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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8zjf | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human integrin alpha-E beta-7 | ||||||
要素 |
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キーワード | CELL ADHESION / Complex / Cryo-EM | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 immune response in gut-associated lymphoid tissue / cell-matrix adhesion involved in ameboidal cell migration / integrin alpha4-beta7 complex / T cell migration / leukocyte tethering or rolling / heterotypic cell-cell adhesion / integrin complex / cell adhesion mediated by integrin / leukocyte migration / receptor clustering ...immune response in gut-associated lymphoid tissue / cell-matrix adhesion involved in ameboidal cell migration / integrin alpha4-beta7 complex / T cell migration / leukocyte tethering or rolling / heterotypic cell-cell adhesion / integrin complex / cell adhesion mediated by integrin / leukocyte migration / receptor clustering / Integrin cell surface interactions / cell adhesion molecule binding / substrate adhesion-dependent cell spreading / cell-matrix adhesion / integrin-mediated signaling pathway / cell-cell adhesion / integrin binding / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / virus receptor activity / receptor complex / cell adhesion / external side of plasma membrane / focal adhesion / cell surface / extracellular exosome / membrane / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Akasaka, H. / Nureki, O. / Kise, Y. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochem Biophys Res Commun / 年: 2024 タイトル: Cryo-EM structure of I domain-containing integrin αEβ7. 著者: Hiroaki Akasaka / Dan Sato / Wataru Shihoya / Osamu Nureki / Yoshiaki Kise / 要旨: The integrin family is a transmembrane receptor that plays critical roles in the cell-cell and cell-extracellular matrix adhesion, signal transduction such as cell cycle regulation, organization of ...The integrin family is a transmembrane receptor that plays critical roles in the cell-cell and cell-extracellular matrix adhesion, signal transduction such as cell cycle regulation, organization of the intracellular cytoskeleton, and immune responses. Consequently, dysfunction of integrins is associated with a wide range of human diseases, including cancer and immune diseases, which makes integrins therapeutic targets for drug discovery. Here we report the cryo-EM structure of the human α-I domain-containing full-length integrin αEβ7, which is expressed in the leukocytes of the immune system and a drug target for inflammatory bowel disease (IBD). The structure reveals the half-bent conformation, an intermediate between the close and the open conformation, while the α-I domain responsible for the ligand binding covers the headpiece domain by a unique spatial arrangement. Our results provide the structural information for the drug design targeting IBD. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8zjf.cif.gz | 299.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8zjf.ent.gz | 227.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8zjf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8zjf_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8zjf_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8zjf_validation.xml.gz | 49.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8zjf_validation.cif.gz | 74.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/8zjf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/8zjf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 60143MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 90055.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGB7 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P26010 | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 132436.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGAE / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P38570 | ||
#3: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||
#4: 化合物 | ChemComp-MG / | ||
#5: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: CELL / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Integrin alpha-E beta-7 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50.855 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 300397 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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