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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9atw | ||||||
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タイトル | Structure of biofilm-forming functional amyloid PSMa1 from Staphylococcus aureus | ||||||
![]() | Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide | ||||||
![]() | STRUCTURAL PROTEIN / functional amyloid fibril / biofilm / bacterial biofilm / phenol soluble modulin alpha1 / PSMa1 | ||||||
機能・相同性 | Phenol-soluble modulin alpha peptide / Phenol-soluble modulin alpha peptide family / killing of cells of another organism / Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||
![]() | Hansen, K.H. / Byeon, C.H. / Liu, Q. / Drace, T. / Boesen, T. / Conway, J.F. / Andreasen, M. / Akbey, U. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() 年: 2024 タイトル: Structure of biofilm-forming functional amyloid PSMa1 from Staphylococcus aureus 著者: Hansen, K.H. / Byeon, C.H. / Liu, Q. / Drace, T. / Boesen, T. / Conway, J.F. / Andreasen, M. / Akbey, U. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 432.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 37.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 61.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 43835MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2262.817 Da / 分子数: 64 / 断片: UNP residues 1-21 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() ![]() 参照: UniProt: A9JX05 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Phenol Soluble Modulin alpha1 (PSMAlpha1) (PSMa1) / タイプ: COMPLEX 詳細: Biofilm forming functional amyloid from Staphylococcus aureus PSMa1 is produced by peptide-synthesis Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.8 / 詳細: water |
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: 3 microL of PSMa1 (0.5 mg/mL) was applied to grids Blotted for 6s |
試料支持 | 詳細: C-Flat R2/2 Cu 300 mesh holey carbon grids (Protochips) were glow discharged for 45 s at 15 mA using a Quorum GloQube Plus グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 99 % / 凍結前の試料温度: 277 K 詳細: plunge-frozen in liquid ethane using a Vitrobot Mark IV plunge freezer with a blot force of zero at 4C and 99% humidity. |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 1.5 sec. / 電子線照射量: 63 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3002 詳細: A total of 3,002 movies of the PSMa1 sample were collected |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: -3.578 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4.95 Å / らせん対称軸の対称性: C2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 100 詳細: The overall resolution estimated by CryoSPARC was 3.51A according to the gold standard Fourier shell correlation cutoff at 0.143. The final map was sharpened by using DeepEMhancer 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 50 / プロトコル: FLEXIBLE FIT |