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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9b0i | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM Structure of Sf9 produced recombinant N-acetyltransferase 10 (NAT10) in complex with cytidine-amide-CoA bisubstrate probe and ADP/Mg2+. | ||||||||||||
要素 | RNA cytidine acetyltransferase | ||||||||||||
キーワード | RNA BINDING PROTEIN / ac4C modification / RNA acetyltransferase | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tRNA wobble cytosine modification / rRNA acetylation involved in maturation of SSU-rRNA / rRNA cytidine N-acetyltransferase activity / tRNA N-acetyltransferase activity / tRNA acetylation / 90S preribosome / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / tRNA binding / nucleolus / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.02 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Zhou, M. / Marmorstein, R. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: bioRxiv / 年: 2024 タイトル: Molecular Basis for RNA Cytidine Acetylation by NAT10. 著者: Mingyang Zhou / Supuni Thalalla Gamage / Khoa A Tran / David Bartee / Xuepeng Wei / Boyu Yin / Shelley Berger / Jordan L Meier / Ronen Marmorstein 要旨: Human NAT10 acetylates the N4 position of cytidine in RNA, predominantly on rRNA and tRNA, to facilitate ribosome biogenesis and protein translation. NAT10 has been proposed as a therapeutic target ...Human NAT10 acetylates the N4 position of cytidine in RNA, predominantly on rRNA and tRNA, to facilitate ribosome biogenesis and protein translation. NAT10 has been proposed as a therapeutic target in cancers as well as aging-associated pathologies such as Hutchinson-Gilford Progeria Syndrome (HGPS). The ∼120 kDa NAT10 protein uses its acetyl-CoA-dependent acetyltransferase, ATP-dependent helicase, and RNA binding domains in concert to mediate RNA-specific N4-cytidine acetylation. While the biochemical activity of NAT10 is well known, the molecular basis for catalysis of eukaryotic RNA acetylation remains relatively undefined. To provide molecular insights into the RNA-specific acetylation by NAT10, we determined the single particle cryo-EM structures of NAT10 ( NAT10) bound to a bisubstrate cytidine-CoA probe with and without ADP. The structures reveal that NAT10 forms a symmetrical heart-shaped dimer with conserved functional domains surrounding the acetyltransferase active sites harboring the cytidine-CoA probe. Structure-based mutagenesis with analysis of mutants supports the catalytic role of two conserved active site residues (His548 and Tyr549 in NAT10), and two basic patches, both proximal and distal to the active site for RNA-specific acetylation. Yeast complementation analyses and senescence assays in human cells also implicates NAT10 catalytic activity in yeast thermoadaptation and cellular senescence. Comparison of the NAT10 structure to protein lysine and N-terminal acetyltransferase enzymes reveals an unusually open active site suggesting that these enzymes have been evolutionarily tailored for RNA recognition and cytidine-specific acetylation. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9b0i.cif.gz | 345.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9b0i.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 9b0i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 9b0i_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 9b0i_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 9b0i_validation.xml.gz | 62 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 9b0i_validation.cif.gz | 90.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/9b0i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/9b0i | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 44042MC 9aymC 9b0eC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 121475.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類) 遺伝子: NAT10, CTHT_0016220 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: G0S273, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | 分子量: 1050.772 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H49N10O22P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Sf9 produced recombinant NAT10 in complex with ADP/Mg2+ and chemically synthetic cytidine-amide-CoA bisubstrate probe タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 244 kDa/nm / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 0.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 280.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 42.9 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.02 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 162769 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 詳細: The unpublished cryo-EM structure in complex with cytidine-amide-CoA bisubstrate probe and ADP Source name: Other / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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