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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8zyd | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of uropathogenic Escherichia coli CysK:CdiA:tRNA complex B | |||||||||
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![]() | TOXIN / RNase / Complex / Contact-dependent growth inhibition | |||||||||
機能・相同性 | ![]() tRNA-specific ribonuclease activity / cystathionine beta-synthase activity / cysteine synthase / cysteine synthase activity / other organism cell membrane / L-cysteine desulfhydrase activity / cysteine biosynthetic process from serine / RNA endonuclease activity / toxin activity / host cell cytoplasm ...tRNA-specific ribonuclease activity / cystathionine beta-synthase activity / cysteine synthase / cysteine synthase activity / other organism cell membrane / L-cysteine desulfhydrase activity / cysteine biosynthetic process from serine / RNA endonuclease activity / toxin activity / host cell cytoplasm / tRNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / extracellular region / membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.04 Å | |||||||||
![]() | Feng, Z. / Yashiro, Y. / Tomita, K. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Mechanism of activation of contact-dependent growth inhibition tRNase toxin by the amino acid biogenesis factor CysK in the bacterial competition system. 著者: Feng, Z. / Yashiro, Y. / Tomita, K. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 173.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 129.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 60562MC ![]() 8zycC C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34756.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | | 分子量: 25181.250 Da / 分子数: 1 / Mutation: H178A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q0T963, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 #3: RNA鎖 | | 分子量: 25000.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #4: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: CysK in complex with CdiA-CT and tRNA. / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.11 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7 詳細: 25mM Tris-HCl,50mM NaCl,2mM MgCl2, 10mM 2-mercaptoethanol | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 1.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7044 |
画像スキャン | 横: 4092 / 縦: 5760 |
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解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 4707496 | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 103127 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5J43 Accession code: 5J43 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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