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- PDB-9c4g: Cutibacterium acnes 50S ribosomal subunit with Clindamycin bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9c4g
タイトルCutibacterium acnes 50S ribosomal subunit with Clindamycin bound
要素
  • (50S ribosomal protein ...) x 25
  • (Large ribosomal subunit protein ...) x 4
  • 23S rRNA
  • 5S rRNA
キーワードANTIBIOTIC / ribosome / clindamycin / acne
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding ...large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / 50S ribosomal protein L37 helical region / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 ...: / 50S ribosomal protein L37 helical region / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / : / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / : / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L30, bacterial-type / L28p-like / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / : / Large ribosomal subunit protein uL24, C-terminal domain / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L24 / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal protein L3, bacterial/organelle-type / Ribosomal protein L15, bacterial-type / 50S ribosomal protein uL4 / Ribosomal protein L13, bacterial-type / Ribosomal protein L29, conserved site / Ribosomal protein L29 signature. / Ribosomal protein L2 signature. / : / Ribosomal protein L5, N-terminal / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L5, C-terminal / ribosomal L5P family C-terminus / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L5 domain superfamily / Ribosomal protein L2, conserved site / Ribosomal protein L6, alpha-beta domain
類似検索 - ドメイン・相同性
CLINDAMYCIN / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL16 ...CLINDAMYCIN / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein bL17 / 50S ribosomal protein bL37 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL21
類似検索 - 構成要素
生物種Cutibacterium acnes (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.53 Å
データ登録者Lomakin, I.B. / Devarkar, S.C. / Bunick, C.G.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Ortho Dermatologics カナダ
引用ジャーナル: J Invest Dermatol / 年: 2024
タイトル: Mechanistic Basis for the Translation Inhibition of Cutibacterium acnes by Clindamycin.
著者: Ivan B Lomakin / Swapnil C Devarkar / Ayman Grada / Christopher G Bunick /
要旨: Inflammation and the Gram-positive anaerobic bacterium Cutibacterium acnes, which is implicated in acne pathogenesis and pilosebaceous-unit inflammation, are the main targets of antibiotic-based ...Inflammation and the Gram-positive anaerobic bacterium Cutibacterium acnes, which is implicated in acne pathogenesis and pilosebaceous-unit inflammation, are the main targets of antibiotic-based therapy against acne vulgaris (acne). The most widely used antibiotics in acne therapy are tetracyclines, macrolides, and lincosamides. Unfortunately, C. acnes bacteria over the past several decades have demonstrated increased resistance to these antibiotics, particularly to clindamycin. The precise knowledge of how antibiotics interact with their clinical target is needed to overcome this problem. Toward this goal, we determined the structure of clindamycin in complex with the ribosome of C. acnes at 2.53 Å resolution using cryogenic electron microscopy. The galactose sugar moiety of clindamycin interacts with nucleotides of the 23S ribosomal RNA directly or through a conserved network of water-mediated interactions. Its propyl pyrrolidinyl group interacts with the 23S ribosomal RNA through van der Waals forces. Clindamycin binding to the C. acnes ribosome interferes with both: proper orientation of the aminoacyl group of the A-site bound transfer RNA that is needed for peptide bond formation and with the extension of the nascent peptide. Our data are important for advancing the understanding of antibiotic resistance and development of narrow-spectrum antibacterial drugs, which is an urgent need for contemporary antibiotic stewardship.
履歴
登録2024年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年8月21日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年8月21日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02024年8月21日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年8月21日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年8月21日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _em_admin.last_update
改定 1.32025年3月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag ..._chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.value_order / _em_admin.last_update
改定 1.12025年3月19日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Group: Experimental summary / Data content type: EM metadata / カテゴリ: em_admin / Data content type: EM metadata / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
c: 50S ribosomal protein L2
d: 50S ribosomal protein L3
e: 50S ribosomal protein L4
f: 50S ribosomal protein L5
g: 50S ribosomal protein L6
i: 50S ribosomal protein L13
j: 50S ribosomal protein L14
k: 50S ribosomal protein L15
l: 50S ribosomal protein L16
m: Large ribosomal subunit protein bL17
n: 50S ribosomal protein L18
o: 50S ribosomal protein L19
p: 50S ribosomal protein L20
q: Large ribosomal subunit protein bL21
r: 50S ribosomal protein L22
s: 50S ribosomal protein L23
t: Large ribosomal subunit protein uL24
u: 50S ribosomal protein L25
v: 50S ribosomal protein L27
w: 50S ribosomal protein L28
x: 50S ribosomal protein L29
y: 50S ribosomal protein L30
z: 50S ribosomal protein L32
0: 50S ribosomal protein L33
1: 50S ribosomal protein L34
2: Large ribosomal subunit protein bL35
4: 50S ribosomal protein L31
a: 23S rRNA
b: 5S rRNA
V: 50S ribosomal protein bL37
3: 50S ribosomal protein L36
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,448,522283
ポリマ－1,441,83231
非ポリマー6,690252
水2,810156
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

+
50S ribosomal protein ... , 25種, 25分子 cdefgijklnoprsuvwxyz014V3

#1: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 30309.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7JMV5
#2: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 23553.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1G9KW65
#3: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 32342.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7I5M5
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 23901.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A3E2DDM1
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 19868.811 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7I5S3
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 16325.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7I6I7
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13503.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7JMZ8
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 15542.903 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7IUA0
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 15700.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7I5M8
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 13727.841 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7JN02
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 13106.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2C6LKT3
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13988.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7I6V3
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 16729.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7ITY5
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 11349.220 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2C6LEQ5
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / General stress protein CTC


分子量: 22349.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7IYF8
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 9540.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7IGT1
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 6953.212 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7I7B7
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 8899.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7JB12
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 6932.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7I5Y4
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6991.128 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7I771
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L33


分子量: 6725.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2C6LJM0
#25: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 5185.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7IDI8
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L31


分子量: 7731.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7JUW7
#30: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein bL37


分子量: 2744.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A9Y2YAG1
#31: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36


分子量: 4386.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2B7JN22

-
Large ribosomal subunit protein ... , 4種, 4分子 mqt2

#10: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL17


分子量: 20058.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A8B2VJI7
#14: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL21 / 50S ribosomal protein L21


分子量: 11087.788 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: Q6A9I3
#17: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL24 / 50S ribosomal protein L24


分子量: 13514.626 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: loop 49-62 is not modeled, no EM density for it / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: Q6A6N7
#26: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL35 / 50S ribosomal protein L35


分子量: 7457.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: UniProt: Q6A7V2

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 ab

#28: RNA鎖 23S rRNA


分子量: 1002554.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: GenBank: CP012350
#29: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38770.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cutibacterium acnes (バクテリア) / 参照: GenBank: 2179609306

-
非ポリマー , 4種, 408分子

#32: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#33: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#34: 化合物 ChemComp-CLY / CLINDAMYCIN


分子量: 424.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H33ClN2O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 抗生剤*YM
#35: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 50S subunit with Clindamycin bound / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#31 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 1.8 sec. / 電子線照射量: 38.58 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21_5207: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2674133
3次元再構成解像度: 2.53 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 283291 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00498834
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.608148524
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d23.21448981
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0418984
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0057597

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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