PDB-8zwb: 1.8 A resolution structure of the Photosystem I assembly intermed...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8zwb

タイトル

1.8 A resolution structure of the Photosystem I assembly intermediate lacking stromal subunits.

要素

(Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ...) x 2
(Photosystem I reaction center subunit ...) x 5

キーワード

PHOTOSYNTHESIS / PSI / assembly intermediates / photosystem I / biochemistry / cryo-EM / photosystem biogenesis.

機能・相同性

機能・相同性情報

photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechocystis (バクテリア)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.83 Å

データ登録者

Naschberger, A. / Komenda, J.

資金援助

チェコ, European Union, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: 1.8 A resolution structure of the Photosystem I assembly intermediate lacking stromal subunits
著者: Charras, Q. / Gupta, S. / Tichy, M. / Al-Amoudi, A. / Lukes, M. / Konik, P. / Sobotka, R. / Novak, P. / Komenda, J. / Naschberger, A.

履歴

登録	2024年6月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年6月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年6月18日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年6月18日	Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年6月18日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年6月18日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年6月18日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年6月18日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年6月18日	Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年6月18日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8zwb.cif.gz	1004.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8zwb.ent.gz	899.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8zwb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8zwb_validation.pdf.gz	7.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8zwb_full_validation.pdf.gz	7.5 MB	表示
XML形式データ	8zwb_validation.xml.gz	76.8 KB	表示
CIF形式データ	8zwb_validation.cif.gz	111.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/8zwb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/8zwb	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	60522MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (39) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (32) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (31) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (3) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

F: Photosystem I reaction center subunit III

I: Photosystem I reaction center subunit VIII

J: Photosystem I reaction center subunit IX

K: Photosystem I reaction center subunit PsaK 1

M: Photosystem I reaction center subunit XII

ヘテロ分子

316 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

-
Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / PsaA 分子量: 83036.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Synechocystis (バクテリア) / 参照: UniProt: P29254, photosystem I
#2: タンパク質	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / PsaB 分子量: 81369.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Synechocystis (バクテリア) / 参照: UniProt: P29255, photosystem I

-
Photosystem I reaction center subunit ... , 5種, 5分子 FIJKM

#3: タンパク質	Photosystem I reaction center subunit III / PSI-F 分子量: 18267.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Synechocystis (バクテリア) / 参照: UniProt: P29256
#4: タンパク質・ペプチド	Photosystem I reaction center subunit VIII 分子量: 4414.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Synechocystis (バクテリア) / 参照: UniProt: Q55330
#5: タンパク質・ペプチド	Photosystem I reaction center subunit IX 分子量: 4535.415 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Synechocystis (バクテリア) / 参照: UniProt: Q55329
#6: タンパク質	Photosystem I reaction center subunit PsaK 1 / Photosystem I subunit X 1 分子量: 8649.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Synechocystis (バクテリア) / 参照: UniProt: P72712
#7: タンパク質・ペプチド	Photosystem I reaction center subunit XII / PSI-M 分子量: 3382.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Synechocystis (バクテリア) / 参照: UniProt: P72986

-
糖 , 1種, 26分子

#15: 糖	... ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシドタイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₆O₁₁ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 11種, 477分子

#8: 化合物	ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル分子量: 722.970 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₈H₇₅O₁₀P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#9: 化合物	ChemComp-CL0 / CHLOROPHYLL A ISOMER 分子量: 893.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₅H₇₂MgN₄O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物	... ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A 分子量: 893.489 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₅H₇₂MgN₄O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物	ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン分子量: 450.696 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₁H₄₆O₂
#12: 化合物	ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン分子量: 536.873 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₀H₅₆
#13: 化合物	ChemComp-ECH / beta,beta-caroten-4-one / echinenone / (9′Z)-β-エキネノン分子量: 550.856 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₀H₅₄O
#14: 化合物	ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE 分子量: 787.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₅H₈₆O₁₀ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#16: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#17: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#18: 化合物	ChemComp-5X6 / Zeaxanthin / (1R)-4-[(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4R)-4-hydroxy-2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl]-3,7,12,16-tetramethyloctadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenyl]-3,5,5-trimethylcyclohex-3-en-1-ol 分子量: 568.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₀H₅₆O₂
#19: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 355 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: Assembly Intermediate of Photosystem I lacking the cytosolic subunits PsaC, PsaD, and PsaE and the transmembrane subunit PsaL. タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#7 / 由来: NATURAL
分子量	実験値: NO
由来(天然)	生物種: Synechocystis (バクテリア)
緩衝液	pH: 7.5
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持	詳細: 30mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結	装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 1900 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影	電子線照射量: 1 e/Å² フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア	名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成	解像度: 1.83 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 333941 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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