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- PDB-9atw: Structure of biofilm-forming functional amyloid PSMa1 from Staphy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9atw
タイトルStructure of biofilm-forming functional amyloid PSMa1 from Staphylococcus aureus
要素Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / functional amyloid fibril / biofilm / bacterial biofilm / phenol soluble modulin alpha1 / PSMa1
機能・相同性Phenol-soluble modulin alpha peptide / Phenol-soluble modulin alpha peptide family / killing of cells of another organism / Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Hansen, K.H. / Byeon, C.H. / Liu, Q. / Drace, T. / Boesen, T. / Conway, J.F. / Andreasen, M. / Akbey, U.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
年: 2024
タイトル: Structure of biofilm-forming functional amyloid PSMa1 from Staphylococcus aureus
著者: Hansen, K.H. / Byeon, C.H. / Liu, Q. / Drace, T. / Boesen, T. / Conway, J.F. / Andreasen, M. / Akbey, U.
履歴
登録2024年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年8月14日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: em_admin / struct_sheet ...em_admin / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AU: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
AV: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
AW: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
AX: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
AY: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
AZ: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
Aa: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
Ab: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
Ac: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
Ad: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
Ae: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
Af: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
Ag: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
Ah: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
Ai: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
Aj: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
Ak: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
Al: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
Am: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
An: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
Ao: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
Ap: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
Aq: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
Ar: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
As: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
At: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
Au: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
Av: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
Aw: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
Ax: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
Ay: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
Az: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
A1: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
A2: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
A3: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
A4: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
A5: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
A6: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
A7: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
A8: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
A9: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
A0: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
BA: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
BB: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
BC: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
BD: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
BE: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
BF: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
BG: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
BH: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
BI: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
BJ: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
BK: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
BL: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
BM: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
BN: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
BO: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
BP: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
BQ: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
BR: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
BS: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
BT: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
BU: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide
BV: Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,82064
ポリマ－144,82064
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質・ペプチド ...
Phenol-soluble modulin alpha 1 peptide


分子量: 2262.817 Da / 分子数: 64 / 断片: UNP residues 1-21 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A9JX05

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Phenol Soluble Modulin alpha1 (PSMAlpha1) (PSMa1) / タイプ: COMPLEX
詳細: Biofilm forming functional amyloid from Staphylococcus aureus PSMa1 is produced by peptide-synthesis
Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
緩衝液pH: 7.8 / 詳細: water
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: 3 microL of PSMa1 (0.5 mg/mL) was applied to grids Blotted for 6s
試料支持詳細: C-Flat R2/2 Cu 300 mesh holey carbon grids (Protochips) were glow discharged for 45 s at 15 mA using a Quorum GloQube Plus
グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 99 % / 凍結前の試料温度: 277 K
詳細: plunge-frozen in liquid ethane using a Vitrobot Mark IV plunge freezer with a blot force of zero at 4C and 99% humidity.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1.5 sec. / 電子線照射量: 63 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3002
詳細: A total of 3,002 movies of the PSMa1 sample were collected
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPUv2.7画像取得
4cryoSPARC4.1CTF補正
7UCSF ChimeraX1.8モデルフィッティング
9cryoSPARC4.1初期オイラー角割当
10cryoSPARC4.1最終オイラー角割当
11cryoSPARC4.1分類
12cryoSPARC4.1３次元再構成
13PHENIX1.2モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: -3.578 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4.95 Å / らせん対称軸の対称性: C2
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 100
詳細: The overall resolution estimated by CryoSPARC was 3.51A according to the gold standard Fourier shell correlation cutoff at 0.143. The final map was sharpened by using DeepEMhancer
対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築B value: 50 / プロトコル: FLEXIBLE FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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