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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9c4g | ||||||
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タイトル | Cutibacterium acnes 50S ribosomal subunit with Clindamycin bound | ||||||
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![]() | ANTIBIOTIC / ribosome / clindamycin / acne | ||||||
機能・相同性 | ![]() large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome ...large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.53 Å | ||||||
![]() | Lomakin, I.B. / Devarkar, S.C. / Bunick, C.G. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Mechanistic basis for the translation inhibition of Cutibacterium acnes by Clindamycin. 著者: Ivan B Lomakin / Swapnil C Devarkar / Ayman Grada / Christopher G Bunick / ![]() 要旨: Inflammation and the Gram-positive anaerobic bacterium Cutibacterium acnes, which is implicated in acne pathogenesis and pilosebaceous unit inflammation, are the main targets of antibiotic-based ...Inflammation and the Gram-positive anaerobic bacterium Cutibacterium acnes, which is implicated in acne pathogenesis and pilosebaceous unit inflammation, are the main targets of antibiotic-based therapy against acne vulgaris (acne). The most widely used antibiotics in acne therapy are tetracyclines, macrolides, and lincosamides. Unfortunately, C. acnes bacteria over the past several decades have demonstrated increased resistance to these antibiotics, particularly to clindamycin. The precise knowledge of how antibiotics interact with their clinical target is needed to overcome this problem. Toward this goal, we determined the structure of clindamycin in complex with the ribosome of Cutibacterium acnes at 2.53 Å resolution using cryogenic electron microscopy. The galactose sugar moiety of clindamycin interacts with nucleotides of the 23S rRNA directly or through a conserved network of water-mediated interactions. Its propyl pyrrolidinyl group interacts with the 23S rRNA through van der Waals forces. Clindamycin binding to the Cutibacterium acnes ribosome interferes with both: proper orientation of the aminoacyl group of the A-site bound tRNA that is needed for peptide bond formation and with the extension of the nascent peptide. Our data are important for advancing understanding of antibiotic resistance and development of narrow- spectrum antibacterial drugs, which is an urgent need for contemporary antibiotic stewardship. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 2.3 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 45185MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
+50S ribosomal protein ... , 25種, 25分子 cdefgijklnoprsuvwxyz014V3
-Large ribosomal subunit protein ... , 4種, 4分子 mqt2
#10: タンパク質 | 分子量: 20058.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#14: タンパク質 | 分子量: 11087.788 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#17: タンパク質 | 分子量: 13514.626 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: loop 49-62 is not modeled, no EM density for it / 由来: (天然) ![]() |
#26: タンパク質 | 分子量: 7457.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-RNA鎖 , 2種, 2分子 ab
#28: RNA鎖 | 分子量: 1002554.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#29: RNA鎖 | 分子量: 38770.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-非ポリマー , 4種, 408分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/CLY.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/CLY.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#32: 化合物 | ChemComp-MG / #33: 化合物 | ChemComp-ZN / #34: 化合物 | ChemComp-CLY / | #35: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: 50S subunit with Clindamycin bound / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#31 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
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電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: TFS GLACIOS |
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電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 1.8 sec. / 電子線照射量: 38.58 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.21_5207: / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2674133 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.53 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 283291 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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