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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9cia | ||||||
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タイトル | T cell receptor complex | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / T cell receptor T cell immunity | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of lymphocyte apoptotic process / gamma-delta T cell receptor complex / Fc-gamma receptor III complex / T cell anergy / positive regulation of T cell anergy / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / gamma-delta T cell activation / Fc-gamma receptor signaling pathway / negative thymic T cell selection ...regulation of lymphocyte apoptotic process / gamma-delta T cell receptor complex / Fc-gamma receptor III complex / T cell anergy / positive regulation of T cell anergy / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / gamma-delta T cell activation / Fc-gamma receptor signaling pathway / negative thymic T cell selection / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / alpha-beta T cell receptor complex / positive regulation of protein localization to cell surface / positive thymic T cell selection / signal complex assembly / Nef and signal transduction / positive regulation of cell-matrix adhesion / T cell receptor complex / establishment or maintenance of cell polarity / smoothened signaling pathway / positive regulation of interleukin-4 production / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / dendrite development / small molecule binding / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / immunological synapse / FCGR activation / PD-1 signaling / Role of phospholipids in phagocytosis / T cell receptor binding / positive regulation of T cell proliferation / negative regulation of smoothened signaling pathway / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / T cell costimulation / positive regulation of interleukin-2 production / positive regulation of calcium-mediated signaling / T cell activation / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / cerebellum development / protein tyrosine kinase binding / apoptotic signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / calcium-mediated signaling / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / protein complex oligomerization / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / SH3 domain binding / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / transmembrane signaling receptor activity / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cell-cell junction / protein transport / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / signaling receptor complex adaptor activity / Downstream TCR signaling / Clathrin-mediated endocytosis / T cell receptor signaling pathway / cell body / protein-containing complex assembly / regulation of apoptotic process / adaptive immune response / dendritic spine / cell surface receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein heterodimerization activity / external side of plasma membrane / negative regulation of gene expression / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.39 Å | ||||||
データ登録者 | Gully, B.S. / Rossjohn, J. | ||||||
資金援助 | オーストラリア, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: T cell receptor complex 著者: Gully, B.S. / Rossjohn, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9cia.cif.gz | 207.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9cia.ent.gz | 163.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 9cia.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 9cia_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 9cia_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 9cia_validation.xml.gz | 44.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 9cia_validation.cif.gz | 65.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/9cia ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/9cia | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 45615MC 9ci8C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-T-cell surface glycoprotein CD3 ... , 4種, 6分子 abefdg
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3361.154 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD247, CD3Z, T3Z, TCRZ 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P20963 #4: タンパク質 | 分子量: 13982.752 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD3E, T3E 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P07766 #7: タンパク質 | | 分子量: 11750.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD3D, T3D 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P04234 #8: タンパク質 | | 分子量: 12813.813 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD3G, T3G 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P09693 |
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-T cell receptor ... , 2種, 2分子 mn
#5: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3990.903 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRDC 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: A0A075B6X2 |
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#6: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4231.204 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRGC1, TCRGC1 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P0CF51 |
-抗体 , 2種, 4分子 ACBD
#1: 抗体 | 分子量: 11865.157 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) #2: 抗体 | 分子量: 13415.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
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-非ポリマー , 1種, 1分子
#9: 化合物 | ChemComp-CLR / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: T cell receptor complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#8 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.2 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: HEPES buffer saline |
試料 | 濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum ER / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2663326 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.39 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 77000 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 7PHR Accession code: 7PHR / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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