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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9bxa | ||||||
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タイトル | Structure of Mnx H340A complex from Bacillus sp. PL-12 | ||||||
要素 |
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キーワード | METAL TRANSPORT / Complex / multicopper oxidase / manganese biomineralization | ||||||
機能・相同性 | Multicopper oxidase, copper-binding site / Multicopper oxidases signature 2. / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxin / copper ion binding / MnxE / MnxF / MnxG 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacillus sp. (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.37 Å | ||||||
データ登録者 | Novikova, I.V. / Evans, J.E. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J Am Chem Soc / 年: 2024 タイトル: Cryo-EM Structure of the Mnx Protein Complex Reveals a Tunnel Framework for the Mechanism of Manganese Biomineralization. 著者: Irina V Novikova / Alexandra V Soldatova / Trevor H Moser / Stephanie M Thibert / Christine A Romano / Mowei Zhou / Bradley M Tebo / James E Evans / Thomas G Spiro / 要旨: The global manganese cycle relies on microbes to oxidize soluble Mn(II) to insoluble Mn(IV) oxides. Some microbes require peroxide or superoxide as oxidants, but others can use O directly, via ...The global manganese cycle relies on microbes to oxidize soluble Mn(II) to insoluble Mn(IV) oxides. Some microbes require peroxide or superoxide as oxidants, but others can use O directly, via multicopper oxidase (MCO) enzymes. One of these, MnxG from strain PL-12, was isolated in tight association with small accessory proteins, MnxE and MnxF. The protein complex, called Mnx, has eluded crystallization efforts, but we now report the 3D structure of a point mutant using cryo-EM single particle analysis, cross-linking mass spectrometry, and AlphaFold Multimer prediction. The β-sheet-rich complex features MnxG enzyme, capped by a heterohexameric ring of alternating MnxE and MnxF subunits, and a tunnel that runs through MnxG and its MnxEF cap. The tunnel dimensions and charges can accommodate the mechanistically inferred binuclear manganese intermediates. Comparison with the Fe(II)-oxidizing MCO, ceruloplasmin, identifies likely coordinating groups for the Mn(II) substrate, at the entrance to the tunnel. Thus, the 3D structure provides a rationale for the established manganese oxidase mechanism, and a platform for further experiments to elucidate mechanistic details of manganese biomineralization. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9bxa.cif.gz | 379.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9bxa.ent.gz | 255.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 9bxa.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 9bxa_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 9bxa_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 9bxa_validation.xml.gz | 59.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 9bxa_validation.cif.gz | 88.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/9bxa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/9bxa | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 45001MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 138340.672 Da / 分子数: 1 / 変異: H340A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus sp. (in: firmicutes) (バクテリア) 遺伝子: mnxG 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A7KBU7 | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 12185.235 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus sp. (in: firmicutes) (バクテリア) 遺伝子: mnxE 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A7KBU5 #3: タンパク質 | 分子量: 12026.734 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus sp. (in: firmicutes) (バクテリア) 遺伝子: mnxF 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A7KBU6 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Mnx H340A complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.21 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Bacillus sp. (in: firmicutes) (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.8 |
試料 | 濃度: 4.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: contains 80mM CHAPSO |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.21.1_5286 / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.37 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 98663 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 187.03 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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