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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8zgs | ||||||
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タイトル | Structure of the ige-fc bound to its high affinity receptor fc(epsilon)ri state2 | ||||||
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![]() | MEMBRANE PROTEIN / Complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / IgE receptor activity / Fc-epsilon receptor I complex / Dectin-2 family / serotonin secretion / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / FCERI mediated NF-kB activation / Platelet Adhesion to exposed collagen / GPVI-mediated activation cascade / Cell surface interactions at the vascular wall ...Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / IgE receptor activity / Fc-epsilon receptor I complex / Dectin-2 family / serotonin secretion / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / FCERI mediated NF-kB activation / Platelet Adhesion to exposed collagen / GPVI-mediated activation cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / T cell differentiation involved in immune response / FCERI mediated Ca+2 mobilization / negative regulation of mast cell apoptotic process / high-affinity IgE receptor activity / IgE B cell receptor complex / type I hypersensitivity / Fc-gamma receptor III complex / mast cell apoptotic process / mast cell activation / FCERI mediated MAPK activation / serotonin secretion by platelet / positive regulation of interleukin-3 production / eosinophil degranulation / Fc-gamma receptor signaling pathway / neutrophil activation involved in immune response / positive regulation of mast cell cytokine production / regulation of platelet activation / positive regulation of type III hypersensitivity / positive regulation of mast cell degranulation / IgE binding / positive regulation of type IIa hypersensitivity / type 2 immune response / positive regulation of protein localization to cell surface / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / protein kinase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / leukotriene biosynthetic process / positive regulation of type I hypersensitivity / interleukin-3-mediated signaling pathway / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / IgG binding / Neutrophil degranulation / phagocytosis, engulfment / mast cell degranulation / positive regulation of interleukin-4 production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / Fc-epsilon receptor signaling pathway / positive regulation of interleukin-10 production / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / regulation of immune response / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of calcium-mediated signaling / positive regulation of phagocytosis / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / SH2 domain binding / B cell differentiation / neutrophil chemotaxis / osteoclast differentiation / complement activation, classical pathway / establishment of localization in cell / protein localization to plasma membrane / integrin-mediated signaling pathway / calcium-mediated signaling / phosphoprotein binding / B cell receptor signaling pathway / receptor internalization / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / antibacterial humoral response / cell surface receptor signaling pathway / blood microparticle / endosome / defense response to bacterium / immune response / protein heterodimerization activity / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / innate immune response / protein kinase binding / cell surface / signal transduction / protein homodimerization activity / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.04 Å | ||||||
![]() | Du, S. / Deng, M.J. / Xiao, J.Y. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Structure of the ige-fc bound to its high affinity receptor fc(epsilon)ri state2 著者: Du, S. / Deng, M.J. / Xiao, J.Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 238.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 186.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 43.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 62 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 60089 ![]() 60090 ![]() 8zgtC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit ... , 3種, 4分子 ABCG
#1: タンパク質 | 分子量: 27830.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 26747.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 9774.509 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 3分子 EF![](data/chem/img/Y01.gif)
![](data/chem/img/Y01.gif)
#4: タンパク質 | 分子量: 43155.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #8: 化合物 | ChemComp-Y01 / | |
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-糖 , 3種, 8分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#5: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||
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#6: 多糖 | #7: 糖 | ChemComp-NAG / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: ige-fc bound to its high affinity receptor fc(epsilon)ri タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 280787 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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