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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9c8s | ||||||
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タイトル | CryoEM structure of Cryptococcus neoformans H99 Acetyl-CoA Synthetase in complex with adenosine-5'-ethylphosphate | ||||||
![]() | Acetyl-coenzyme A synthetase | ||||||
![]() | LIGASE / trimer | ||||||
機能・相同性 | ![]() acetate-CoA ligase / acetate-CoA ligase activity / acetyl-CoA biosynthetic process from acetate / AMP binding / mitochondrion / ATP binding / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.37 Å | ||||||
![]() | Xu, Z. / Schnicker, N.J. / Jezeski, A.J. / Krysan, D.J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: CryoEM structure of Cryptococcus neoformans H99 Acetyl-CoA Synthetase in complex with adenosine-5'-ethylphosphate 著者: Xu, Z. / Schnicker, N.J. / Jezeski, A.J. / Krysan, D.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 389.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 249.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 51.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 78.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 45309MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 77475.750 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: CNAG_00797 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Cryptococcus neoformans H99 Acetyl-CoA Synthetase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.238 MDa / 実験値: YES | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 10 mM Tris pH7.5, 150 mM NaCl, 4mM MgCl2 and 10mM DTT | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: TFS GLACIOS |
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電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 250 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 |
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解析
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
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対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.37 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 4519578 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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