PDB-8zhc: pre-frameshift complex of yeast 80S ribosome with eRF1 and mRNA of WNV

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登録情報

データベース: PDB / ID: 8zhc

タイトル

pre-frameshift complex of yeast 80S ribosome with eRF1 and mRNA of WNV

要素

(Large ribosomal subunit protein ...) x 41
(Small ribosomal subunit protein ...) x 33
25S rRNA (3393-MER)
5.8S rRNA (158-MER)
5S rRNA (121-MER)
Eukaryotic peptide chain release factor subunit 1
Peptide 2k
RNA (5'-R(P*GP*AP*CP*CP*CP*UP*UP*AP*AP*C)-3')
chain 2 18S rRNA (1799-MER)
tRNA (77-MER)

キーワード

RIBOSOME / 80S ribosome

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA 5'-cap (guanine-N7)-methylation / RNA stabilization / translation termination factor activity / DNA/DNA annealing activity / translation release factor complex / cytoplasmic translational termination / RNA strand annealing activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of JAK1 activity / regulation of translational termination / RNA folding chaperone ...RNA 5'-cap (guanine-N7)-methylation / RNA stabilization / translation termination factor activity / DNA/DNA annealing activity / translation release factor complex / cytoplasmic translational termination / RNA strand annealing activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of JAK1 activity / regulation of translational termination / RNA folding chaperone / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA,5S) / translation release factor activity, codon specific / protein methylation / translation release factor activity / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / regulation of amino acid metabolic process / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / positive regulation of translational fidelity / sequence-specific mRNA binding / RMTs methylate histone arginines / Protein methylation / mTORC1-mediated signalling / Protein hydroxylation / peptidyl-tRNA hydrolase activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / GDP-dissociation inhibitor activity / regulation of polysaccharide biosynthetic process / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / preribosome, small subunit precursor / nonfunctional rRNA decay / transporter complex / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / response to cycloheximide / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / mRNA destabilization / lipopolysaccharide transport / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of translational frameshifting / Protein hydroxylation / Formation of a pool of free 40S subunits / positive regulation of protein kinase activity / preribosome, large subunit precursor / flavivirin / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translational elongation / Eukaryotic Translation Termination / ribosomal large subunit export from nucleus / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / G-protein alpha-subunit binding / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / 90S preribosome / Ub-specific processing proteases / ribosomal subunit export from nucleus / regulation of translational fidelity / positive regulation of viral genome replication / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / protein-RNA complex assembly / translational termination / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal small subunit export from nucleus / translation regulator activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / cytosolic ribosome / rescue of stalled ribosome / cellular response to amino acid starvation / protein kinase C binding / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosome assembly / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / macroautophagy / translational initiation / small-subunit processome / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / protein-DNA complex / maintenance of translational fidelity / cell outer membrane / cytoplasmic stress granule / rRNA processing / viral capsid / ribosome biogenesis / peptidase activity / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase
類似検索 - 分子機能

Peptide chain release factor eRF1/aRF1 / eRF1, domain 1 / eRF1 domain 2 / eRF1 domain 2 / eRF1 domain 1/Pelota-like / eRF1 domain 3 / eRF1, domain 2 superfamily / eRF1 domain 1 / eRF1 domain 3 / eRF1_1 ...Peptide chain release factor eRF1/aRF1 / eRF1, domain 1 / eRF1 domain 2 / eRF1 domain 2 / eRF1 domain 1/Pelota-like / eRF1 domain 3 / eRF1, domain 2 superfamily / eRF1 domain 1 / eRF1 domain 3 / eRF1_1 / LptD, C-terminal / LPS-assembly protein LptD / : / LPS transport system D / Organic solvent tolerance-like, N-terminal / LptA/(LptD N-terminal domain) LPS transport protein / Group II dsDNA virus coat/capsid protein / : / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Flavivirus non-structural protein NS2B / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Flavivirus capsid protein C superfamily / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / S27a-like superfamily / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L10e / 40S Ribosomal protein S10 / Genome polyprotein, Flavivirus / : / : / Ribosomal protein L44e signature. / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Ribosomal protein S7e signature. / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Ribosomal protein L24e, conserved site / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L19e signature. / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / : / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein L6e signature. / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / :
類似検索 - ドメイン・相同性

: / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS4A / Large ribosomal subunit protein uL15 ...: / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS4A / Large ribosomal subunit protein uL15 / Small ribosomal subunit protein eS17A / Large ribosomal subunit protein eL24A / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein uL30A / Large ribosomal subunit protein uL6A / Large ribosomal subunit protein eL6B / Large ribosomal subunit protein uL22A / Large ribosomal subunit protein uL24A / Large ribosomal subunit protein eL33A / Large ribosomal subunit protein eL36A / Large ribosomal subunit protein eL29 / Large ribosomal subunit protein eL15A / Large ribosomal subunit protein eL22A / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Genome polyprotein / Small ribosomal subunit protein eS19A / Small ribosomal subunit protein eS21A / Small ribosomal subunit protein uS8A / Large ribosomal subunit protein eL27A / Large ribosomal subunit protein eL31A / Ubiquitin-ribosomal protein eL40A fusion protein / Large ribosomal subunit protein eL20A / Large ribosomal subunit protein eL43A / Large ribosomal subunit protein eL42A / Small ribosomal subunit protein uS12A / Small ribosomal subunit protein eS24A / Small ribosomal subunit protein eS30A / Small ribosomal subunit protein eS4A / Small ribosomal subunit protein eS6A / Small ribosomal subunit protein eS8A / Large ribosomal subunit protein uL14A / Large ribosomal subunit protein uL2A / Small ribosomal subunit protein uS17A / Large ribosomal subunit protein eL18A / Small ribosomal subunit protein uS9A / Small ribosomal subunit protein uS13A / Large ribosomal subunit protein eL19A / Large ribosomal subunit protein uL29A / Small ribosomal subunit protein eS32A / Large ribosomal subunit protein uL4A / Putative major capsid protein p72 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein eL8A / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL13A / Small ribosomal subunit protein eS7A / Small ribosomal subunit protein uS2A / Small ribosomal subunit protein eS1A / Small ribosomal subunit protein eS27A / Large ribosomal subunit protein eL14A / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11B / Small ribosomal subunit protein eS26B / Small ribosomal subunit protein uS14A / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Large ribosomal subunit protein eL37A / Large ribosomal subunit protein eL38 / Eukaryotic peptide chain release factor subunit 1 / Large ribosomal subunit protein eL34A / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein eL21A / Small ribosomal subunit protein eS10A / LPS-assembly protein LptD / Large ribosomal subunit protein uL5B / Small ribosomal subunit protein eS25A / Small ribosomal subunit protein eS28A
類似検索 - 構成要素

生物種

Homo sapiens (ヒト)

West Nile virus (西ナイルウイルス)

Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Wu, M. / Yuan, S.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Flexibilities and conservations in the structural basis of viral -1 programmed ribosomal frameshifting
著者: Wu, M. / Wan, X. / Zhou, H. / Yuan, S.

履歴

登録	2024年5月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年5月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年5月21日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年5月21日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年5月21日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年5月21日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年5月21日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

関連構造データ	60098MC 60088C 60091C 60094C 60097C 8zgrC 8zgyC 8zh3C 8zhbC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
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類似性 (310)
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類似性 (78)
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類似性 (2)
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類似性 (1)
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類似性 (1)
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オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (103)
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スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (4)
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Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
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伸長因子 (Elongation Factors)
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アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
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ジカウイルス (Zika Virus)
類似性 (43)
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ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (8)
#132 - 2010年12月
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類似性 (1)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (2)
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MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (3)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (1)
#145 - 2012年1月
伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping)
類似性 (1)

登録構造単位

LA: 25S rRNA (3393-MER)

LB: 5S rRNA (121-MER)

LC: 5.8S rRNA (158-MER)

LD: Large ribosomal subunit protein uL2A

LE: Large ribosomal subunit protein uL3

LF: Large ribosomal subunit protein uL4A

LG: Large ribosomal subunit protein uL18

LH: Large ribosomal subunit protein eL6B

LI: Large ribosomal subunit protein uL30A

LJ: Large ribosomal subunit protein eL8A

LK: Large ribosomal subunit protein uL6A

LL: Large ribosomal subunit protein uL16

LM: Large ribosomal subunit protein uL5B

LN: Large ribosomal subunit protein eL13A

LO: Large ribosomal subunit protein eL14A

LP: Large ribosomal subunit protein eL15A

LQ: Large ribosomal subunit protein uL13A

LR: Large ribosomal subunit protein uL22A

LS: Large ribosomal subunit protein eL18A

LT: Large ribosomal subunit protein eL19A

LU: Large ribosomal subunit protein eL20A

LV: Large ribosomal subunit protein eL21A

LW: Large ribosomal subunit protein eL22A

LX: Large ribosomal subunit protein uL14A

LY: Large ribosomal subunit protein eL24A

LZ: Large ribosomal subunit protein uL23

La: Large ribosomal subunit protein uL24A

Lb: Large ribosomal subunit protein eL27A

Lc: Large ribosomal subunit protein uL15

Ld: Large ribosomal subunit protein eL29

Le: Large ribosomal subunit protein eL30

Lf: Large ribosomal subunit protein eL31A

Lg: Large ribosomal subunit protein eL32

Lh: Large ribosomal subunit protein eL33A

Li: Large ribosomal subunit protein eL34A

Lj: Large ribosomal subunit protein uL29A

Lk: Large ribosomal subunit protein eL36A

Ll: Large ribosomal subunit protein eL37A

Lm: Large ribosomal subunit protein eL38

Ln: Large ribosomal subunit protein eL39

Lo: Large ribosomal subunit protein eL40A

Lp: Large ribosomal subunit protein eL41A

Lq: Large ribosomal subunit protein eL42A

Lr: Large ribosomal subunit protein eL43A

S2: chain 2 18S rRNA (1799-MER)

SA: Small ribosomal subunit protein uS3

SB: Small ribosomal subunit protein uS7

SC: Small ribosomal subunit protein eS10A

SD: Small ribosomal subunit protein eS12

SE: Small ribosomal subunit protein uS19

SF: Small ribosomal subunit protein uS9A

SG: Small ribosomal subunit protein eS17A

SH: Small ribosomal subunit protein uS13A

SI: Small ribosomal subunit protein eS19A

SJ: Small ribosomal subunit protein uS10

SK: Small ribosomal subunit protein eS25A

SL: Small ribosomal subunit protein eS28A

SM: Small ribosomal subunit protein uS14A

SN: Small ribosomal subunit protein eS31

SO: Small ribosomal subunit protein RACK1

SP: Small ribosomal subunit protein uS2A

SQ: Small ribosomal subunit protein eS1A

SR: Small ribosomal subunit protein uS5

SS: Small ribosomal subunit protein eS4A

ST: Small ribosomal subunit protein eS6A

SU: Small ribosomal subunit protein eS7A

SV: Small ribosomal subunit protein eS8A

SW: Small ribosomal subunit protein uS4A

SX: Small ribosomal subunit protein uS17A

SY: Small ribosomal subunit protein uS15

SZ: Small ribosomal subunit protein uS11B

Sa: Small ribosomal subunit protein eS21A

Sb: Small ribosomal subunit protein uS8A

Sc: Small ribosomal subunit protein uS12A

Sd: Small ribosomal subunit protein eS24A

Se: Small ribosomal subunit protein eS26B

Sf: Small ribosomal subunit protein eS27A

Sg: Small ribosomal subunit protein eS30A

Ta: tRNA (77-MER)

eR: Eukaryotic peptide chain release factor subunit 1

mR: RNA (5'-R(P*GP*AP*CP*CP*CP*UP*UP*AP*AP*C)-3')

pp: Peptide 2k

3.11 MDa, 82 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

-
RNA鎖 , 6種, 6分子 LALBLCS2TamR

#1: RNA鎖	25S rRNA (3393-MER) 分子量: 1096497.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: GenBank: 1262303
#2: RNA鎖	5S rRNA (121-MER) 分子量: 38951.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: GenBank: 834774822
#3: RNA鎖	5.8S rRNA (158-MER) 分子量: 50682.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: GenBank: 1531397035
#45: RNA鎖	chain 2 18S rRNA (1799-MER) 分子量: 579432.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: GenBank: 831416138
#79: RNA鎖	tRNA (77-MER) 分子量: 24880.865 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
#81: RNA鎖	RNA (5'-R(PGPAPCPCPCPUPUPAPAPC)-3') 分子量: 7975.765 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) West Nile virus (西ナイルウイルス)

+
Large ribosomal subunit protein ... , 41種, 41分子 LDLELFLGLHLILJLKLLLMLNLOLPLQLRLSLTLULVLWLXLYLZLaLbLcLdLeLfLg...

#4: タンパク質	Large ribosomal subunit protein uL2A / 60S ribosomal protein L2-A / L5 / RP8 / YL6 分子量: 27089.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P0CX45
#5: タンパク質	Large ribosomal subunit protein uL3 / 60S ribosomal protein L3 / Maintenance of killer protein 8 / RP1 / Trichodermin resistance protein / YL1 分子量: 43719.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P14126
#6: タンパク質	Large ribosomal subunit protein uL4A / 60S ribosomal protein L4-A / L2 / RP2 / YL2 分子量: 39027.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P10664
#7: タンパク質	Large ribosomal subunit protein uL18 / 60S ribosomal protein L5 / L1 / L1a / Ribosomal 5S RNA-binding protein / YL3 分子量: 33415.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P26321
#8: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL6B / 60S ribosomal protein L6-B / L17 / RP18 / YL16 分子量: 19893.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P05739
#9: タンパク質	Large ribosomal subunit protein uL30A / 60S ribosomal protein L7-A / L6 / RP11 / YL8 分子量: 25240.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P05737
#10: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL8A / 60S ribosomal protein L8-A / L4 / L4-2 / L7a-1 / Maintenance of killer protein 7 / RP6 / YL5 分子量: 25814.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P17076
#11: タンパク質	Large ribosomal subunit protein uL6A / 60S ribosomal protein L9-A / L8 / RP24 / YL11 分子量: 21605.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P05738
#12: タンパク質	Large ribosomal subunit protein uL16 / 60S ribosomal protein L10 / L9 / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex subunit VI-requiring protein 分子量: 25080.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P41805
#13: タンパク質	Large ribosomal subunit protein uL5B / 60S ribosomal protein L11-B / L16 / RP39 / YL22 分子量: 19266.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: Q3E757
#14: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL13A / 60S ribosomal protein L13-A 分子量: 21885.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: Q12690
#15: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL14A / 60S ribosomal protein L14-A 分子量: 14976.794 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P36105
#16: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL15A / 60S ribosomal protein L15-A / L13 / RP15R / YL10 / YP18 分子量: 24351.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P05748
#17: タンパク質	Large ribosomal subunit protein uL13A / 60S ribosomal protein L16-A / L13a / L21 / RP22 / YL15 分子量: 22028.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P26784
#18: タンパク質	Large ribosomal subunit protein uL22A / 60S ribosomal protein L17-A / L20A / YL17 分子量: 20458.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P05740
#19: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL18A / 60S ribosomal protein L18-A / RP28 分子量: 20478.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P0CX49
#20: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL19A / 60S ribosomal protein L19-A / L23 / RP15L / RP33 / YL14 分子量: 21631.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P0CX82
#21: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL20A / 60S ribosomal protein L20-A / L18a 分子量: 20347.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P0CX23
#22: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL21A / 60S ribosomal protein L21-A 分子量: 18148.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: Q02753
#23: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL22A / 60S ribosomal protein L22-A / L1c / RP4 / YL31 分子量: 11263.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P05749
#24: タンパク質	Large ribosomal subunit protein uL14A / 60S ribosomal protein L23-A / L17a / YL32 分子量: 14362.755 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P0CX41
#25: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL24A / 60S ribosomal protein L24-A / L30 / RP29 / YL21 分子量: 7614.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P04449
#26: タンパク質	Large ribosomal subunit protein uL23 / 60S ribosomal protein L25 / RP16L / YL25 / YP42' 分子量: 13771.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P04456
#27: タンパク質	Large ribosomal subunit protein uL24A / 60S ribosomal protein L26-A / L33 / YL33 分子量: 14005.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P05743
#28: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL27A / 60S ribosomal protein L27-A 分子量: 15437.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P0C2H6
#29: タンパク質	Large ribosomal subunit protein uL15 / 60S ribosomal protein L28 / L27a / L29 / RP44 / RP62 / YL24 分子量: 16630.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P02406
#30: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL29 / 60S ribosomal protein L29 / YL43 分子量: 6560.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P05747
#31: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL30 / 60S ribosomal protein L30 / L32 / RP73 / YL38 分子量: 10487.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P14120
#32: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL31A / 60S ribosomal protein L31-A / L34 / YL28 分子量: 12649.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P0C2H8
#33: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL32 / 60S ribosomal protein L32 分子量: 14478.054 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P38061
#34: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL33A / 60S ribosomal protein L33-A / L37 / RP47 / YL37 分子量: 12045.935 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P05744
#35: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL34A / 60S ribosomal protein L34-A 分子量: 12608.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P87262
#36: タンパク質	Large ribosomal subunit protein uL29A / 60S ribosomal protein L35-A 分子量: 13811.444 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P0CX84
#37: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL36A / 60S ribosomal protein L36-A / L39 / YL39 分子量: 11020.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P05745
#38: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL37A / 60S ribosomal protein L37-A / L43 / YL35 / YP55 分子量: 9229.632 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P49166
#39: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL38 / 60S ribosomal protein L38 分子量: 8714.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P49167
#40: タンパク質・ペプチド	Large ribosomal subunit protein eL39 / 60S ribosomal protein L39 / L46 / YL40 分子量: 6227.444 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P04650
#41: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL40A / 60S ribosomal protein L40-A / CEP52 分子量: 6032.321 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P0CH08
#42: タンパク質・ペプチド	Large ribosomal subunit protein eL41A / 60S ribosomal protein L41-A / L47 / YL41 分子量: 3354.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P0CX86
#43: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL42A / 60S ribosomal protein L42-A / L41 / YL27 / YP44 分子量: 11840.159 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P0CX27
#44: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL43A / 60S ribosomal protein L43-A / L37a / YL35 分子量: 9981.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P0CX25

+
Small ribosomal subunit protein ... , 33種, 33分子 SASBSCSDSESFSGSHSISJSKSLSMSNSOSPSQSRSSSTSUSVSWSXSYSZSaSbScSd...

#46: タンパク質	Small ribosomal subunit protein uS3 / 40S ribosomal protein S3 / RP13 / YS3 分子量: 24702.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P05750
#47: タンパク質	Small ribosomal subunit protein uS7 / 40S ribosomal protein S5 / RP14 / S2 / YS8 分子量: 22908.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P26783
#48: タンパク質	Small ribosomal subunit protein eS10A / 40S ribosomal protein S10-A 分子量: 11042.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: Q08745
#49: タンパク質	Small ribosomal subunit protein eS12 / 40S ribosomal protein S12 分子量: 13327.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P48589
#50: タンパク質	Small ribosomal subunit protein uS19 / 40S ribosomal protein S15 / RIG protein / RP52 / S21 / YS21 分子量: 13265.591 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: Q01855
#51: タンパク質	Small ribosomal subunit protein uS9A / 40S ribosomal protein S16-A / RP61R 分子量: 15659.216 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P0CX51
#52: タンパク質	Small ribosomal subunit protein eS17A / 40S ribosomal protein S17-A / RP51A 分子量: 14268.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P02407
#53: タンパク質	Small ribosomal subunit protein uS13A / 40S ribosomal protein S18-A 分子量: 16940.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P0CX55
#54: タンパク質	Small ribosomal subunit protein eS19A / 40S ribosomal protein S19-A / RP55A / S16a / YP45 / YS16A 分子量: 15810.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P07280
#55: タンパク質	Small ribosomal subunit protein uS10 / 40S ribosomal protein S20 分子量: 11476.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P38701
#56: タンパク質	Small ribosomal subunit protein eS25A / 40S ribosomal protein S25-A / RP45 / S31 / YS23 分子量: 9540.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: Q3E792
#57: タンパク質	Small ribosomal subunit protein eS28A / 40S ribosomal protein S28-A / S33 / YS27 分子量: 7116.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: Q3E7X9
#58: タンパク質	Small ribosomal subunit protein uS14A / 40S ribosomal protein S29-A / S36 / YS29 分子量: 6335.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P41057
#59: タンパク質	Small ribosomal subunit protein eS31 / 40S ribosomal protein S31 / CEP76 / S37 / YS24 分子量: 8388.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P05759
#60: タンパク質	Small ribosomal subunit protein RACK1 / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein / Receptor for activated C kinase / ...Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein / Receptor for activated C kinase / Receptor of activated protein kinase C 1 / RACK1 分子量: 34151.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P38011
#61: タンパク質	Small ribosomal subunit protein uS2A / 40S ribosomal protein S0-A / Nucleic acid-binding protein NAB1A 分子量: 22811.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P32905
#62: タンパク質	Small ribosomal subunit protein eS1A / 40S ribosomal protein S1-A / RP10A 分子量: 26314.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P33442
#63: タンパク質	Small ribosomal subunit protein uS5 / 40S ribosomal protein S2 / Omnipotent suppressor protein SUP44 / RP12 / S4 / YS5 分子量: 23212.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P25443
#64: タンパク質	Small ribosomal subunit protein eS4A / 40S ribosomal protein S4-A / RP5 / S7 / YS6 分子量: 29338.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P0CX35
#65: タンパク質	Small ribosomal subunit protein eS6A / 40S ribosomal protein S6-A / RP9 / S10 / YS4 分子量: 26181.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P0CX37
#66: タンパク質	Small ribosomal subunit protein eS7A / 40S ribosomal protein S7-A / RP30 / RP40 分子量: 21071.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P26786
#67: タンパク質	Small ribosomal subunit protein eS8A / 40S ribosomal protein S8-A / RP19 / S14 / YS9 分子量: 22406.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P0CX39
#68: タンパク質	Small ribosomal subunit protein uS4A / 40S ribosomal protein S9-A / RP21 / S13 / YP28 / YS11 分子量: 21210.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: O13516
#69: タンパク質	Small ribosomal subunit protein uS17A / 40S ribosomal protein S11-A / RP41 / S18 / YS12 分子量: 16588.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P0CX47
#70: タンパク質	Small ribosomal subunit protein uS15 / 40S ribosomal protein S13 / S27a / YS15 分子量: 16928.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P05756
#71: タンパク質	Small ribosomal subunit protein uS11B / 40S ribosomal protein S14-B / RP59B 分子量: 13560.528 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P39516
#72: タンパク質	Small ribosomal subunit protein eS21A / 40S ribosomal protein S21-A / S26 / YS25 分子量: 9758.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P0C0V8
#73: タンパク質	Small ribosomal subunit protein uS8A / 40S ribosomal protein S22-A / RP50 / S24 / YP58 / YS22 分子量: 14518.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P0C0W1
#74: タンパク質	Small ribosomal subunit protein uS12A / 40S ribosomal protein S23-A / RP37 / S28 / YS14 分子量: 15942.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P0CX29
#75: タンパク質	Small ribosomal subunit protein eS24A / 40S ribosomal protein S24-A / RP50 分子量: 15231.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P0CX31
#76: タンパク質	Small ribosomal subunit protein eS26B / 40S ribosomal protein S26-B 分子量: 11022.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P39939
#77: タンパク質	Small ribosomal subunit protein eS27A / 40S ribosomal protein S27-A / RP61 / YS20 分子量: 8762.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P35997
#78: タンパク質	Small ribosomal subunit protein eS30A / 40S ribosomal protein S30-A 分子量: 6479.698 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P0CX33

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 eRpp

#80: タンパク質	Eukaryotic peptide chain release factor subunit 1 / Eukaryotic release factor 1 / eRF1 / Protein Cl1 / TB3-1 分子量: 50224.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ETF1, ERF1, RF1, SUP45L1 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P62495
#82: タンパク質・ペプチド	Peptide 2k 分子量: 3813.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) West Nile virus (西ナイルウイルス) 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P06935

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詳細

Has protein modification	N

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: 80S ribosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)	生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液	pH: 7.5
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡	モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成	解像度: 2.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 460403 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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