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- PDB-8zom: Cryo-EM structure of pyraclostrobin-bound Arachis hypogaea bc1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zom
タイトルCryo-EM structure of pyraclostrobin-bound Arachis hypogaea bc1 complex
要素
  • (Cytochrome b-c1 complex subunit ...) x 4
  • (Mitochondrial-processing peptidase subunit ...) x 2
  • Complex III subunit 9
  • Cytochrome b
  • Cytochrome c domain-containing protein
  • Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 6.7 kDa protein
キーワードPLANT PROTEIN / Plant complex / mitochondria / pyraclostrobin
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial processing peptidase / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix ...mitochondrial processing peptidase / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / heme binding / proteolysis / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Probable transposase, Ptta/En/Spm, plant / Plant transposase (Ptta/En/Spm family) / Cytochrome b-c1 complex subunit 8, plants / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain ...Probable transposase, Ptta/En/Spm, plant / Plant transposase (Ptta/En/Spm family) / Cytochrome b-c1 complex subunit 8, plants / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / : / Cytochrome b / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / : / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / : / CARDIOLIPIN / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 6.7 kDa protein / Cytochrome b-c1 complex subunit 6 / Cytochrome c domain-containing protein ...1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / : / CARDIOLIPIN / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 6.7 kDa protein / Cytochrome b-c1 complex subunit 6 / Cytochrome c domain-containing protein / mitochondrial processing peptidase / Complex III subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Complex III subunit II / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b
類似検索 - 構成要素
生物種Arachis hypogaea (トウジンマメ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Cui, G.R. / Wang, Y.X. / Yang, G.F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of pyraclostrobin-bound Arachis hypogaea bc1 complex
著者: Cui, G.R. / Wang, Y.X. / Yang, G.F.
履歴
登録2024年5月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月4日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月4日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月4日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月4日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月4日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月16日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月16日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitochondrial-processing peptidase subunit alpha
B: Mitochondrial-processing peptidase subunit beta
C: Cytochrome b
D: Cytochrome c domain-containing protein
E: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
F: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
G: Cytochrome b-c1 complex subunit 8
H: Cytochrome b-c1 complex subunit 6
J: Complex III subunit 9
K: Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 6.7 kDa protein
M: Mitochondrial-processing peptidase subunit alpha
N: Mitochondrial-processing peptidase subunit beta
O: Cytochrome b
P: Cytochrome c domain-containing protein
Q: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
R: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
S: Cytochrome b-c1 complex subunit 8
T: Cytochrome b-c1 complex subunit 6
V: Complex III subunit 9
W: Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 6.7 kDa protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)495,81651
ポリマ－472,30420
非ポリマー23,51231
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Mitochondrial-processing peptidase subunit ... , 2種, 4分子 AMBN

#1: タンパク質 Mitochondrial-processing peptidase subunit alpha


分子量: 49779.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Arachis hypogaea (トウジンマメ) / 参照: UniProt: A0A445DY18
#2: タンパク質 Mitochondrial-processing peptidase subunit beta


分子量: 54822.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Arachis hypogaea (トウジンマメ) / 参照: UniProt: A0A445CDV5

-
タンパク質 , 3種, 6分子 CODPJV

#3: タンパク質 Cytochrome b


分子量: 43360.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Arachis hypogaea (トウジンマメ) / 参照: UniProt: A0A8F2YUY6
#4: タンパク質 Cytochrome c domain-containing protein / Cytochrome c1-2 / heme protein


分子量: 26894.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Arachis hypogaea (トウジンマメ) / 参照: UniProt: A0A445B1W5
#9: タンパク質 Complex III subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9


分子量: 6867.850 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Arachis hypogaea (トウジンマメ) / 参照: UniProt: A0A445CQN5

-
Cytochrome b-c1 complex subunit ... , 4種, 8分子 EQFRGSHT

#5: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial


分子量: 21779.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Arachis hypogaea (トウジンマメ) / 参照: UniProt: A0A445CTC8, quinol-cytochrome-c reductase
#6: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 7


分子量: 14022.236 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Arachis hypogaea (トウジンマメ) / 参照: UniProt: A0A445CVZ9
#7: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 8


分子量: 8102.475 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Arachis hypogaea (トウジンマメ) / 参照: UniProt: A0A445EVJ9
#8: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 6


分子量: 7448.683 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Arachis hypogaea (トウジンマメ) / 参照: UniProt: A0A444WZ62

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タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 KW

#10: タンパク質・ペプチド Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 6.7 kDa protein


分子量: 3073.544 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Arachis hypogaea (トウジンマメ) / 参照: UniProt: A0A0A6ZDN8

-
非ポリマー , 8種, 31分子

#11: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#12: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#13: 化合物 ChemComp-A1D6K / methyl ~{N}-[2-[[1-(4-chlorophenyl)pyrazol-3-yl]oxymethyl]phenyl]-~{N}-methoxy-carbamate / Pyraclostrobin


分子量: 387.817 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H18ClN3O4
#14: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#15: 化合物
ChemComp-3PE / 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE


分子量: 748.065 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H82NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#16: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#17: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#18: 化合物 ChemComp-PC1 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 790.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H88NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cryo-EM structure of pyraclostrobin-bound Arachis hypogaea bc1 complex
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#10 / 由来: NATURAL
分子量値: 500 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Arachis hypogaea (トウジンマメ)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1600 nm
撮影電子線照射量: 49.48 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.74 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 95092 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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