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万見
- PDB-9cbc: Yersinia entomophaga holotoxin complex in pore conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9cbc
タイトルYersinia entomophaga holotoxin complex in pore conformation
要素
  • Chitinase 2
  • Toxin subunit YenA1
  • Toxin subunit YenA2
  • Toxin subunit YenB
  • Toxin subunit YenC2
キーワードTOXIN / pore-forming / insecticidal / chitinases
機能・相同性
機能・相同性情報


endochitinase activity / chitinase / chitin catabolic process / chitin binding / polysaccharide catabolic process / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
YwqJ-like deaminase / YwqJ-like deaminase / Insecticide toxin TcdB middle/C-terminal / Insecticide toxin TcdB middle/N-terminal / Insecticide toxin TcdB middle/C-terminal region / Insecticide toxin TcdB middle/N-terminal region / Salmonella virulence plasmid 65kDa B protein / Salmonella virulence plasmid 65kDa B protein / Toxin complex C-like repeat / Tripartite Tc toxins repeat ...YwqJ-like deaminase / YwqJ-like deaminase / Insecticide toxin TcdB middle/C-terminal / Insecticide toxin TcdB middle/N-terminal / Insecticide toxin TcdB middle/C-terminal region / Insecticide toxin TcdB middle/N-terminal region / Salmonella virulence plasmid 65kDa B protein / Salmonella virulence plasmid 65kDa B protein / Toxin complex C-like repeat / Tripartite Tc toxins repeat / ABC toxin, N-terminal domain / ABC toxin N-terminal region / Insecticidal toxin complex/plasmid virulence protein / Tc toxin complex TcA, C-terminal TcB-binding domain / Neuraminidase-like domain / Salmonella virulence plasmid 28.1kDa A protein / Tc toxin complex TcA C-terminal TcB-binding domain / Neuraminidase-like domain / Regulator of chromosome condensation (RCC1) signature 2. / : / Rhs repeat-associated core / : / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Integrin alpha, N-terminal / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Toxin subunit YenA1 / Toxin subunit YenA2 / Chitinase 2 / Toxin subunit YenB / Toxin subunit YenC2
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia entomophaga (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.43 Å
データ登録者Low, Y.S. / Landsberg, M.J.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP220101681 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)DP170104484 オーストラリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Complete structures of the YenTc holotoxin prepore and pore reveal the evolutionary basis for chitinase incorporation into ABC toxins.
著者: Yu Shang Low / Solace G Roche / Nadezhda A Aleksandrova / Gabriel Foley / Jason Kk Low / Joseph K Box / Tristan I Croll / Irene R Chassagnon / J Shaun Lott / Evelyne Deplazes / Mikael Bodén ...著者: Yu Shang Low / Solace G Roche / Nadezhda A Aleksandrova / Gabriel Foley / Jason Kk Low / Joseph K Box / Tristan I Croll / Irene R Chassagnon / J Shaun Lott / Evelyne Deplazes / Mikael Bodén / Mark Rh Hurst / Sarah J Piper / Michael J Landsberg /
要旨: ABC toxins are toxin-translocating, pore-forming proteins found in a wide range of insecticidal bacteria and some mammalian pathogens. The Yersinia entomopahaga toxin complex (YenTc) belongs to a ...ABC toxins are toxin-translocating, pore-forming proteins found in a wide range of insecticidal bacteria and some mammalian pathogens. The Yersinia entomopahaga toxin complex (YenTc) belongs to a distinct subclass of ABC toxins, defined by a divergent molecular architecture. Structural details that define their mechanism of action remain to be elucidated. Here we determine structures of the YenTc holotoxin assembly in both prepore and pore-forming configurations using cryo-EM in conjunction with Alphafold2-assisted structural modelling of flexible domains. We define the structural mechanism via which enzymatically-active chitinase subunits are incorporated, and show using phylogenetic analyses that this subclass-defining feature has evolved relatively recently. Our structures point to the existence of distinct conformational states in YenTc, which may distinguish it from other structurally-characterised ABC toxins, or represent states on a shared mechanistic trajectory. Thus, our findings enhance our understanding of the structural diversity that defines distinct ABC toxin subclasses.
履歴
登録2024年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年12月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月31日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月31日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月31日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月31日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月31日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月31日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toxin subunit YenA1
B: Toxin subunit YenA2
C: Chitinase 2
D: Toxin subunit YenA1
E: Toxin subunit YenA2
F: Chitinase 2
G: Toxin subunit YenA1
H: Toxin subunit YenA2
I: Chitinase 2
J: Toxin subunit YenA1
K: Toxin subunit YenA2
L: Chitinase 2
M: Toxin subunit YenA1
N: Toxin subunit YenA2
O: Chitinase 2
P: Toxin subunit YenB
Q: Toxin subunit YenC2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,054,60117
ポリマ－2,054,60117
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
Toxin subunit YenA1


分子量: 129912.320 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yersinia entomophaga (バクテリア) / 参照: UniProt: B6A877
#2: タンパク質
Toxin subunit YenA2


分子量: 156324.938 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yersinia entomophaga (バクテリア) / 参照: UniProt: B6A878
#3: タンパク質
Chitinase 2


分子量: 69740.609 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yersinia entomophaga (バクテリア) / 参照: UniProt: B6A879, chitinase
#4: タンパク質 Toxin subunit YenB


分子量: 167147.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yersinia entomophaga (バクテリア) / 参照: UniProt: B6A880
#5: タンパク質 Toxin subunit YenC2


分子量: 107563.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yersinia entomophaga (バクテリア) / 参照: UniProt: B6A882
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Yersinia entomophaga holotoxin complex in pore conformation
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 2.5 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Yersinia entomophaga (バクテリア)
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F30
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1800 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
撮影電子線照射量: 45 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2SerialEM画像取得
4cryoSPARCCTF補正
7Coot0.8.9.3モデルフィッティング
8ISOLDE1.6.0モデルフィッティング
10PHENIX1.19モデル精密化
11cryoSPARC初期オイラー角割当
12cryoSPARC最終オイラー角割当
14cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 6.43 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 23515 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL
原子モデル構築PDB-ID: 6OGD

6ogd


Accession code: 6OGD / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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