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- PDB-9cht: Human E3 ligase E6AP in complex with HPV16-E6 and p53 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9cht
タイトルHuman E3 ligase E6AP in complex with HPV16-E6 and p53
要素
  • Immunoglobulin G-binding protein G/Cellular tumor antigen p53 fusion protein
  • Protein E6
  • Ubiquitin-protein ligase E3A
キーワードLIGASE / Complex / Viral / Ubiquitination
機能・相同性
機能・相同性情報


sperm entry / positive regulation of Golgi lumen acidification / symbiont-mediated suppression of host transcription / regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / prostate gland growth / HECT-type E3 ubiquitin transferase / negative regulation of helicase activity / Loss of function of TP53 in cancer due to loss of tetramerization ability / Regulation of TP53 Expression ...sperm entry / positive regulation of Golgi lumen acidification / symbiont-mediated suppression of host transcription / regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / prostate gland growth / HECT-type E3 ubiquitin transferase / negative regulation of helicase activity / Loss of function of TP53 in cancer due to loss of tetramerization ability / Regulation of TP53 Expression / signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of G1 to G0 transition / negative regulation of glucose catabolic process to lactate via pyruvate / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of pentose-phosphate shunt / ATP-dependent DNA/DNA annealing activity / Activation of NOXA and translocation to mitochondria / regulation of cell cycle G2/M phase transition / oligodendrocyte apoptotic process / negative regulation of miRNA processing / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hypoxia / positive regulation of thymocyte apoptotic process / oxidative stress-induced premature senescence / regulation of tissue remodeling / positive regulation of mitochondrial membrane permeability / regulation of fibroblast apoptotic process / mRNA transcription / bone marrow development / circadian behavior / positive regulation of programmed necrotic cell death / T cell proliferation involved in immune response / regulation of Cdc42 protein signal transduction / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / histone deacetylase regulator activity / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / germ cell nucleus / homolactic fermentation / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / IgG binding / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of glial cell proliferation / negative regulation of neuroblast proliferation / mitochondrial DNA repair / T cell lineage commitment / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / thymocyte apoptotic process / ER overload response / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / cardiac septum morphogenesis / entrainment of circadian clock by photoperiod / B cell lineage commitment / androgen receptor signaling pathway / negative regulation of mitophagy / negative regulation of DNA replication / Zygotic genome activation (ZGA) / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / PI5P Regulates TP53 Acetylation / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / necroptotic process / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / SUMOylation of transcription factors / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / TFIID-class transcription factor complex binding / cellular response to actinomycin D / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / rRNA transcription / Transcriptional Regulation by VENTX / cellular response to UV-C / viral process / regulation of proteolysis / general transcription initiation factor binding / replicative senescence / progesterone receptor signaling pathway / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / neuroblast proliferation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / Pyroptosis / positive regulation of execution phase of apoptosis / embryonic organ development / hematopoietic stem cell differentiation / chromosome organization / type II interferon-mediated signaling pathway / response to X-ray / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / postsynaptic cytosol / somitogenesis / hematopoietic progenitor cell differentiation / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / core promoter sequence-specific DNA binding / glial cell proliferation / negative regulation of stem cell proliferation / ovarian follicle development / protein autoubiquitination
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-protein ligase E3A / Ubiquitin-protein ligase E3A, N-terminal zinc-binding domain / Ubiquitin-protein ligase E3A, N-terminal zinc-binding domain superfamily / Amino-terminal Zinc-binding domain of ubiquitin ligase E3A / Ubiquitin-protein ligase E3B/C / E6 early regulatory protein / E6 superfamily / Early Protein (E6) / IgG-binding B / B domain ...Ubiquitin-protein ligase E3A / Ubiquitin-protein ligase E3A, N-terminal zinc-binding domain / Ubiquitin-protein ligase E3A, N-terminal zinc-binding domain superfamily / Amino-terminal Zinc-binding domain of ubiquitin ligase E3A / Ubiquitin-protein ligase E3B/C / E6 early regulatory protein / E6 superfamily / Early Protein (E6) / IgG-binding B / B domain / M protein-type anchor domain / GA-like domain / GA-like domain / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) / HECT domain profile. / Domain Homologous to E6-AP Carboxyl Terminus with / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / Cellular tumor antigen p53, transactivation domain 2 / Transactivation domain 2 / : / p53 transactivation domain / P53 transactivation motif / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / p53-like tetramerisation domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / p53-like transcription factor, DNA-binding
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein E6 / Cellular tumor antigen p53 / Immunoglobulin G-binding protein G / Ubiquitin-protein ligase E3A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Streptococcus sp. group G (バクテリア)
Human papillomavirus 16 (パピローマウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.54 Å
データ登録者Kenny, S. / Das, C.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
Other privateP30CA023168
American Heart Association905924/SK/2021 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32 GM132024 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Structure of E6AP in complex with HPV16-E6 and p53 reveals a novel ordered domain important for E3 ligase activation.
著者: Sebastian Kenny / Shalini Iyer / Clinton A Gabel / Natalia Tegenfeldt / Andrew G DeMarco / Mark C Hall / Leifu Chang / V Jo Davisson / Scott Vande Pol / Chittaranjan Das /
要旨: High-risk human papillomavirus E6 oncoprotein is a model system for the recognition and degradation of cellular p53 tumor suppressor protein. There remains a gap in the understanding of the ubiquitin ...High-risk human papillomavirus E6 oncoprotein is a model system for the recognition and degradation of cellular p53 tumor suppressor protein. There remains a gap in the understanding of the ubiquitin transfer reaction, including placement of the E6AP catalytic HECT domain of the ligase concerning the p53 substrate and how E6 itself is protected from ubiquitination. We determined the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of the E6AP/E6/p53 complex, related the structure to in vivo modeling of the tri-molecular complex, and identified structural interactions associated with activation of the ubiquitin ligase function. The structure reveals that the N-terminal ordered domain (NOD) in E6AP has a terminal alpha helix that mediates the interaction of the NOD with the HECT domain of E6AP and protects the HPV-E6 protein from ubiquitination. In addition, this NOD helix is required for E6AP ligase function by contributing to the affinity of the E6-E6AP association, modulating E6 substrate recognition, while displacing UbcH7.
履歴
登録2024年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.22025年3月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _em_admin.last_update
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-protein ligase E3A
B: Immunoglobulin G-binding protein G/Cellular tumor antigen p53 fusion protein
C: Protein E6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,1503
ポリマ－165,1503
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin-protein ligase E3A / E6AP ubiquitin-protein ligase / HECT-type ubiquitin transferase E3A / Human papillomavirus E6- ...E6AP ubiquitin-protein ligase / HECT-type ubiquitin transferase E3A / Human papillomavirus E6-associated protein / Oncogenic protein-associated protein E6-AP / Renal carcinoma antigen NY-REN-54


分子量: 102982.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE3A, E6AP, EPVE6AP, HPVE6A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05086, HECT-type E3 ubiquitin transferase
#2: 抗体 Immunoglobulin G-binding protein G/Cellular tumor antigen p53 fusion protein


分子量: 43801.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus sp. group G (バクテリア), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: spg, TP53, P53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P06654, UniProt: P04637
#3: タンパク質 Protein E6


分子量: 18365.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human papillomavirus 16 (パピローマウイルス)
遺伝子: E6 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03126
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Ternary complex of E6AP with viral factor E6 and neosubstrate p53
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21 (DE3)
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 0.25 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: monodisperse, further purified by SEC
試料支持グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 279 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影平均露光時間: 3.192 sec. / 電子線照射量: 1.52 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5548

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC3.2.0粒子像選択
4cryoSPARC3.2.0CTF補正
7Coot0.8.9.2モデルフィッティング
9cryoSPARC3.2.0初期オイラー角割当
10cryoSPARC3.2.0最終オイラー角割当
11cryoSPARC3.2.0分類
12cryoSPARC3.2.0３次元再構成
13PHENIX1.19.2モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 1591147
3次元再構成解像度: 3.54 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 238679 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0038624
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.64311649
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.6571158
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0431270
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051514

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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