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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9ayc | |||||||||
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タイトル | Tetra-phosphorylated, E1435Q Ycf1 mutant in inward-facing wide conformation | |||||||||
要素 | Metal resistance protein YCF1 | |||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / ABC-transporter / ycf1 / r-domain / phosphorylation / heavy metal | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ABC-type Cd2+ transporter / ABC-type cadmium transporter activity / Recycling of bile acids and salts / Heme degradation / Aspirin ADME / Paracetamol ADME / Atorvastatin ADME / P-type cadmium transporter activity / bilirubin transmembrane transporter activity / bilirubin transport ...ABC-type Cd2+ transporter / ABC-type cadmium transporter activity / Recycling of bile acids and salts / Heme degradation / Aspirin ADME / Paracetamol ADME / Atorvastatin ADME / P-type cadmium transporter activity / bilirubin transmembrane transporter activity / bilirubin transport / ABC-family proteins mediated transport / vacuole fusion, non-autophagic / ABC-type glutathione-S-conjugate transporter / ABC-type glutathione S-conjugate transporter activity / response to metal ion / fungal-type vacuole membrane / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / response to cadmium ion / glutathione metabolic process / cell redox homeostasis / transmembrane transport / membrane raft / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.23 Å | |||||||||
データ登録者 | Carvalho, R.S.A. / Rasel, M.S.I. / Khandelwal, N.K. / Tomasiak, T.M. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of the tetra-phosphorylated R-domain in Ycf1 reveals key interactions for transport regulation 著者: Carvalho, R.S.A. / Rasel, M.S.I. / Khandelwal, N.K. / Tomasiak, T.M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9ayc.cif.gz | 565.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9ayc.ent.gz | 466.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 9ayc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/9ayc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/9ayc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 43985MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 176263.234 Da / 分子数: 1 / 変異: E1435Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: YCF1, YDR135C, YD9302.11C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 参照: UniProt: P39109, ABC-type Cd2+ transporter, ABC-type glutathione-S-conjugate transporter |
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研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Phosphorylated, E1435Q Ycf1 mutant in inward-facing wide conformation タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / 詳細: c-AMP PKA treated E1435Q Ycf1 mutant / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 176462 kDa/nm / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 5.94 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 80 % / 凍結前の試料温度: 283 K 詳細: 5 microliters of sample of concentrated E1435Q (5.94 mg/mL) PKA-treated Ycf1 sample was applied to QF-1.2/1,3 Au grid. Grids were place inside of a Leica EM GP2 equilibrated at 10 degress ...詳細: 5 microliters of sample of concentrated E1435Q (5.94 mg/mL) PKA-treated Ycf1 sample was applied to QF-1.2/1,3 Au grid. Grids were place inside of a Leica EM GP2 equilibrated at 10 degress Celcius amd 80% humidity. Following 10 seconds incubation, the side of the grid to which the sample was applied was blotted on a Whatman 1 paper (3.5 seconds) then immediately plunge frrozen in liquid ethan equilibrated at -185 degree Celcius. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2100 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 900 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 0.9 sec. / 電子線照射量: 54 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8587 詳細: Movies were collected at 22,500X magnification with automated super-resolution mode and defocus range of -0.9 to -2.1 micrometer. Moview frames cotained 60 frames with a per frame expousre of ...詳細: Movies were collected at 22,500X magnification with automated super-resolution mode and defocus range of -0.9 to -2.1 micrometer. Moview frames cotained 60 frames with a per frame expousre of 0.9 electrons per angstrom squared (54 electron/angstrom square total dose) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 4840688 詳細: Manual and auto particle picking and extraction from 8380 curated micropgrahs | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.23 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 68169 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | Accession code: p39109 / Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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