001630, CG704_01810, CIG67_23195, CQ842_09310, CQ842_12110, CTR35_001542, CV83915_01855, D4M65_22455, D9D43_14560, DD762_20800, DIV22_15560, DNQ45_06710, DS732_02655, DTL43_02345, DU321_10415, E2865_05442, E4K51_09085, E5H86_08375, E6D34_03745, EAI46_08375, ECs5150, EIZ93_17475, EN85_000830, EPS97_10200, F7N46_18140, F9461_18000, F9B07_05995, FGAF848_41630, FJQ40_01630, FKO60_18290, FOI11_014740, FOI11_20940, FPS11_03870, FVB16_06380, FWK02_13090, G3V95_10915, G4A38_03090, G4A47_10900, GAI89_04385, GAJ12_10750, GNW61_00325, GOP25_14130, GP965_11000, GP979_12080, GQA06_06275, GQE86_14305, GQM04_15800, GQM21_05505, GQW07_15995, GRO95_15840, GRW05_08865, GRW24_08520, GUC01_09055, H0O53_13460, H0O72_04915, HEP30_009475, HEP34_001782, HHH44_002336, HJQ60_002514, HLZ50_23395, HMV95_06705, HV109_21490, HV209_19960, HVW43_13980, I6H00_16150, I6H02_16705, J0541_002323, J5U05_001376, JNP96_03045, NCTC10082_01824, NCTC10429_04710, NCTC10974_05098, NCTC11181_01756, NCTC11341_03057, NCTC7922_05246, NCTC8500_05052, NCTC8959_04284, NCTC8960_02016, NCTC9044_02658, NCTC9045_05319, NCTC9077_05652, NCTC9117_05600, NCTC9702_05278, NCTC9706_01788, P6223_000677, QDW62_23495, RZR61_04275, SAMEA3472112_03401, SAMEA3752557_01673, WR15_07020 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SG32
#2: タンパク質	Modulator of FtsH protease HflC 分子量: 37703.887 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: hflC, NCTC10418_06673 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A376L393
Has protein modification	N

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: FtsH.HflK.HflKC complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量	実験値: NO
由来(天然)	生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21
由来(組換発現)	生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液	pH: 7.5
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 1750 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 50 nm
撮影	電子線照射量: 46.14 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア	名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正	詳細: Patch CTF estimation, cryoSPARC / タイプ: NONE
3次元再構成	解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 184019 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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