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万見
- PDB-9cf8: Cryo-EM structure of human kidney V-ATPase state 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9cf8
タイトルCryo-EM structure of human kidney V-ATPase state 1
要素
  • (V-type proton ATPase ...) x 12
  • Renin receptor
  • Ribonuclease kappa
キーワードMEMBRANE PROTEIN / human / kidney / V-ATPase
機能・相同性
機能・相同性情報


proton-transporting two-sector ATPase complex / Ion channel transport / plasma membrane proton-transporting V-type ATPase complex / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in lysosome biogenesis and autophagy / intracellular pH reduction / eye pigmentation / central nervous system maturation / ATPase-coupled ion transmembrane transporter activity / rostrocaudal neural tube patterning / positive regulation of transforming growth factor beta1 production ...proton-transporting two-sector ATPase complex / Ion channel transport / plasma membrane proton-transporting V-type ATPase complex / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in lysosome biogenesis and autophagy / intracellular pH reduction / eye pigmentation / central nervous system maturation / ATPase-coupled ion transmembrane transporter activity / rostrocaudal neural tube patterning / positive regulation of transforming growth factor beta1 production / Golgi lumen acidification / synaptic vesicle lumen acidification / vacuolar transport / proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / extrinsic component of synaptic vesicle membrane / Transferrin endocytosis and recycling / cellular response to increased oxygen levels / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / endosome to plasma membrane protein transport / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / clathrin-coated vesicle membrane / lysosomal lumen acidification / endosomal lumen acidification / XBP1(S) activates chaperone genes / proton-transporting V-type ATPase complex / Amino acids regulate mTORC1 / head morphogenesis / protein localization to cilium / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / osteoclast development / ROS and RNS production in phagocytes / vacuolar acidification / regulation of cellular pH / dendritic spine membrane / azurophil granule membrane / microvillus / proton transmembrane transporter activity / ATPase activator activity / regulation of MAPK cascade / autophagosome membrane / tertiary granule membrane / ficolin-1-rich granule membrane / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / cilium assembly / RHOA GTPase cycle / positive regulation of Wnt signaling pathway / regulation of macroautophagy / transporter activator activity / H+-transporting two-sector ATPase / ATP metabolic process / specific granule membrane / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / angiotensin maturation / Insulin receptor recycling / ruffle / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / axon terminus / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / RNA endonuclease activity / proton transmembrane transport / receptor-mediated endocytosis / secretory granule / secretory granule membrane / small GTPase binding / transmembrane transport / phagocytic vesicle membrane / synaptic vesicle membrane / melanosome / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / signaling receptor activity / ATPase binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / intracellular iron ion homeostasis / postsynaptic membrane / early endosome / lysosome / endosome / endosome membrane / nuclear speck / cilium / apical plasma membrane / Golgi membrane / axon / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / focal adhesion / intracellular membrane-bounded organelle / ubiquitin protein ligase binding / centrosome / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / ATP hydrolysis activity / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
ATPase, V0 complex, subunit e1/e2, metazoa / V0 complex accessory subunit Ac45 / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / Renin receptor-like / : / Renin receptor-like transmembrane spanning segment / Renin receptor N-terminal domain / ATPase, V1 complex, subunit A / Ribonuclease kappa ...ATPase, V0 complex, subunit e1/e2, metazoa / V0 complex accessory subunit Ac45 / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / Renin receptor-like / : / Renin receptor-like transmembrane spanning segment / Renin receptor N-terminal domain / ATPase, V1 complex, subunit A / Ribonuclease kappa / : / V-type proton ATPase subunit f-like / Vacuolar (H+)-ATPase G subunit / V-type proton ATPase subunit S1/VOA1, transmembrane domain / Vacuolar (H+)-ATPase G subunit / V0 complex accessory subunit Ac45/VOA1 transmembrane domain / ATPase, V1 complex, subunit B / ATPase, V1 complex, subunit F, eukaryotic / ATPase, V0 complex, subunit e1/e2 / ATP synthase subunit H / ATPase, V0 complex, subunit d / V-ATPase proteolipid subunit C, eukaryotic / ATPase, V0 complex, subunit 116kDa, eukaryotic / ATPase, V0 complex, c/d subunit / V-type ATPase subunit C/d / V-type ATP synthase subunit c/d subunit superfamily / V-type ATP synthase c/d subunit, domain 3 superfamily / ATP synthase (C/AC39) subunit / V-ATPase proteolipid subunit / V-type ATPase, V0 complex, 116kDa subunit family / V-type ATPase 116kDa subunit family / V-type ATPase subunit E / V-type ATPase subunit E, C-terminal domain superfamily / ATP synthase (E/31 kDa) subunit / ATPase, V1 complex, subunit D / ATPase, V1 complex, subunit F / ATPase, V1 complex, subunit F superfamily / ATP synthase subunit D / ATP synthase (F/14-kDa) subunit / V-type ATP synthase regulatory subunit B/beta / V-type ATP synthase catalytic alpha chain / ATPsynthase alpha/beta subunit, N-terminal extension / ATPsynthase alpha/beta subunit barrel-sandwich domain / V-ATPase proteolipid subunit C-like domain / F/V-ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase subunit C / : / ATPase, F1/V1 complex, beta/alpha subunit, C-terminal / C-terminal domain of V and A type ATP synthase / ATP synthase subunit alpha, N-terminal domain-like superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / V-type proton ATPase subunit e 1 / V-type proton ATPase subunit G 1 / Renin receptor / V-type proton ATPase subunit B, brain isoform / V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c / V-type proton ATPase subunit E 1 / V-type proton ATPase catalytic subunit A / V-type proton ATPase subunit d 1 / V-type proton ATPase subunit S1 ...ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / V-type proton ATPase subunit e 1 / V-type proton ATPase subunit G 1 / Renin receptor / V-type proton ATPase subunit B, brain isoform / V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c / V-type proton ATPase subunit E 1 / V-type proton ATPase catalytic subunit A / V-type proton ATPase subunit d 1 / V-type proton ATPase subunit S1 / V-type proton ATPase subunit F / Ribonuclease kappa / V-type proton ATPase 116 kDa subunit a 1 / V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit c'' / V-type proton ATPase subunit D
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.46 Å
データ登録者Zhang, Z. / Lyu, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of human kidney V-ATPase state 1
著者: Zhang, Z. / Lyu, M.
履歴
登録2024年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月6日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月6日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月6日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit
1: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
2: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
3: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
4: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
5: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
6: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
7: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
8: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
9: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
A: V-type proton ATPase catalytic subunit A
B: V-type proton ATPase catalytic subunit A
C: V-type proton ATPase catalytic subunit A
D: V-type proton ATPase subunit B, brain isoform
E: V-type proton ATPase subunit B, brain isoform
F: V-type proton ATPase subunit B, brain isoform
G: V-type proton ATPase subunit D
H: V-type proton ATPase subunit E 1
I: V-type proton ATPase subunit E 1
J: V-type proton ATPase subunit E 1
K: V-type proton ATPase subunit G 1
L: V-type proton ATPase subunit G 1
M: V-type proton ATPase subunit G 1
N: V-type proton ATPase subunit F
Q: V-type proton ATPase subunit d 1
R: V-type proton ATPase 116 kDa subunit a isoform 1
S: V-type proton ATPase subunit e 1
T: Ribonuclease kappa
U: V-type proton ATPase subunit S1
V: Renin receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)952,76831
ポリマ－952,34130
非ポリマー4271
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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V-type proton ATPase ... , 12種, 28分子 0123456789ABCDEFGHIJKLMNQRSU

#1: タンパク質 V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit / V-ATPase 21 kDa proteolipid subunit / Vacuolar proton pump 21 kDa proteolipid subunit / hATPL


分子量: 21418.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q99437
#2: タンパク質
V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit / V-ATPase 16 kDa proteolipid subunit / Vacuolar proton pump 16 kDa proteolipid subunit


分子量: 15743.655 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P27449
#3: タンパク質 V-type proton ATPase catalytic subunit A / V-ATPase subunit A / V-ATPase 69 kDa subunit / Vacuolar ATPase isoform VA68 / Vacuolar proton pump ...V-ATPase subunit A / V-ATPase 69 kDa subunit / Vacuolar ATPase isoform VA68 / Vacuolar proton pump subunit alpha


分子量: 68379.875 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P38606, H+-transporting two-sector ATPase
#4: タンパク質 V-type proton ATPase subunit B, brain isoform / V-ATPase subunit B 2 / Endomembrane proton pump 58 kDa subunit / HO57 / Vacuolar proton pump subunit B 2


分子量: 56561.500 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P21281
#5: タンパク質 V-type proton ATPase subunit D / V-ATPase subunit D / V-ATPase 28 kDa accessory protein / Vacuolar proton pump subunit D


分子量: 28311.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y5K8
#6: タンパク質 V-type proton ATPase subunit E 1 / V-ATPase subunit E 1 / V-ATPase 31 kDa subunit / p31 / Vacuolar proton pump subunit E 1


分子量: 26183.346 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P36543
#7: タンパク質 V-type proton ATPase subunit G 1 / V-ATPase subunit G 1 / V-ATPase 13 kDa subunit 1 / Vacuolar proton pump subunit G 1 / Vacuolar ...V-ATPase subunit G 1 / V-ATPase 13 kDa subunit 1 / Vacuolar proton pump subunit G 1 / Vacuolar proton pump subunit M16


分子量: 13781.547 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75348
#8: タンパク質 V-type proton ATPase subunit F / V-ATPase subunit F / V-ATPase 14 kDa subunit / Vacuolar proton pump subunit F


分子量: 13388.210 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q16864
#9: タンパク質 V-type proton ATPase subunit d 1 / V-ATPase subunit d 1 / 32 kDa accessory protein / V-ATPase 40 kDa accessory protein / V-ATPase AC39 ...V-ATPase subunit d 1 / 32 kDa accessory protein / V-ATPase 40 kDa accessory protein / V-ATPase AC39 subunit / p39 / Vacuolar proton pump subunit d 1


分子量: 40369.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61421
#10: タンパク質 V-type proton ATPase 116 kDa subunit a isoform 1 / V-ATPase 116 kDa isoform a1 / Clathrin-coated vesicle/synaptic vesicle proton pump 116 kDa subunit ...V-ATPase 116 kDa isoform a1 / Clathrin-coated vesicle/synaptic vesicle proton pump 116 kDa subunit / Vacuolar adenosine triphosphatase subunit Ac116 / Vacuolar proton pump subunit 1 / Vacuolar proton translocating ATPase 116 kDa subunit a isoform 1


分子量: 96512.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q93050
#11: タンパク質 V-type proton ATPase subunit e 1 / V-ATPase subunit e 1 / V-ATPase 9.2 kDa membrane accessory protein / V-ATPase M9.2 subunit / ...V-ATPase subunit e 1 / V-ATPase 9.2 kDa membrane accessory protein / V-ATPase M9.2 subunit / Vacuolar proton pump subunit e 1


分子量: 9380.329 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15342
#13: タンパク質 V-type proton ATPase subunit S1 / V-ATPase subunit S1 / Protein XAP-3 / V-ATPase Ac45 subunit / V-ATPase S1 accessory protein / ...V-ATPase subunit S1 / Protein XAP-3 / V-ATPase Ac45 subunit / V-ATPase S1 accessory protein / Vacuolar proton pump subunit S1


分子量: 52067.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15904

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タンパク質 , 2種, 2分子 TV

#12: タンパク質 Ribonuclease kappa / RNase kappa


分子量: 15435.220 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q6P5S7, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#14: タンパク質 Renin receptor / ATPase H(+)-transporting lysosomal accessory protein 2 / ATPase H(+)-transporting lysosomal- ...ATPase H(+)-transporting lysosomal accessory protein 2 / ATPase H(+)-transporting lysosomal-interacting protein 2 / ER-localized type I transmembrane adapter / Embryonic liver differentiation factor 10 / N14F / Renin/prorenin receptor / Vacuolar ATP synthase membrane sector-associated protein M8-9 / V-ATPase M8.9 subunit


分子量: 39045.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75787

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非ポリマー , 1種, 1分子

#15: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: V-ATPase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#14 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 38 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 35623 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00257366
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.42877622
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.7121077
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0378896
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0049929

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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