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万見
- PDB-9cb3: E2F1-Cyclin F Interface -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9cb3
タイトルE2F1-Cyclin F Interface
要素
  • Cyclin-F
  • E2F1 peptide
  • S-phase kinase-associated protein 1
キーワードCELL CYCLE / SCF Ubiquitin Ligase
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of centrosome duplication / negative regulation of fat cell proliferation / Rb-E2F complex / re-entry into mitotic cell cycle / lens fiber cell apoptotic process / F-box domain binding / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / PcG protein complex / anaphase-promoting complex binding / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity ...negative regulation of centrosome duplication / negative regulation of fat cell proliferation / Rb-E2F complex / re-entry into mitotic cell cycle / lens fiber cell apoptotic process / F-box domain binding / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / PcG protein complex / anaphase-promoting complex binding / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / maintenance of protein location in nucleus / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / mRNA stabilization / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / Activation of NOXA and translocation to mitochondria / anoikis / negative regulation of DNA binding / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / SCF ubiquitin ligase complex / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / DNA-binding transcription activator activity / ubiquitin ligase complex scaffold activity / negative regulation of fat cell differentiation / G2 Phase / Prolactin receptor signaling / G1/S-Specific Transcription / Transcriptional Regulation by E2F6 / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / microtubule organizing center / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / cullin family protein binding / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / protein monoubiquitination / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / protein K48-linked ubiquitination / Cyclin E associated events during G1/S transition / forebrain development / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / centriole / Regulation of BACH1 activity / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / DNA damage checkpoint signaling / molecular function activator activity / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Vpu mediated degradation of CD4 / placenta development / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Activation of NF-kappaB in B cells / Degradation of GLI1 by the proteasome / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Iron uptake and transport / Negative regulation of NOTCH4 signaling / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / beta-catenin binding / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / Oncogene Induced Senescence / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / Pre-NOTCH Transcription and Translation / CLEC7A (Dectin-1) signaling / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / G1/S transition of mitotic cell cycle / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / RNA polymerase II transcription regulator complex / FCERI mediated NF-kB activation / Transcriptional regulation of granulopoiesis / Interleukin-1 signaling / Orc1 removal from chromatin / positive regulation of fibroblast proliferation / protein polyubiquitination / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / Regulation of RUNX2 expression and activity / Cyclin D associated events in G1 / sequence-specific double-stranded DNA binding / : / cellular response to xenobiotic stimulus / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Downstream TCR signaling / Neddylation / Oxidative Stress Induced Senescence / molecular adaptor activity / response to lipopolysaccharide / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of cell cycle / protein dimerization activity / protein ubiquitination
類似検索 - 分子機能
E2F transcription factor, CC-MB domain / E2F transcription factor CC-MB domain / E2F Family / E2F-DP heterodimerization region / E2F/DP family, winged-helix DNA-binding domain / E2F/DP family winged-helix DNA-binding domain / E2F/DP family winged-helix DNA-binding domain / A Receptor for Ubiquitination Targets / F-box domain profile. / F-box-like ...E2F transcription factor, CC-MB domain / E2F transcription factor CC-MB domain / E2F Family / E2F-DP heterodimerization region / E2F/DP family, winged-helix DNA-binding domain / E2F/DP family winged-helix DNA-binding domain / E2F/DP family winged-helix DNA-binding domain / A Receptor for Ubiquitination Targets / F-box domain profile. / F-box-like / F-box-like domain superfamily / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / F-box domain / Cyclin, C-terminal domain / : / Cyclins signature. / Cyclin / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclin-F / S-phase kinase-associated protein 1 / Transcription factor E2F1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.47 Å
データ登録者Ngoi, P. / Serrao, V.H. / Rubin, S.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P01 CA254867 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM145255 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: Structural mechanism for the recognition of E2F1 by the ubiquitin ligase adaptor Cyclin F.
著者: Peter Ngoi / Xianxi Wang / Sivasankar Putta / Ricardo F Da Luz / Vitor Hugo B Serrão / Michael J Emanuele / Seth M Rubin /
要旨: Cyclin F, a noncanonical member of the cyclin protein family, plays a critical role in regulating transitions in the cell division cycle. Unlike canonical cyclins, which bind and activate cyclin- ...Cyclin F, a noncanonical member of the cyclin protein family, plays a critical role in regulating transitions in the cell division cycle. Unlike canonical cyclins, which bind and activate cyclin-dependent kinases (CDKs), Cyclin F functions as a substrate receptor protein within the Skp1-Cullin-F-box E3 ubiquitin ligase complex, enabling the ubiquitylation of target proteins. The structural features that distinguish Cyclin F as a ligase adaptor and the mechanisms underlying its selective substrate recruitment over Cyclin A, which functions in complex with CDK2 at a similar time in the cell cycle, remain largely unexplored. We utilized single-particle cryoelectron microscopy to elucidate the structure of a Cyclin F-Skp1 complex bound to an E2F1 peptide. The structure and biochemical analysis reveal important differences in the substrate-binding site of Cyclin F compared to Cyclin A. Our findings expand on the canonical cyclin-binding motif (Cy or RxL) and highlight the importance of electrostatics at the E2F1 binding interface, which varies between Cyclin F and Cyclin A. These results advance our understanding of E2F1 regulation and may inform strategies for selectively targeting Cyclin F in cancer or neurodegeneration.
履歴
登録2024年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 1.22025年7月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclin-F
B: S-phase kinase-associated protein 1
C: E2F1 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,9173
ポリマ－91,9173
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Cyclin-F / F-box only protein 1


分子量: 71695.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCNF, FBX1, FBXO1 / 細胞株 (発現宿主): IPLB-Sf-21-AE
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P41002
#2: タンパク質 S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1 / Cyclin-A/CDK2-associated protein p19 / p19A / Organ of Corti protein 2 / OCP-2 / Organ of ...SKP1 / Cyclin-A/CDK2-associated protein p19 / p19A / Organ of Corti protein 2 / OCP-2 / Organ of Corti protein II / OCP-II / RNA polymerase II elongation factor-like protein / SIII / Transcription elongation factor B polypeptide 1-like / p19skp1


分子量: 18679.965 Da / 分子数: 1 / Fragment: BTB domain (UNP residues 7-128) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SKP1, EMC19, OCP2, SKP1A, TCEB1L / 細胞株 (発現宿主): IPLB-Sf-21-AE
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P63208
#3: タンパク質・ペプチド E2F1 peptide


分子量: 1540.810 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q01094
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: E2F1-CyclinF-Skp1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.09176483 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
125 mMTrisC4H11NO31
2150 mMSodium ChlorideNaCl1
31 mMDithiothreitol(CH(OH)CH2SH)21
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 0.57 sec. / 電子線照射量: 45.8 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7611

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.4.1粒子像選択
2SerialEM4.4画像取得
4cryoSPARC4.4.1CTF補正
7Coot0.9.8モデルフィッティング
9PHENIX1.2モデル精密化
10cryoSPARC4.4.1初期オイラー角割当
11cryoSPARC4.4.1最終オイラー角割当
12cryoSPARC4.4.1分類
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 7781999
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.47 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 103503 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 177 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築
ID 3D fitting-IDChain-IDSource nameタイプ
11AAlphaFoldin silico model
21BAlphaFoldin silico model
31CAlphaFoldin silico model
精密化交差検証法: NONE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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