PDB-8zpi: The cryoEM structure of a daminobutyrate--2-oxoglutarate transami...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8zpi

タイトル

The cryoEM structure of a daminobutyrate--2-oxoglutarate transaminase EctB

要素

Diaminobutyrate-2-oxoglutarate transaminase

キーワード

TRANSFERASE / daminobutyrate--2-oxoglutarate transaminase

機能・相同性

機能・相同性情報

diaminobutyrate-2-oxoglutarate transaminase / diaminobutyrate-2-oxoglutarate transaminase activity / aromatic-L-amino-acid decarboxylase activity / carboxylic acid metabolic process / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Parageobacillus caldoxylosilyticus (バクテリア)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.12 Å

データ登録者

Jiang, W.X. / Cheng, X.Q. / Ma, L.X. / Xing, Q.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The cryoEM structure of a daminobutyrate--2-oxoglutarate transaminase EctB
著者: Jiang, W.X. / Cheng, X.Q. / Ma, L.X. / Xing, Q.

履歴

登録	2024年5月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年6月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年6月4日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年6月4日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年6月4日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年6月4日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年6月4日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年6月4日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8zpi.cif.gz	179.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8zpi.ent.gz	137.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8zpi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8zpi_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8zpi_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	8zpi_validation.xml.gz	48.3 KB	表示
CIF形式データ	8zpi_validation.cif.gz	69.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/8zpi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/8zpi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	60345MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Diaminobutyrate-2-oxoglutarate transaminase

B: Diaminobutyrate-2-oxoglutarate transaminase

ヘテロ分子

109 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Diaminobutyrate-2-oxoglutarate transaminase 分子量: 54218.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Parageobacillus caldoxylosilyticus (バクテリア) 遺伝子: B4119_1990 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A150LFB8, diaminobutyrate-2-oxoglutarate transaminase
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Cyclodipeptide oxidase Complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)	生物種: Actinomadura oligospora ATCC 43269 (バクテリア)
由来(組換発現)	生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液	pH: 7.2
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズ	モード: OTHER / 最大デフォーカス（公称値）: 2300 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影	電子線照射量: 35 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

CTF補正

タイプ: NONE

3次元再構成

解像度: 3.12 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 50339 / 対称性のタイプ: POINT

精密化

交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.03 Å²

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.0027	7800
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.3926	10565
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.0368	1194
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.0051	1362
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	3.861	1032

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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