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万見
- PDB-8zkp: Cryo-EM structure of the efflux transporter MmpL5/MmpS5 from Myco... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zkp
タイトルCryo-EM structure of the efflux transporter MmpL5/MmpS5 from Mycobacterium tuberculosis, C3 symmetry
要素
  • Meromycolate extension acyl carrier protein
  • Siderophore export accessory protein MmpS5
  • Siderophore exporter MmpL5
キーワードMEMBRANE PROTEIN / membrane transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid A biosynthetic process / acyl binding / acyl carrier activity / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transport accessory protein MmpS / Transport accessory protein MmpS, C-terminal / Mycobacterium membrane protein / : / Membrane transport protein MmpL family / : / Membrane transport protein MMPL domain / MMPL family / Acyl carrier protein (ACP) / Phosphopantetheine attachment site ...Transport accessory protein MmpS / Transport accessory protein MmpS, C-terminal / Mycobacterium membrane protein / : / Membrane transport protein MmpL family / : / Membrane transport protein MMPL domain / MMPL family / Acyl carrier protein (ACP) / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain
類似検索 - ドメイン・相同性
CARDIOLIPIN / Chem-PEV / Chem-PN7 / Meromycolate extension acyl carrier protein / Siderophore export accessory protein MmpS5 / Siderophore exporter MmpL5
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Zhang, B. / Xiong, Z. / Rao, Z.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171217 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32394010 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: membrane transporter
著者: Zhang, B. / Xiong, Z. / Rao, Z.
履歴
登録2024年5月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月21日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月21日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月21日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月21日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月21日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月16日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月16日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Siderophore exporter MmpL5
F: Siderophore export accessory protein MmpS5
H: Meromycolate extension acyl carrier protein
B: Siderophore exporter MmpL5
C: Siderophore export accessory protein MmpS5
D: Meromycolate extension acyl carrier protein
E: Siderophore exporter MmpL5
G: Siderophore export accessory protein MmpS5
I: Meromycolate extension acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)406,81924
ポリマ－392,6409
非ポリマー14,17915
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 3種, 9分子 ABEFCGHDI

#1: タンパク質 Siderophore exporter MmpL5


分子量: 104874.656 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
遺伝子: mmpL5, Rv0676c, MTV040.04c
発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: P9WJV1
#2: タンパク質 Siderophore export accessory protein MmpS5


分子量: 15261.456 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
遺伝子: mmpS5, Rv0677c, MTV040.05c
発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: P9WJS7
#3: タンパク質 Meromycolate extension acyl carrier protein / ACP


分子量: 10743.876 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
遺伝子: acpM, MSMEG_4326, MSMEI_4226
発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0R0B3

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非ポリマー , 3種, 15分子

#4: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#5: 化合物
ChemComp-PEV / (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 1-PALMITOYL-2-OLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE


分子量: 720.012 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H78NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: POPE, リン脂質*YM
#6: 化合物 ChemComp-PN7 / N~3~-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-N-(2-sulfanylethyl)-beta-alaninamide


分子量: 358.348 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H23N2O7PS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: membrane complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)83332
31Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)246196
由来(組換発現)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.64 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 83178 / 対称性のタイプ: POINT
精密化立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00521465
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.62528986
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.99912894
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0443372
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0043582

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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