PDB-8zb7: Human left ventricle ATM complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8zb7

タイトル

Human left ventricle ATM complex

要素

Actin, alpha cardiac muscle 1
Myosin-7
Tropomyosin alpha-1 chain

キーワード

PROTEIN FIBRIL / protein complex

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of slow-twitch skeletal muscle fiber contraction / regulation of the force of skeletal muscle contraction / positive regulation of heart rate by epinephrine / muscle thin filament tropomyosin / bleb / actin filament-based movement / muscle myosin complex / actin-myosin filament sliding / regulation of muscle contraction / cardiac myofibril assembly ...regulation of slow-twitch skeletal muscle fiber contraction / regulation of the force of skeletal muscle contraction / positive regulation of heart rate by epinephrine / muscle thin filament tropomyosin / bleb / actin filament-based movement / muscle myosin complex / actin-myosin filament sliding / regulation of muscle contraction / cardiac myofibril assembly / regulation of the force of heart contraction / Formation of the dystrophin-glycoprotein complex (DGC) / transition between fast and slow fiber / myosin filament / ruffle organization / adult heart development / cardiac muscle tissue morphogenesis / actomyosin structure organization / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / Striated Muscle Contraction / muscle filament sliding / myosin complex / myosin II complex / I band / structural constituent of muscle / sarcomere organization / RHOB GTPase cycle / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / microfilament motor activity / heart contraction / regulation of heart contraction / myosin binding / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / myofibril / mesenchyme migration / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / skeletal muscle thin filament assembly / RHOA GTPase cycle / Smooth Muscle Contraction / skeletal muscle contraction / striated muscle contraction / ATP metabolic process / cytoskeletal protein binding / stress fiber / cardiac muscle contraction / positive regulation of stress fiber assembly / cytoskeleton organization / positive regulation of cell adhesion / muscle contraction / regulation of heart rate / actin filament organization / negative regulation of cell migration / sarcomere / cellular response to reactive oxygen species / actin filament / filopodium / wound healing / structural constituent of cytoskeleton / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / ruffle membrane / Z disc / actin filament binding / actin cytoskeleton / lamellipodium / regulation of cell shape / actin binding / cell body / blood microparticle / response to ethanol / calmodulin binding / cytoskeleton / hydrolase activity / response to xenobiotic stimulus / protein heterodimerization activity / focal adhesion / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / glutamatergic synapse / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.19 Å

データ登録者

Li, D.N. / Zhao, Q.Y. / Liu, C.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of human left ventricle ATM complex
著者: Li, D.N. / Zhao, Q.Y. / Liu, C.

履歴

登録	2024年4月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8zb7.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8zb7.ent.gz	1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8zb7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8zb7_validation.pdf.gz	800.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8zb7_full_validation.pdf.gz	956.8 KB	表示
XML形式データ	8zb7_validation.xml.gz	153.8 KB	表示
CIF形式データ	8zb7_validation.cif.gz	227.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zb/8zb7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zb/8zb7	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	39896MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#18 - 2001年6月ミオシン (Myosin) 類似性 (23) #19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (8) #174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (8) #185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #243 - 2020年3月電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels) 類似性 (2) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (2) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #64 - 2005年4月キネシン (Kinesin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (4)

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#18 - 2001年6月
ミオシン (Myosin)
類似性 (23)
#19 - 2001年7月
アクチン (Actin)
類似性 (8)
#174 - 2014年6月
GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins)
類似性 (8)
#185 - 2015年5月
タイチン (Titin)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
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#243 - 2020年3月
電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels)
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#35 - 2002年11月
フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin)
類似性 (2)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#64 - 2005年4月
キネシン (Kinesin)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)
#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (4)

登録構造単位

M: Myosin-7

B: Actin, alpha cardiac muscle 1

C: Actin, alpha cardiac muscle 1

D: Actin, alpha cardiac muscle 1

E: Actin, alpha cardiac muscle 1

F: Actin, alpha cardiac muscle 1

O: Tropomyosin alpha-1 chain

P: Tropomyosin alpha-1 chain

G: Myosin-7

H: Myosin-7

I: Myosin-7

J: Myosin-7

K: Myosin-7

A: Actin, alpha cardiac muscle 1

L: Tropomyosin alpha-1 chain

N: Tropomyosin alpha-1 chain

ヘテロ分子

857 kDa, 16 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

#1: タンパク質	Myosin-7 / Myosin heavy chain 7 / Myosin heavy chain slow isoform / MyHC-slow / Myosin heavy chain / cardiac ...Myosin heavy chain 7 / Myosin heavy chain slow isoform / MyHC-slow / Myosin heavy chain / cardiac muscle beta isoform / MyHC-beta 分子量: 88412.180 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P12883
#2: タンパク質	Actin, alpha cardiac muscle 1 / Alpha-cardiac actin 分子量: 41342.145 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: P68032, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#3: タンパク質	Tropomyosin alpha-1 chain / Alpha-tropomyosin / Tropomyosin-1 分子量: 19000.168 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P09493
#4: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素	名称: Human left ventricle ATM complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: NATURAL
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 8
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影	電子線照射量: 55 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正	タイプ: NONE
らせん対称	回転角度/サブユニット: -166.66 ° / 軸方向距離/サブユニット: 27.3 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成	解像度: 3.19 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 69013 / 対称性のタイプ: HELICAL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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