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万見
- PDB-9byq: Two-subunit asymmetric unit of Epstein-Barr virus annealase BALF2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9byq
タイトルTwo-subunit asymmetric unit of Epstein-Barr virus annealase BALF2 ssDNA-annealing complex
要素
  • DNA(5'-D(*AP*GP*CP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
  • DNA(5'-D(*GP*CP*AP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*CP*CP*C)-3')
  • Major DNA-binding protein
キーワードRECOMBINATION / Recombinase / annealase / SSB / Filament / Homologous Recombination
機能・相同性
機能・相同性情報


viral tegument / bidirectional double-stranded viral DNA replication / single-stranded DNA binding / DNA replication / host cell nucleus
類似検索 - 分子機能
Viral ssDNA-binding protein / DBP-like superfamily / Viral ssDNA binding protein, head domain / ssDNA binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Major DNA-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種human gammaherpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Nicholls, J. / Tolun, G. / Brewster, J.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)GNT1184012 オーストラリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural determination of BALF2 annealing intermediate reveals the mechanism through which DNA annealing occurs
著者: Nicholls, J. / Brewster, J. / Tolun, G.
履歴
登録2024年5月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月11日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月11日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月11日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月11日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月11日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月11日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月11日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major DNA-binding protein
C: DNA(5'-D(*GP*CP*AP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*CP*CP*C)-3')
B: Major DNA-binding protein
F: DNA(5'-D(*AP*GP*CP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
D: Major DNA-binding protein
E: Major DNA-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)500,3968
ポリマ－500,2666
非ポリマー1312
水8,557475
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, Cryo-EM + Negative-Staining EM
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
Major DNA-binding protein


分子量: 123247.445 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) human gammaherpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
株: B95-8 / 遺伝子: DBP, BALF2 / プラスミド: bMON14272 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組織 (発現宿主): Ovarian / 参照: UniProt: P03227
#2: DNA鎖 DNA(5'-D(*GP*CP*AP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*CP*CP*C)-3')


分子量: 3632.382 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic oligonucleotide / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA(5'-D(*AP*GP*CP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*TP*TP*T)-3')


分子量: 3643.388 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic oligonucleotide / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 475 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Asymmetric subunit of the BALF2 ssDNA-annealing filament
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: human gammaherpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
株: B95-8
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株: Sf9 / 細胞: Ovarian / プラスミド: bMON14272
緩衝液pH: 9
詳細: Sample incubated for 30 minutes at 37 degrees Celsius and then for 20 hours at 4 degrees Celsius, in the presence of 1.83 uM oligonucleotide
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1100 mMSodium ChlorideNaCl1
26 mMbeta-mercaptoethanolC2H6OS1
310 mMMagnesium ChlorideMgCl21
420 mMTris HydrochlorideC4H12ClNO31
試料濃度: 0.9 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: The sample formed flexible helical assemblies
試料支持詳細: 0.15 mA / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 詳細: Preliminary Grid screening was performed manually
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 65 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 6248
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 15 eV
画像スキャン横: 5760 / 縦: 4092

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC4粒子像選択Blob Picker followed by Template Picker
2EPU3画像取得Used to automate collection
3cryoSPARC4画像取得Used to process images
5cryoSPARC4CTF補正Patch CTF
8ISOLDE1.3モデルフィッティング
10PHENIX1.2.1モデル精密化WinPHENIX
12cryoSPARC4初期オイラー角割当Homogenous Refinement
13cryoSPARC4最終オイラー角割当Local Refinement
14cryoSPARC4分類HeteroRefinement
15cryoSPARC4３次元再構成Local Refinement
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 3311483
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 557352 / アルゴリズム: BACK PROJECTION
詳細: Though C2 symmetry was applied to the map, the actual structure is not C2. This is primarily because of differences in the DNA sequences. The actual DNA sequences bound to each subunit are ...詳細: Though C2 symmetry was applied to the map, the actual structure is not C2. This is primarily because of differences in the DNA sequences. The actual DNA sequences bound to each subunit are different between particles and are lost during particle averaging. Different sequences were built in to the density based on areas of highest complementarity of the substrate.
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
詳細: Initial fitting was done in isolde before refinement in Phenix. Though C2 symmetry was applied to the map, the actual structure is not C2. This is primarily because of differences in the DNA ...詳細: Initial fitting was done in isolde before refinement in Phenix. Though C2 symmetry was applied to the map, the actual structure is not C2. This is primarily because of differences in the DNA sequences. The actual DNA sequences bound to each subunit are different between particles and are lost during particle averaging. Different sequences were built in to the density based on areas of highest complementarity of the substrate.
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0038796
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.52111957
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.611230
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0411321
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051576

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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