[日本語] English
万見
- PDB-9cru: Y20S (Sec18-Sec17-Sec9-Sso1-Snc1) EDTA - Class 1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9cru
タイトルY20S (Sec18-Sec17-Sec9-Sso1-Snc1) EDTA - Class 1
要素
  • Alpha-soluble NSF attachment protein
  • Protein SSO1
  • Protein transport protein SEC9
  • Synaptobrevin homolog 1
  • Vesicular-fusion protein SEC18
キーワードTRANSLOCASE / SNARE / NSF / Sec18 / AAA+
機能・相同性
機能・相同性情報


inter-Golgi cisterna vesicle-mediated transport / Disinhibition of SNARE formation / vesicle fusion to plasma membrane / ascospore-type prospore assembly / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / RHOQ GTPase cycle / vesicle fusion with Golgi apparatus / RHOB GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / Golgi vesicle fusion to target membrane ...inter-Golgi cisterna vesicle-mediated transport / Disinhibition of SNARE formation / vesicle fusion to plasma membrane / ascospore-type prospore assembly / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / RHOQ GTPase cycle / vesicle fusion with Golgi apparatus / RHOB GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / Golgi vesicle fusion to target membrane / sporulation / cellular bud / Intra-Golgi traffic / trans-Golgi Network Vesicle Budding / prospore membrane / soluble NSF attachment protein activity / ascospore formation / vacuole fusion, non-autophagic / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / COPII-mediated vesicle transport / SNARE complex disassembly / Golgi to endosome transport / vesicle docking / SNAP receptor activity / SNARE complex / phosphatidic acid binding / vesicle fusion / Golgi to plasma membrane transport / cellular bud neck / intra-Golgi vesicle-mediated transport / Golgi to plasma membrane protein transport / mating projection tip / Golgi stack / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / fungal-type vacuole membrane / retrograde transport, endosome to Golgi / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / syntaxin binding / SNARE complex assembly / transport vesicle membrane / exocytosis / ATPase activator activity / autophagosome assembly / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / Neutrophil degranulation / endomembrane system / SNARE binding / cell periphery / macroautophagy / intracellular protein transport / trans-Golgi network / autophagy / endocytosis / molecular adaptor activity / endosome membrane / endosome / Golgi membrane / Golgi apparatus / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Synaptobrevin/Vesicle-associated membrane protein / NSF attachment protein / Soluble NSF attachment protein, SNAP / Synaptobrevin signature. / Vesicle-fusing ATPase / Synaptobrevin-like / Synaptobrevin / v-SNARE, coiled-coil homology domain / v-SNARE coiled-coil homology domain profile. / Syntaxin ...Synaptobrevin/Vesicle-associated membrane protein / NSF attachment protein / Soluble NSF attachment protein, SNAP / Synaptobrevin signature. / Vesicle-fusing ATPase / Synaptobrevin-like / Synaptobrevin / v-SNARE, coiled-coil homology domain / v-SNARE coiled-coil homology domain profile. / Syntaxin / Syntaxin N-terminal domain / Syntaxin, N-terminal domain / SNARE domain / Syntaxin / Syntaxin/epimorphin, conserved site / Syntaxin / epimorphin family signature. / SNARE / Helical region found in SNAREs / t-SNARE coiled-coil homology domain profile. / Target SNARE coiled-coil homology domain / CDC48, N-terminal subdomain / Cell division protein 48 (CDC48) N-terminal domain / CDC48, domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48), domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48) domain 2 / CDC48 domain 2-like superfamily / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Vesicular-fusion protein SEC18 / Synaptobrevin homolog 1 / Alpha-soluble NSF attachment protein / Protein SSO1 / Protein transport protein SEC9
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.89 Å
データ登録者Khan, Y.A. / Brunger, A.T.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)5R37MH063105 米国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)1F31MH134477 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A conserved mechanism for universal SNARE recycling across cellular contexts
著者: Khan, Y.A. / Brunger, A.T.
履歴
登録2024年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月27日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月27日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月27日Data content type: Additional map / Part number: 2 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月27日Data content type: Additional map / Part number: 3 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月27日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月27日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月27日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月27日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Vesicular-fusion protein SEC18
B: Vesicular-fusion protein SEC18
C: Vesicular-fusion protein SEC18
D: Vesicular-fusion protein SEC18
E: Vesicular-fusion protein SEC18
F: Vesicular-fusion protein SEC18
G: Alpha-soluble NSF attachment protein
H: Alpha-soluble NSF attachment protein
J: Synaptobrevin homolog 1
K: Protein SSO1
L: Protein transport protein SEC9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)645,27822
ポリマ－639,85911
非ポリマー5,41911
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
タンパク質 , 5種, 11分子 ABCDEFGHJKL

#1: タンパク質
Vesicular-fusion protein SEC18


分子量: 84423.297 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Cleaved Sec18
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SEC18, YBR080C, YBR0736 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18759
#2: タンパク質 Alpha-soluble NSF attachment protein / SNAP-alpha / N-ethylmaleimide-sensitive factor attachment protein alpha / Vesicular-fusion protein ...SNAP-alpha / N-ethylmaleimide-sensitive factor attachment protein alpha / Vesicular-fusion protein SEC17 / alpha-SNAP chaperone


分子量: 32899.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: TEV cleaved Sec17
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SEC17, YBL050W, YBL0505, YBL0517 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32602
#3: タンパク質 Synaptobrevin homolog 1


分子量: 10943.198 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Snc1p TEV cleaved
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SNC1, YAL030W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31109
#4: タンパク質 Protein SSO1


分子量: 30798.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Sso1 TEV cleaved
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SSO1, YPL232W, P1405 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32867
#5: タンパク質 Protein transport protein SEC9


分子量: 25777.920 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Sec9 TEV cleaved
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SEC9, HSS7, YGR009C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40357

-
非ポリマー , 2種, 11分子

#6: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Y20S complex EDTA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.89 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 41159 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る