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万見
- PDB-9bkj: Cholecystokinin 1 receptor (CCK1R) Y140A mutant, Gq chimera (mGsq... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bkj
タイトルCholecystokinin 1 receptor (CCK1R) Y140A mutant, Gq chimera (mGsqi) complex
要素
  • (Guanine nucleotide-binding protein ...) x 3
  • Cholecystokinin receptor type A
  • Cholecystokinin-8
キーワードMEMBRANE PROTEIN / cholecystokinin / GPCR / cholesterol / mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


cholecystokinin receptor activity / cholecystokinin signaling pathway / regulation of hormone secretion / neuropeptide receptor activity / neuropeptide hormone activity / peptide hormone receptor binding / eating behavior / peptide hormone binding / PKA activation in glucagon signalling / hair follicle placode formation ...cholecystokinin receptor activity / cholecystokinin signaling pathway / regulation of hormone secretion / neuropeptide receptor activity / neuropeptide hormone activity / peptide hormone receptor binding / eating behavior / peptide hormone binding / PKA activation in glucagon signalling / hair follicle placode formation / mu-type opioid receptor binding / developmental growth / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / intracellular transport / D1 dopamine receptor binding / Adenylate cyclase inhibitory pathway / positive regulation of protein localization to cell cortex / regulation of cAMP-mediated signaling / Hedgehog 'off' state / D2 dopamine receptor binding / G protein-coupled serotonin receptor binding / beta-2 adrenergic receptor binding / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / regulation of mitotic spindle organization / cellular response to forskolin / forebrain development / cellular response to hormone stimulus / digestion / activation of adenylate cyclase activity / adenylate cyclase activator activity / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / Peptide ligand-binding receptors / axonogenesis / trans-Golgi network membrane / Regulation of insulin secretion / G protein-coupled receptor binding / peptide binding / ionotropic glutamate receptor binding / insulin-like growth factor receptor binding / neuron migration / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / Olfactory Signaling Pathway / bone development / Activation of the phototransduction cascade / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G-protein activation / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / hormone activity / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / cognition / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / response to peptide hormone / photoreceptor disc membrane / platelet aggregation / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Glucagon-type ligand receptors / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / sensory perception of taste / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / cellular response to prostaglandin E stimulus / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / GDP binding / G-protein beta-subunit binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / sensory perception of smell / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / GTPase binding / retina development in camera-type eye / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Ca2+ pathway / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cell cortex / midbody / G alpha (i) signalling events / fibroblast proliferation / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / cell population proliferation
類似検索 - 分子機能
Cholecystokinin-like / Gastrin/cholecystokinin peptide hormone / Gastrin/cholecystokinin, conserved site / Gastrin/cholecystokinin family / Gastrin / cholecystokinin family signature. / gastrin / cholecystokinin / caerulein family / Cholecystokinin receptor type A / Cholecystokinin A receptor, N-terminal / Cholecystokinin A receptor, N-terminal domain superfamily / Cholecystokinin A receptor, N-terminal ...Cholecystokinin-like / Gastrin/cholecystokinin peptide hormone / Gastrin/cholecystokinin, conserved site / Gastrin/cholecystokinin family / Gastrin / cholecystokinin family signature. / gastrin / cholecystokinin / caerulein family / Cholecystokinin receptor type A / Cholecystokinin A receptor, N-terminal / Cholecystokinin A receptor, N-terminal domain superfamily / Cholecystokinin A receptor, N-terminal / Cholecystokinin receptor / G-protein alpha subunit, group S / G-protein alpha subunit, group I / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / GGL domain / G-protein gamma-like domain superfamily / G-protein gamma-like domain / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
AMINO GROUP / Cholecystokinin / Cholecystokinin receptor type A / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short / Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Cary, B.P. / Harikumar, K.G. / Zhao, P. / Desai, A.J. / Mobbs, J.M. / Toufaily, C. / Furness, S.G.B. / Christopoulos, A. / Belousoff, M.J. / Wootten, D. ...Cary, B.P. / Harikumar, K.G. / Zhao, P. / Desai, A.J. / Mobbs, J.M. / Toufaily, C. / Furness, S.G.B. / Christopoulos, A. / Belousoff, M.J. / Wootten, D. / Sexton, P.M. / Miller, L.J.
資金援助 米国, オーストラリア, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM141003 米国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1154434 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1155302 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)FT180100543 オーストラリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cholesterol-dependent dynamic changes in the conformation of the type 1 cholecystokinin receptor affect ligand binding and G protein coupling
著者: Harikumar, K.G. / Zhao, P. / Cary, B.P. / Xu, X. / Desai, A.J. / Mobbs, J.I. / Toufaily, C. / Furness, S.G.B. / Christopoulos, A. / Belousoff, M.J. / Wootten, D. / Sexton, P.M. / Miller, L.J.
履歴
登録2024年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
G: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
P: Cholecystokinin-8
R: Cholecystokinin receptor type A
A: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1,Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,7576
ポリマ－121,7415
非ポリマー161
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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Guanine nucleotide-binding protein ... , 3種, 3分子 BGA

#1: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Transducin beta chain 1


分子量: 37413.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNB1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P62873
#2: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / G gamma-I


分子量: 6375.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNG2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P59768
#5: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1,Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short / Adenylate cyclase-inhibiting G alpha protein / Adenylate cyclase-stimulating G alpha protein


分子量: 29144.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1,Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short,with certain residues mutated to match Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNAI1, GNAS, GNAS1, GSP / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P63096, UniProt: P63092

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タンパク質・ペプチド / タンパク質 / 非ポリマー , 3種, 3分子 PR

#3: タンパク質・ペプチド Cholecystokinin-8 / CCK8


分子量: 1144.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P06307
#4: タンパク質 Cholecystokinin receptor type A / CCK-A receptor / CCK-AR / Cholecystokinin-1 receptor / CCK1-R


分子量: 47662.770 Da / 分子数: 1 / Mutation: Y140A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCKAR, CCKRA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P32238
#6: 化合物 ChemComp-NH2 / AMINO GROUP / アンモニア


分子量: 16.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NH2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex of CCK1R (Y140A mutant) bound to miniGs (Gq, Gi chimera), G-beta1, G-gamma-2 and CCK8s.
タイプ: COMPLEX
詳細: Single-chain fragment variable 16 (ScFv16) was included in the complex but left unmodeled.
Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.150 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 20 mA, negative polarity / グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5884

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1crYOLO1.7.6粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFIND4.1.4CTF補正
9cryoSPARC4.1.2初期オイラー角割当
10cryoSPARC4.1.2最終オイラー角割当
12cryoSPARC4.1.2３次元再構成
13PHENIX1.19モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 3580372
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.59 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 279231 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築PDB-ID: 7MBY

7mby


Accession code: 7MBY / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0066976
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.0439477
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.533954
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0561116
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0071188

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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